შედარებითი გენომია
მომსახურების უპირატესობები
●ვრცელი ექსპერტიზა და პუბლიკაციის ჩანაწერები: დაგროვებით, Bmkgene- მა დაასრულა 90 -ზე მეტი შედარებითი გენომიკის პროექტი, კუმულაციური ზემოქმედების ფაქტორმა მიაღწია 900 -ს.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკის ანალიზი: ანალიზების პაკეტი შეიცავს რვა ყველაზე ხშირად საჭირო ანალიზს, რომელიც უზრუნველყოფს კარგად შემუშავებული მზა განათლების ფიგურებს და იძლევა შედეგების მარტივად ინტერპრეტაციას
●მაღალკვალიფიციური ბიოინფორმატიკის გუნდი და მოკლე ანალიზის ციკლი: დიდი გამოცდილებით, გენომიკის შედარებითი ანალიზით, Bmkgene– ის გუნდი ასრულებს მრავალფეროვან პერსონალიზებულ ანალიზის მოთხოვნებს მოკლე დროში
●გაყიდვების მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების მიღმა 3 თვის განმავლობაში გაყიდვის სერვისის პერიოდთან ერთად. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ გთავაზობთ პროექტის შემდგომი შემდგომი, პრობლემების გადაჭრის დახმარებას და Q&A სესიებს, რომ მოგვმართოს შედეგებთან დაკავშირებული ნებისმიერი შეკითხვა.
მომსახურების სპეციფიკაციები
| სავარაუდო შემობრუნების დრო | სახეობების რაოდენობა | ანალიზები |
| 30 სამუშაო დღე | 6 - 12 | გენის ოჯახის მტევანი გენის ოჯახის გაფართოება და შეკუმშვა ფილოგენეტიკური ხის კონსტრუქცია დივერსიული დროის შეფასება (საჭიროა წიაღისეული კალიბრაცია) LTR ჩასმის დრო (მცენარეებისთვის) მთელი გენომის დუბლირება (მცენარეებისთვის) შერჩევითი წნევა სინთეზური ანალიზი |
ბიოინფორმატიკის ანალიზები
● გენის ოჯახი
● ფილოგენეტიკა
● განსხვავების დრო
● შერჩევითი წნევა
● სინთეზური ანალიზი
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
ქსოვილი ან დნმ გენომის თანმიმდევრობით და შეკრებისთვის
ქსოვილისთვის
| სახეობები | ქსოვილი | კვლევა | Pacbio CCS |
| ცხოველი | ვისცერული ქსოვილი | 0.5 ~ 1 გ | ≥ 3.5 გ |
| კუნთების ქსოვილი | |||
| ≥ 5.0 გ | |||
| ≥ 5.0 მლ | |||
| ძუძუმწოვრების სისხლი | |||
| ≥ 0.5 მლ | |||
| ფრინველის/თევზის სისხლი | |||
| მცენარე | ახალი ფოთოლი | 1 ~ 2 გ | ≥ 5.0 გ |
| Petal/STEM | 1 ~ 2 გ | ≥ 10.0 გ | |
| ფესვი/თესლი | 1 ~ 2 გ | ≥ 20.0 გ | |
| უჯრედები | კულტივირებული უჯრედი | - | ≥ 1 x 108 |
მონაცემი
მჭიდროდ დაკავშირებული სახეობების გენომის თანმიმდევრობის ფაილები (.Fasta) და ანოტაციის ფაილები (.GFF3)
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვების შემდეგ
*აქ ნაჩვენებია დემო შედეგები Biomarker Technologies- ით გამოქვეყნებული გენომებიდან
1.LTR ჩასმის დროის შეფასება: ფიგურაში ნაჩვენებია უნიკალური ბიმოდური განაწილება LTR-RTS- ის ჩასმის დროში Weining Rye Genome– ში, სხვა სახეობებთან შედარებით. უახლესი მწვერვალი დაახლოებით 0,5 მილიონი წლის წინ გამოჩნდა.
Li Guang et al.,ბუნების გენეტიკა, 2021
2. ფეილოგენური და გენის ოჯახის ანალიზი ჩაიოტზე (სეკიუმის edule): გენის ოჯახში ჩაიოტისა და დანარჩენი 13 დაკავშირებული სახეობის ანალიზით, ჩაიტი ყველაზე მჭიდრო კავშირშია გველის გურულთან (Trichosanthhes Anguina). გველის გურდიდან მიღებული ჩაიოტი დაახლოებით 27-45 MYA- ში და მთლიანი გენომის დუბლირება (WGD) დაფიქსირდა ჩაოტში 25 ± 4 Mya- ში, რაც არის მესამე WGD მოვლენა Cucuibitaceae- ში.
