ევოლუციური გენეტიკა
სერვისის უპირატესობები
ტაკაგი და სხვ.მცენარეთა ჟურნალი, 2013 წ
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმაციული ანალიზი:გენეტიკური მრავალფეროვნების შეფასების საშუალებას, რომელიც ასახავს სახეობების ევოლუციურ პოტენციალს და სახეობებს შორის საიმედო ფილოგენეტიკური კავშირის გამოვლენას კონვერგენტული ევოლუციისა და პარალელური ევოლუციის მინიმალური გავლენით.
●სურვილისამებრ მორგებული ანალიზი: როგორიცაა დივერგენციის დროისა და სიჩქარის შეფასება ნუკლეოტიდისა და ამინომჟავების დონის ვარიაციებზე დაყრდნობით.
●ვრცელი ექსპერტიზა და გამოქვეყნების ჩანაწერებიBMKGene-მა დააგროვა უზარმაზარი გამოცდილება პოპულაციისა და ევოლუციური გენეტიკის პროექტებში 15 წელზე მეტი ხნის განმავლობაში, რომელიც მოიცავს ათასობით სახეობას და ა.შ.
● მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი და მოკლე ანალიზის ციკლი: მოწინავე გენომიკის ანალიზში დიდი გამოცდილებით, BMKGene-ის გუნდი აწვდის ყოვლისმომცველ ანალიზებს სწრაფი შემობრუნების დროით.
● გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
სერვისის სპეციფიკაციები და მოთხოვნები
| თანმიმდევრობის ტიპი | მოსახლეობის რეკომენდირებული მასშტაბი | თანმიმდევრობის სტრატეგია | ნუკლეოტიდის მოთხოვნები |
| მთელი გენომის თანმიმდევრობა | ≥ 30 ინდივიდი, ≥ 10 ინდივიდი თითოეული ქვეჯგუფიდან
| 10x | კონცენტრაცია: ≥ 1 ნგ/მლ საერთო რაოდენობა≥ 30ნგ შეზღუდულია ან არ არის დეგრადაცია ან დაბინძურება |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | ტეგის სიღრმე: 10x ტეგების რაოდენობა: <400 Mb: რეკომენდებულია WGS <1 გბ: 100 ათასი ტეგი 1 გბ >2 გბ: 300 ათასი ტეგები მაქსიმუმ 500 ათასი ტეგი | კონცენტრაცია ≥ 5 ნგ/მკლ საერთო რაოდენობა ≥ 80 ნგ ნანოდროპი OD260/280=1.6-2.5 აგაროზის გელი: არ არის ან შეზღუდულია დეგრადაცია ან დაბინძურება
|
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
სერვისი მოიცავს პოპულაციის სტრუქტურის ანალიზს (ფილოგენეტიკური ხე, PCA, პოპულაციის სტრატიფიკაციის სქემა), პოპულაციის მრავალფეროვნებას და პოპულაციის შერჩევას (დაკავშირების დისბალანსი, ხელსაყრელი ადგილების შერჩევითი არჩევა). სერვისი ასევე შეიძლება მოიცავდეს მორგებულ ანალიზს (მაგ. დივერგენციის დრო, გენის ნაკადი).
*აქ ნაჩვენები დემო შედეგები ყველა არის BMKGENE-ით გამოქვეყნებული გენომებიდან
1. ევოლუციის ანალიზი შეიცავს ფილოგენეტიკური ხის, პოპულაციის სტრუქტურისა და PCA-ს აგებას გენეტიკურ ვარიაციებზე დაყრდნობით.
ფილოგენეტიკური ხე წარმოადგენს საერთო წინაპართან სახეობებს შორის ტაქსონომიურ და ევოლუციურ კავშირებს.
PCA მიზნად ისახავს ქვე-პოპულაციებს შორის სიახლოვის ვიზუალიზაციას.
პოპულაციის სტრუქტურა გვიჩვენებს გენეტიკურად განსხვავებული ქვეპოპულაციის არსებობას ალელური სიხშირეების მიხედვით.
ჩენი და ა. ალ.,PNAS, 2020 წელი
2.შერჩევითი წმენდა
შერჩევითი სვიიპი ეხება პროცესს, რომლითაც ხდება ხელსაყრელი საიტის არჩევა და დაკავშირებული ნეიტრალური საიტების სიხშირეების გაზრდა და მიუბმული საიტების დაქვეითება, რაც იწვევს რეგიონალური რაოდენობის შემცირებას.
გენომის მასშტაბით გამოვლენა შერჩევითი გაწმენდის რეგიონებში მუშავდება პოპულაციის გენეტიკური ინდექსის (π，Fst, Tajima's D) ყველა SNP-ის გაანგარიშებით მოცურების ფანჯარაში (100 Kb) გარკვეულ საფეხურზე (10 Kb).
ნუკლეოტიდების მრავალფეროვნება (π)
ტაჯიმას დ
ფიქსაციის ინდექსი (Fst)
ვუ, და. ალ.,მოლეკულური მცენარე, 2018 წელი
3. გენის ნაკადი
ვუ, და. ალ.,მოლეკულური მცენარე, 2018 წელი
4.დემოგრაფიული ისტორია
ჟანგი და სხვ. ალ.,ბუნების ეკოლოგია და ევოლუცია2021 წელი
5.განსხვავების დრო
ჟანგი და სხვ. ალ.,ბუნების ეკოლოგია და ევოლუცია2021 წელი
შეისწავლეთ BMKGene-ის ევოლუციური გენეტიკური სერვისების მიერ გაწეული წინსვლა პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით:
ჰასანიარი, AK და სხვ. (2023) "SNP მოლეკულური მარკერების და კანდიდატი გენების აღმოჩენა, რომლებიც დაკავშირებულია Sacbrood ვირუსის რეზისტენტობასთან Apis cerana cerana Larvae-ში მთლიანი გენომის გადანაწილებით",მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
ჩაი, ჯ. და სხვ. (2022) "ველური, გენეტიკურად სუფთა ჩინური გიგანტური სალამანდრის აღმოჩენა ქმნის კონსერვაციის ახალ შესაძლებლობებს",ზოოლოგიური კვლევა, 2022, ტ. 43, გამოცემა 3, გვერდები: 469-480, 43(3), გვ.469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
ჰანი, მ. და სხვ. (2022) 'ძირძველი Elymus sibiricus L. ფილოგეოგრაფიული ნიმუში და პოპულაციის ევოლუციის ისტორია ცინგჰაი-ტიბეტის პლატოზე',საზღვრები მცენარეთა მეცნიერებაში, 13, გვ. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) "გენომიკური შეხედულებები ლონგანის ევოლუციაში ქრომოსომის დონის გენომის შეკრებიდან და პოპულაციის გენომიკა ლონგანის შეერთებაზე",მებაღეობის კვლევა, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
