BMKMANU S3000_SPATIAL ტრანსკრიპციული
BMKMANU S3000 სივრცითი ტრანსკრიპციული ტექნიკური სქემა
თვისებები
- რეზოლუცია: 3.5 μm
- ლაქის დიამეტრი: 2.5 μm
- ლაქების რაოდენობა: დაახლოებით 4 მილიონი
- 3 შესაძლო დაჭერის ფართობის ფორმატები: 6.8 მმ * 6.8 მმ, 11 მმ * 11 მმ ან 15 მმ * 20 მმ
- თითოეული შტრიხ -კოდური დატვირთულია პრაიმერები, რომლებიც შედგება 4 განყოფილებისგან:
• პოლი (DT) კუდი mRNA პრაიმინგისა და cDNA სინთეზისთვის,
• უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორი (UMI) გამაძლიერებელი მიკერძოების გასწორების მიზნით
• სივრცითი შტრიხ -კოდი
• ნაწილობრივი წაკითხვის 1 თანმიმდევრობის პრაიმერის სავალდებულო თანმიმდევრობა
- H&E და სექციების ფლუორესცენტური შეღებვა
- უჯრედების სეგმენტაციის ტექნოლოგიის გამოყენების შესაძლებლობა: H&E შეღებვის, ფლუორესცენტული შეღებვისა და რნმ -ის თანმიმდევრობის ინტეგრაცია თითოეული უჯრედის საზღვრების დასადგენად და სწორად მიანიჭეთ გენის გამოხატვას თითოეულ უჯრედს. უჯრედის ყუთზე დაფუძნებული ქვემო დინების სივრცითი პროფილის ანალიზის დამუშავება.
- შესაძლებელია მრავალმხრივი რეზოლუციის ანალიზის მისაღწევად: მოქნილი მრავალ დონის ანალიზი, რომელიც მოიცავს 100-დან 3.5 UM- მდე, მრავალფეროვანი ქსოვილის მახასიათებლების მოსაგვარებლად ოპტიმალური რეზოლუციით.
Bmkmanu S3000- ის უპირატესობები
-დატყვევების ლაქების გაორმაგება 4 მილიონამდე: გაუმჯობესებული რეზოლუციით 3.5 um, რასაც იწვევს უფრო მაღალი გენის და UMI გამოვლენა თითო უჯრედში. ეს იწვევს უჯრედების კლასტერების გაუმჯობესებას ტრანსკრიპციული პროფილების საფუძველზე, უფრო დახვეწილი დეტალებით, რომელიც შეესაბამება ქსოვილების სტრუქტურას.
- უჯრედული რეზოლუცია:თითოეული დატყვევებული არეალი შეიცავს> 2 მილიონ სივრცითი შტრიხ-კოდირებულ ლაქებს, დიამეტრით 2.5 μm და ადგილზე 5 μm დაშორება, რაც საშუალებას აძლევს სივრცითი ტრანსკრიპციული ანალიზით ქვე-უჯრედულ რეზოლუციასთან (5 μm).
-მრავალ დონის რეზოლუციის ანალიზი:მოქნილი მრავალ დონის ანალიზი, 100 μm- დან 5 μm- მდე, მრავალფეროვანი ქსოვილის მახასიათებლების გადასაჭრელად ოპტიმალური რეზოლუციით.
-უჯრედის სეგმენტაციის ტექნოლოგიის "სამი სლაიდში" გამოყენების შესაძლებლობა:ფლუორესცენტული შეღებვის, H&E შეღებვისა და რნმ-ის თანმიმდევრობის ერთჯერადი სლაიდზე, ჩვენი "სამ-ერთი" ანალიზის ალგორითმი აძლიერებს უჯრედის საზღვრების იდენტიფიკაციას შემდგომი უჯრედზე დაფუძნებული ტრანსკრიპტომისთვის.
-თავსებადია მრავალჯერადი თანმიმდევრობის პლატფორმასთან: ხელმისაწვდომია როგორც NGS, ასევე გრძელი წაკითხვის თანმიმდევრობა.
