დნმ/რნმ -ის თანმიმდევრობა -Pacbio მიმდევარი
თვისებები
ორი თანმიმდევრობის რეჟიმი Pacbio Sequencer- ზე: უწყვეტი გრძელი წაკითხვა (CLR) და წრიული კონსენსუსის წაკითხვა (CCS)
| თანმიმდევრობის რეჟიმი | ბიბლიოთეკის ზომა | თეორიული მონაცემებიმოსავლიანობა (თითო საკანში) | ერთჯერადი ბაზასიზუსტე | პროგრამები |
| CLR | 20KB, 30KB და ა.შ. | 80 გბ -მდე 130 გბ -მდე | დაახლ. 85% | დე ნოვო, SV დარეკვა და ა.შ. |
| CC | 15-20 კბ | 14 -დან 40 გბ/უჯრედამდე (გაგრძელება II) 70 -დან 110 გბ/უჯრედში (Revio) დამოკიდებულია ნიმუშებზე | დაახლ. 99% | დე ნოვო, SNP/INDEL/SV ზარი, ISO-SEQ, |
Revio და Sequel II– ის შესრულებისა და მახასიათებლების შედარება
| ტერმინები | Sequel II სისტემა | Revio სისტემა | ზრდა |
| უფრო მაღალი სიმკვრივე | 8 მილიონი ZMWS | 25 მილიონი ZMWS | 3x |
| დამოუკიდებელი ეტაპები | 1 | 4 | 4x |
| უფრო მოკლე დრო | 30 საათი | 24 საათი | 1.25x |
| 30x hifi ადამიანის გენომი / წელიწადში | 88 | 1,300 | 15x საერთო ჯამში |
მომსახურების უპირატესობები
● 8 წელზე მეტი ხნის გამოცდილება PACBIO– ს თანმიმდევრობის პლატფორმაზე ათასობით დახურული პროექტით სხვადასხვა სახეობით.
● სრულად არის აღჭურვილი Pacbio თანმიმდევრობის უახლესი პლატფორმებით, Revio, რათა უზრუნველყოს საკმარისი თანმიმდევრობის გამტარუნარიანობა.
● უფრო სწრაფად შემობრუნების დრო, მონაცემთა უფრო მაღალი მოსავლიანობა და უფრო ზუსტი მონაცემები.
● წვლილი შეიტანა ასობით მაღალი ზემოქმედების PACBIO- ზე დაფუძნებულ პუბლიკაციებში.
ნიმუშის მოთხოვნები
| ნიმუშის ტიპი | თანხა | კონცენტრაცია （qubit® | ტომი | სიწმინდე | სხვები |
| გენომი დნმ | დამოკიდებულია მონაცემთა მოთხოვნაზე | ≥50 ნგ/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 = 1.8-2.5 წმინდა მწვერვალი 260 ნმ -ზეარანაირი დაბინძურება | კონცენტრაციის გაზომვა საჭიროა qubit და qubit/nanopore = 0.8-2.5 |
| სულ რნმ | .21.2μg | ≥120 ნგ/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5არანაირი დაბინძურება | RIN მნიშვნელობა ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მომზადება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
პროექტის მიწოდება
1. მონაცემების მოსავლიანობა
63 CCS უჯრედიდან წარმოქმნილი მონაცემები (26 სახეობიდან)
| მონაცემი-Pacbio-ccs-15 kb | საშუალო | მაქსიმალური | წთ | საშუალო |
| სარგებელი - ქვესათაური (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| პოლიმერაზა N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| ქვედაკაბები n50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| საშუალო სიგრძის პოლიმერაზა | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| საშუალო სიგრძე-წრე | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| საშუალო სიგრძე- CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 CLR უჯრედიდან წარმოქმნილი მონაცემები (76 სახეობიდან)
| მონაცემთა Pacbio-CLR-30KB | საშუალო | მაქსიმალური | წთ | საშუალო |
| სარგებელი - ქვესათაური (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| პოლიმერაზა N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| ქვედაკაბები n50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| საშუალო სიგრძის პოლიმერაზა | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| საშუალო სიგრძე-წრე | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC - დემოსტატისტიკა მონაცემთა მოსავლიანობის შესახებ
| ნიმუში | CCS კითხულობს num | სულ CCS ბაზები (BP) | CCS კითხულობს N50 (BP) | CCS საშუალო სიგრძე (BP) | CCS გრძელი წაკითხული (BP) | ქვედანაყოფების ბაზები (BP) | CCS კურსი (%) |
| PB_BMKXXX | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
