ნაყარი სეგრეგანტული ანალიზი
მომსახურების უპირატესობები
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● ზუსტი ლოკალიზაცია: ნაყარის შერევა 30+30 -დან 200+200 პირთან, რათა მინიმუმამდე დაიყვანოს ფონის ხმაური; არასამთავრობო სინონიმური მუტატანტებზე დაფუძნებული კანდიდატის რეგიონის პროგნოზი.
● ყოვლისმომცველი ანალიზი: სიღრმისეული კანდიდატის გენის ფუნქციის ანოტაცია, მათ შორის NR, SWISSPROT, GO, KEGG, COG, KOG და ა.შ.
● უფრო სწრაფი შემობრუნების დრო: სწრაფი გენის ლოკალიზაცია 45 სამუშაო დღის განმავლობაში.
● ვრცელი გამოცდილება: BMK– მა წვლილი შეიტანა ათასობით თვისების ლოკალიზაციაში, მოიცავს მრავალფეროვან სახეობებს, როგორიცაა კულტურები, წყლის პროდუქტები, ტყე, ყვავილები, ხილი და ა.შ.
მომსახურების სპეციფიკაციები
მოსახლეობა:
მშობლების პროგენის განცალკევება საპირისპირო ფენოტიპებით.
მაგ. F2 პროგენი, ზურგჩანთა (ძვ. წ.), recombinant inbred ხაზი (RIL)
აუზების შერევა
თვისებრივი თვისებებისათვის: 30 -დან 50 ინდივიდამდე (მინიმუმ 20)/ნაყარი
რაოდენობრივი ტრატებისთვის: ტოპ 5% -დან 10% პირებს, რომელთაც აქვთ ექსტრემალური ფენოტიპები მთელ პოპულაციაში (მინიმუმ 30+30).
რეკომენდებული თანმიმდევრობის სიღრმე
მინიმუმ 20x/მშობელი და 1x/offspring ინდივიდუალური (მაგ., შთამომავლობის შერევის აუზი 30+30 ინდივიდუალური, თანმიმდევრობის სიღრმე იქნება 30x თითო ნაყარი)
ბიოინფორმატიკის ანალიზები
● მთელი გენომის რეზერვი
● მონაცემთა დამუშავება
● SNP/Indel დარეკვა
● კანდიდატის რეგიონის სკრინინგი
● კანდიდატის გენის ფუნქციის ანოტაცია
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| gDNA ნიმუში | ქსოვილის ნიმუში |
| კონცენტრაცია: ≥30 ნგ/μl | მცენარეები: 1-2 გ |
| თანხა: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | ცხოველები: 0.5-1 გ |
| სიწმინდე: OD260/280 = 1.6-2.5 | მთელი სისხლი: 1.5 მლ |
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ -ის მოპოვება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვების შემდეგ
1. თანდაყოლილი ანალიზის ბაზა ევკლიდური მანძილის (ED) კანდიდატის რეგიონის იდენტიფიცირების მიზნით. შემდეგ ფიგურაში
X- ღერძი: ქრომოსომის ნომერი; თითოეული წერტილი წარმოადგენს SNP- ის ED მნიშვნელობას. შავი ხაზი შეესაბამება დამონტაჟებულ ED მნიშვნელობას. უფრო მაღალი ED მნიშვნელობა მიუთითებს უფრო მნიშვნელოვან კავშირზე საიტსა და ფენოტიპს შორის. Red Dash ხაზი წარმოადგენს მნიშვნელოვანი ასოციაციის ბარიერს.
2. Association ანალიზით დაფუძნებული SNP- ინდექსი
X- ღერძი: ქრომოსომის ნომერი; თითოეული წერტილი წარმოადგენს SNP- ინდექსის მნიშვნელობას. შავი ხაზი წარმოადგენს SNP- ინდექსის მნიშვნელობას. რაც უფრო დიდია მნიშვნელობა, მით უფრო მნიშვნელოვანია ასოციაცია.
BMK საქმე
ძირითადი ეფექტის რაოდენობრივი თვისება Locus FNL7.1 კოდირებს გვიან ემბრიოგენეზს უხვი ცილა, რომელიც უკავშირდება ხილის კისრის სიგრძეს კიტრში
გამოქვეყნებულია: მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი, 2020
თანმიმდევრობის სტრატეგია:
მშობლები (Jin5-508, yn): მთელი გენომის გამოსწორება 34 × და 20 ×.
დნმ-ის აუზები (50 გრძელი კისერი და 50 მოკლე კისერი): გადასვლა 61 × და 52 ×
ძირითადი შედეგები
ამ გამოკვლევაში, მოსახლეობის განცალკევება (F2 და F2: 3) წარმოიქმნა გრძელი კისრის კიტრის ხაზის Jin5-508 და მოკლე კისრის yn- ის გადაკვეთით. ორი დნმ-ის აუზი აშენდა 50 ექსტრემალური გრძელი კისრის პირებით და 50 ექსტრემალური მოკლე კისრის პირებით. ძირითადი ეფექტის QTL გამოიკვეთა CHR07– ზე BSA– ს ანალიზით და ტრადიციული QTL რუქით. კანდიდატის რეგიონი კიდევ უფრო შემცირდა წვრილმანი რუქაზე, გენის გამოხატვის რაოდენობრივი და ტრანსგენური ექსპერიმენტებით, რამაც გამოავლინა საკვანძო გენი კისრის სიგრძის კონტროლში, CSFNL7.1. გარდა ამისა, პოლიმორფიზმი CSFNL7.1 პრომოუტერულ რეგიონში აღმოჩნდა, რომ ასოცირდება შესაბამის გამოხატულებასთან. შემდგომი ფილოგენეტიკური ანალიზით ვარაუდობენ, რომ FNL7.1 ადგილს, სავარაუდოდ, ინდოეთიდან წარმოიშვა.
 QTL- რუქა BSA– ს ანალიზში, რათა დაადგინოს კანდიდატის რეგიონი, რომელიც უკავშირდება კიტრის კისრის სიგრძეს |  კიტრის კისრის სიგრძის QTL- ის LOD პროფილები, რომლებიც გამოვლენილია CHR07- ზე |
Xu, X., et al. ”ძირითადი ეფექტის რაოდენობრივი თვისება Locus FNL7.1 კოდირებს გვიან ემბრიოგენეზს, რომელიც უკავშირდება კიტში ხილის კისრის სიგრძეს.” მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი 18.7 (2020).