-1-8 აქტიური დაჭერის არეალის მოქნილი დიზაინი: დატყვევების ფართობის ზომა მოქნილია, შესაძლებელია 3 ფორმატის გამოყენება (6.8 მმ * 6.8 მმ., 11 მმ * 11 მმ და 15 მმ * 20 მმ)
-ერთჯერადი მომსახურება: აერთიანებს ყველა გამოცდილებას და უნარ-ჩვევებზე დაფუძნებულ ნაბიჯებს, მათ შორის კრიო-სექციას, შეღებვას, ქსოვილების ოპტიმიზაციას, სივრცითი შტრიხ-კოდირებას, ბიბლიოთეკის მომზადებას, თანმიმდევრობას და ბიოინფორმატიკას.
-ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკა და შედეგების მოსახერხებელი ვიზუალიზაცია:პაკეტი მოიცავს 29 ანალიზს და 100+ მაღალხარისხიან ფიგურას, რომელიც შედის შემუშავებული პროგრამული უზრუნველყოფის გამოყენებასთან, უჯრედების გაყოფისა და ლაქების კლასტერების ვიზუალიზაციისა და მორგება.
-მონაცემთა მორგებული ანალიზი და ვიზუალიზაცია: ხელმისაწვდომია სხვადასხვა კვლევის მოთხოვნებისთვის
-მაღალკვალიფიციური ტექნიკური გუნდი: 250 -ზე მეტი ქსოვილის ტიპისა და 100+ სახეობის გამოცდილებით, მათ შორის ადამიანის, თაგვის, ძუძუმწოვრების, თევზის და მცენარეების ჩათვლით.
-რეალურ დროში განახლებები მთელ პროექტზე: ექსპერიმენტული პროგრესის სრული კონტროლით.
-არჩევითი ერთობლივი ანალიზი ერთუჯრედიანი mRNA თანმიმდევრობით
მომსახურების სპეციფიკაციები
| ნიმუშის მოთხოვნები | ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| ოქტომბრის ჩაშენებული კრიო ნიმუშები (ოპტიმალური დიამეტრი: დაახლ. 6 × 6 × 6 მმ)) 2 ბლოკი თითო ნიმუშზე 1 ექსპერიმენტისთვის, 1 სარეზერვო ასლისთვის | S3000 cDNA ბიბლიოთეკა | Illumina PE150 | 160K PE იკითხება 100υ მ (250 GB) | Rin> 7 |
დამატებითი ინფორმაციისთვის ნიმუშის მომზადების სახელმძღვანელოსა და მომსახურების სამუშაოების შესახებ, გთხოვთ, თავისუფლად ისაუბროთ აBmkgene ექსპერტი
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მომზადების ფაზაში ხორციელდება RNA– ს მოპოვების საწყისი ნაყარი მოპოვების ტესტირება, რათა მიიღოთ მაღალი ხარისხის RNA. ქსოვილის ოპტიმიზაციის ეტაპზე სექციები შეღებილია და ვიზუალიზებულია და ქსოვილისგან mRNA განთავისუფლების პერმებილიზაციის პირობები ოპტიმიზირებულია. ოპტიმიზებული პროტოკოლი შემდეგ გამოიყენება ბიბლიოთეკის მშენებლობის დროს, რასაც მოჰყვება თანმიმდევრობა და მონაცემთა ანალიზი.
მომსახურების სრული სამუშაო ნაკადი მოიცავს რეალურ დროში განახლებებს და კლიენტის დადასტურებებს, რომ შეინარჩუნონ საპასუხო უკუკავშირის მარყუჟი, რაც უზრუნველყოფს პროექტის გლუვი შესრულების უზრუნველყოფას.
BMKManu S3000- ის მიერ წარმოქმნილი მონაცემები ანალიზდება პროგრამული უზრუნველყოფის "BSTMatrix" გამოყენებით, რომელიც დამოუკიდებლად არის შექმნილი BMKGene- ს მიერ, წარმოქმნის უჯრედის დონესა და მრავალმხრივ რეზოლუციის გენის გამოხატვის მატრიქსს. იქიდან იქმნება სტანდარტული ანგარიში, რომელიც მოიცავს მონაცემთა ხარისხის კონტროლს, შიდა ნიმუშის ანალიზს და ჯგუფურ ჯგუფს.