ფუ ა და სხვ.,მებაღეობის კვლევა, 2021
3.Synteny ანალიზი: ნაყოფის განვითარებაში ფიტოჰორმონებთან დაკავშირებული ზოგიერთი გენი იქნა ნაპოვნი ჩაიოტში, გველის გურდში და მწვანეში. კორელაცია ჩაიოტსა და მწვანეს შორის ოდნავ აღემატება, ვიდრე ჩაიოტსა და გველის გურულს შორის.
ფუ ა და სხვ.,მებაღეობის კვლევა, 2021
4.Gene ოჯახის ანალიზი: KEGG გამდიდრება გენის ოჯახის გაფართოებაზე და გ.
Yang Z et al.,BMC ბიოლოგია, 2021
5. Whole Genome დუბლირების ანალიზი: 4DTV და KS განაწილების ანალიზმა აჩვენა მთელი გენომის დუბლირების ღონისძიება. ინტრასპეციების მწვერვალები ნაჩვენებია დუბლირების მოვლენები. ინტერსპექტების მწვერვალები, რომლებიც ნაჩვენებია სპეციფიკური მოვლენების შესახებ. ანალიზმა აჩვენა, რომ დანარჩენ სამ მჭიდროდ დაკავშირებულ სახეობასთან შედარებით, O. europaea- მ უფრო ცოტა ხნის წინ გაიარა ფართომასშტაბიანი გენის დუბლირება.
Rao G et al.,მებაღეობის კვლევა, 2021
BMK საქმე
ვარდების გარეშე
გამოქვეყნებულია: ეროვნული მეცნიერების მიმოხილვა, 2021
თანმიმდევრობის სტრატეგია:
'ბასეეკვარი'(რ.ვიჩურეინი) გენომი:
დაახლ. 93 x PACBIO + დაახლ. 90 x ნანოპორი + 267 x ილუმინა
ძირითადი შედეგები
1. მაღალი ხარისხის R.Wichuraiana Genome აშენდა გრძელვადიანი თანმიმდევრობის ტექნიკის გამოყენებით, რომელიც იძლევა 530.07 MB ასამბლეას (გენომის სავარაუდო ზომა იყო დაახლოებით 525.9 მბ ნაკადის ციტომეტრიით და 525.5, Genome Survey ； Heterozygosity– ით დაახლოებით 1.03%). Busco– ს სავარაუდო ქულა იყო 93.9%. "ძველ ბლეზთან" (Haploob) შედარებასთან, ამ გენომის ხარისხი და სისრულე დადასტურდა ბაზის ერთსაფეხურიანი სიზუსტით და LTR ასამბლეის ინდექსით (LAI = 20.03). R.Wichuraiana Genome შეიცავს 32,674 ცილის კოდირების გენს.
2. მულტი-სომიკის ერთობლივი ანალიზით, რომელიც შედგება შედარებითი გენომიკის, ტრანსკრიპტომიკის, გენეტიკური მოსახლეობის QTL ანალიზისაგან, გამოავლინა გადამწყვეტი სპეციფიკაცია R. wichuraiana- სა და Rosa chinensis- ს შორის. ასევე, QTL– ში დაკავშირებული გენების გამოხატვის ცვალებადობა, სავარაუდოდ, ასოცირდება ღეროვანი prickle- ის ნიმუშთან.
შედარებითი გენომიკა ანაია Basye; s Thornless და Rosa chinensis- ს შორის, მათ შორის სინთეზური ანალიზით, გენის ოჯახის მტევანი, გაფართოება და შეკუმშვის ანალიზი, გამოავლინა დიდი რაოდენობის ცვალებადობა, რაც დაკავშირებულია ვარდების მნიშვნელოვან მახასიათებლებთან. უნიკალური გაფართოება NAC და FAR1/FRS გენის ოჯახში, სავარაუდოდ, ასოცირდება შავი ლაქის წინააღმდეგობასთან.
შედარებითი გენომიკის ანალიზი BT და Haploob Genomes- ს შორის.
Zhong, M., et al. ”ვარდი prickle- ს გარეშე: გენომიური შეხედულებები, რომლებიც უკავშირდება ტენიანობის ადაპტაციას”ეროვნული მეცნიერების მიმოხილვა, 2021;, NWAB092.
