სრულმეტრაჟიანი mRNA თანმიმდევრობა - PacBio
მახასიათებლები
● cDNA სინთეზი პოლი-A mRNA-დან, რასაც მოჰყვება ბიბლიოთეკის მომზადება
● თანმიმდევრობა CCS რეჟიმში, HiFi წაკითხვის გენერირება
● სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტების თანმიმდევრობა
● ანალიზი არ საჭიროებს საცნობარო გენომის არსებობას; თუმცა, ის შეიძლება იყოს დასაქმებული
● ბიოინფორმატიული ანალიზი იძლევა ტრანსკრიპტების იზოფორმის lncRNA, გენების შერწყმის, პოლიადენილაციისა და გენის სტრუქტურის ანალიზს.
სერვისის უპირატესობები
●მაღალი სიზუსტე: HiFi იკითხება სიზუსტით >99,9% (Q30), NGS-თან შედარებით
● ალტერნატიული Splicing ანალიზი: მთელი ტრანსკრიპტების თანმიმდევრობა იძლევა იზოფორმების იდენტიფიკაციას და დახასიათებას
●ვრცელი ექსპერტიზა: PacBio-ს 1100-ზე მეტი სრულმეტრაჟიანი ტრანსკრიპტომის პროექტის შესრულებისა და 2300-ზე მეტი ნიმუშის დამუშავების გამოცდილებასთან ერთად, ჩვენს გუნდს მოაქვს მდიდარი გამოცდილება ყველა პროექტში.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა: ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდირებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| PolyA გამდიდრებული mRNA CCS ბიბლიოთეკა | PacBio გაგრძელება II PacBio Revio | 20/40 გბ 5/10 მ CCS | Q30≥85% |
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
● მცენარეები:
ფესვი, ღერო ან ფურცელი: 450 მგ
ფოთოლი ან თესლი: 300 მგ
ხილი: 1,2გრ
● ცხოველი:
გული ან ნაწლავი: 300 მგ
შინაგანი ორგანოები ან ტვინი: 240 მგ
კუნთი: 450 მგ
ძვლები, თმა ან კანი: 1გ
● ფეხსახსრიანები:
მწერები: 6 გ
კიბოსნაირნი: 300 მგ
● მთელი სისხლი: 1 ტუბი
● უჯრედები: 106 უჯრედები
| კონს.(ნგ/მკლ) | რაოდენობა (მკგ) | სიწმინდე | მთლიანობა |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 გელზე ნაჩვენებია შეზღუდული ცილის ან დნმ-ის დაბინძურება ან არა. | მცენარეებისთვის: RIN≥7.5; ცხოველებისთვის: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; შეზღუდული ან არ არის საბაზისო სიმაღლე |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
კონტეინერი: 2 მლ ცენტრიფუგის მილაკი (თუნუქის ფოლგა არ არის რეკომენდებული)
ნიმუშის მარკირება: ჯგუფი+რეპლიკა, მაგ. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
გადაზიდვა:
1. მშრალი ყინული: ნიმუშები უნდა იყოს შეფუთული ჩანთებში და დამარხული მშრალ ყინულში.
2. რნმ სტაბილური მილები: რნმ-ის ნიმუშები შეიძლება გაშრეს რნმ-ის სტაბილიზაციის მილში (მაგ. RNAstable®) და გაიგზავნოს ოთახის ტემპერატურაზე.
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლი მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
● ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
● შერწყმის ტრანსკრიპტის ანალიზი
● ალტერნატიული Splicing ანალიზი
● უნივერსალური ერთ-ასლი ორთოლოგების (BUSCO) ანალიზი
● ახალი ტრანსკრიპტის ანალიზი: კოდირების თანმიმდევრობის (CDS) პროგნოზირება და ფუნქციური ანოტაცია
● lncRNA ანალიზი: lncRNA და სამიზნეების პროგნოზირება
● მიკროსატელიტის იდენტიფიკაცია (SSR)
BUSCO ანალიზი
ალტერნატიული Splicing ანალიზი
ალტერნატიული პოლიადენილაციის ანალიზი (APA)
რომანის ტრანსკრიპტების ფუნქციური ანოტაცია
გამოიკვლიეთ წინსვლა, რომელიც ხელს უწყობს BMKGene-ის Nanopore სრულმეტრაჟიანი mRNA თანმიმდევრობის სერვისებს ამ გამორჩეულ პუბლიკაციაში.
Ma, Y. და სხვ. (2023) 'PacBio და ONT RNA თანმიმდევრობის მეთოდების შედარებითი ანალიზი Nemopilema Nomurai-ის შხამის იდენტიფიკაციისთვის', Genomics, 115(6), გვ. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
ჩაო, ქ. და სხვ. (2019) 'Populus ღეროს ტრანსკრიპტომის განვითარების დინამიკა', მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 17(1), გვ. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
დენგი, ჰ. და სხვ. (2022) 'ასკორბინის მჟავის შემცველობის დინამიური ცვლილებები Actinidia latifolia (ასკორბატით მდიდარი ხილის მოსავალი) და ასოცირებული მოლეკულური მექანიზმების ნაყოფის განვითარებისა და მომწიფების დროს', მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 23(10), გვ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. და სხვ. (2022) "ბიოსინთეზური გზის გენების ეფექტური პროგნოზირება, რომლებიც მონაწილეობენ ბიოაქტიურ პოლიფილინებში პარიზის პოლიფილაში", Communications Biology 2022 5:1, 5(1), გვ. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ლიუ, მ. და სხვ. (2023) 'Combined PacBio Iso-Seq and Illumina RNA-Seq Analysis of Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome and Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), გვ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
ვანგი, ლიჯუნი და სხვ. (2019) "ტრანსკრიპტომის სირთულის კვლევა PacBio-ს ერთმოლეკულის რეალურ დროში ანალიზის გამოყენებით, კომბინირებული Illumina RNA თანმიმდევრობით Ricinus communis-ში რიცინოლეინის მჟავის ბიოსინთეზის უკეთ გასაგებად", BMC Genomics, 20(1), გვ. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