- მონაცემთა ხარისხის კონტროლი:
- მონაცემთა გამომუშავება და ხარისხის ქულების განაწილება
- გენის გამოვლენა ადგილზე
- ქსოვილის დაფარვა
- შიდა ნიმუშის ანალიზი:
- გენის სიმდიდრე
- ლაქა კლასტერიზაცია, მათ შორის შემცირებული განზომილების ანალიზით
- დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი მტევნებს შორის: მარკერის გენების იდენტიფიცირება
- მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
- ჯგუფური ანალიზი
-ორივე ნიმუშისგან ლაქების ხელახლა შედგენა (მაგ. დაავადებული და კონტროლი) და ხელახალი კლასტერი
- მარკერის გენების იდენტიფიცირება თითოეული მტევანისთვის
- მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
- ჯგუფებს შორის ერთი და იგივე კლასტერის დიფერენციალური გამოხატულება
გარდა ამისა, Bmkgene- მა შეიმუშავა "BSTViewer" არის მოსახერხებელი ინსტრუმენტი, რომელიც მომხმარებელს საშუალებას აძლევს ვიზუალიზაცია მოახდინოს გენის გამოხატვისა და ლაქების კლასტერიზაციის სხვადასხვა რეზოლუციებში.
Bmkgene გთავაზობთ სივრცითი პროფილის სერვისებს ზუსტი ერთუჯრედიანი რეზოლუციით (უჯრედის ყუთის ან მრავალმხრივი კვადრატული ყუთის საფუძველზე 100UM– დან 3.5um– მდე).
სივრცითი პროფილის მონაცემები ქსოვილის სექციებიდან S3000 სლაიდზე, რომელიც შესრულებულია ისევე, როგორც ქვემოთ.
საქმის შესწავლა 1: მაუსის ტვინი
თაგვის ტვინის განყოფილების S3000- ით ანალიზმა გამოიწვია ~ 94 000 უჯრედის იდენტიფიცირება, ხოლო საშუალო თანმიმდევრობით ~ 2000 გენი თითო უჯრედში. 3.5 UM- ის გაუმჯობესებულმა რეზოლუციამ გამოიწვია უჯრედების ძალიან დეტალური კლასტერიზაცია ტრანსკრიპციული შაბლონების საფუძველზე, უჯრედების მტევანი, რომლებიც ახდენენ ტვინის დიფერენცირებულ სტრუქტურებს. ეს ადვილად შეინიშნება კლასტერული უჯრედების განაწილების, როგორც ოლიგოდენდროციტებისა და მიკროგლიის უჯრედების განაწილების ვიზუალიზაციით, რომლებიც თითქმის ექსკლუზიურად განლაგებულია ნაცრისფერ და თეთრ ნივთიერებებში.
საქმის შესწავლა 2: მაუსის ემბრიონი
თაგვის ემბრიონის განყოფილების ანალიზმა S3000- ით გამოიწვია ~ 2200 000 უჯრედების იდენტიფიცირება, საშუალო თანმიმდევრობით ~ 1600 გენი თითო უჯრედში. 3.5 UM- ის გაუმჯობესებულმა რეზოლუციამ გამოიწვია უჯრედების ძალიან დეტალური კლასტერიზაცია ტრანსკრიპციული შაბლონებზე დაყრდნობით, თვალის არეში 12 მტევანი და ტვინის მიდამოში 28 მტევანი.
შიდა ნიმუშის ანალიზის უჯრედის კლასტერიზაცია:
მარკერის გენების იდენტიფიკაცია და სივრცითი განაწილება:
-უფრო მაღალი ქვე-უჯრედული რეზოლუცია: S1000 სლაიდთან შედარებით, S3000- ის თითოეული დაჭერის ფართობი შეიცავს> 4 მილიონ სივრცით შტრიხკოდისტულ ლაქებს დიამეტრით 2.5 μm და დაშორებით 3.5 μm დაშორებით, რაც საშუალებას იძლევა სივრცითი ტრანსკრიპტომური ანალიზით უფრო მაღალი ქვე-უჯრედული რეზოლუციით. (კვადრატული ყუთი: 3.5 μm).
- უფრო მაღალი დატყვევების ეფექტურობა: S1000 სლაიდთან შედარებით, Median_umi იზრდება 30% -დან 70% -მდე, Median_gene იზრდება 30% -დან 60% -მდე
S1000 ჩიპის სქემა:
S3000 ჩიპის სქემა:
