BMKMANU S1000 სივრცითი ტრანსკრიპტომა
BMKMANU S1000 სივრცითი ტრანსკრიპტომის ტექნიკური სქემა
მახასიათებლები
● გარჩევადობა: 5 μM
● ლაქის დიამეტრი: 2,5 μM
● ლაქების რაოდენობა: დაახლოებით 2 მილიონი
● გადაღების არეალის 3 ფორმატი: 6,8 მმ * 6,8 მმ, 11 მმ * 11 მმ ან 15 მმ * 20 მმ
● თითოეული შტრიხკოდირებული მძივი დატვირთულია 4 განყოფილებისგან შემდგარი პრაიმერებით:
პოლი(dT) კუდი mRNA პრაიმინგისა და cDNA სინთეზისთვის
უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორი (UMI) გამაძლიერებელი მიკერძოების გამოსასწორებლად
სივრცითი შტრიხკოდი
ნაწილობრივი წაკითხული 1 თანმიმდევრობის პრაიმერის დამაკავშირებელი თანმიმდევრობა
● H&E და სექციების ფლუორესცენტური შეღებვა
● გამოყენების შესაძლებლობაუჯრედების სეგმენტაციის ტექნოლოგია: H&E შეღებვის, ფლუორესცენტური შეღებვისა და რნმ-ის თანმიმდევრობის ინტეგრაცია თითოეული უჯრედის საზღვრების დასადგენად და თითოეულ უჯრედს გენის ექსპრესიის სწორად მინიჭებისთვის.
BMKMANU S1000-ის უპირატესობები
●უჯრედქვეშა რეზოლუცია: თითოეული დაჭერის არე შეიცავდა >2 მილიონ სივრცობრივ შტრიხკოდირებულ ლაქებს 2,5 μm დიამეტრით და 5 μm დაშორებით ლაქების ცენტრებს შორის, რაც საშუალებას აძლევს სივრცითი ტრანსკრიპტომის ანალიზს ქვეუჯრედული გარჩევადობით (5 μm).
●მრავალ დონის რეზოლუციის ანალიზი:მოქნილი მრავალ დონის ანალიზი 100 მკმ-დან 5 მკმ-მდე ოპტიმალური გარჩევადობით ქსოვილის სხვადასხვა მახასიათებლების გადასაჭრელად.
●უჯრედების სეგმენტაციის ტექნოლოგიის "სამი ერთ სლაიდში" გამოყენების შესაძლებლობა:ფლუორესცენტური შეღებვის, H&E შეღებვისა და რნმ-ის თანმიმდევრობის ერთ სლაიდზე გაერთიანებით, ჩვენი „სამი ერთში“ ანალიზის ალგორითმი იძლევა უჯრედების საზღვრების იდენტიფიკაციის უფლებას შემდგომ უჯრედებზე დაფუძნებული ტრანსკრიპტომიკისთვის.
●თავსებადია მრავალი თანმიმდევრობის პლატფორმასთან: ხელმისაწვდომია როგორც NGS, ასევე დიდი ხნის წაკითხული თანმიმდევრობა.
●1-8 აქტიური დაჭერის არეალის მოქნილი დიზაინი: გადაღების არეალის ზომა არის მოქნილი, შესაძლებელია 3 ფორმატის გამოყენება (6.8 მმ * 6.8 მმ., 11 მმ * 11 მმ და 15 მმ * 20 მმ)
●ერთჯერადი სერვისი: ის აერთიანებს ყველა გამოცდილებას და უნარებზე დაფუძნებულ ნაბიჯებს, მათ შორის კრიო-სექციურობას, შეღებვას, ქსოვილის ოპტიმიზაციას, სივრცითი შტრიხკოდირებას, ბიბლიოთეკის მომზადებას, თანმიმდევრობას და ბიოინფორმატიკას.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიკა და შედეგების მოსახერხებელი ვიზუალიზაცია:პაკეტი მოიცავს 29 ანალიზს და 100+ მაღალი ხარისხის ფიგურას, კომბინირებული შიდა განვითარებული პროგრამული უზრუნველყოფის გამოყენებით უჯრედების გაყოფისა და ლაქების დაჯგუფების ვიზუალიზაციისა და მორგებისთვის.
●მორგებული მონაცემთა ანალიზი და ვიზუალიზაცია: ხელმისაწვდომია სხვადასხვა კვლევის მოთხოვნისთვის
●მაღალკვალიფიციური ტექნიკური გუნდი: გამოცდილება ქსოვილის 250-ზე მეტ ტიპსა და 100+ სახეობაში, მათ შორის ადამიანები, თაგვი, ძუძუმწოვარი, თევზი და მცენარეები.
●რეალურ დროში განახლებები მთელ პროექტზე: ექსპერიმენტული პროგრესის სრული კონტროლით.
●სურვილისამებრ ერთობლივი ანალიზი ერთუჯრედიანი mRNA თანმიმდევრობით
სერვისის სპეციფიკაციები
|
ნიმუში მოთხოვნები
| ბიბლიოთეკა |
თანმიმდევრობის სტრატეგია
| რეკომენდირებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| OCT-ში ჩაშენებული კრიოს ნიმუშები, 3 ბლოკი თითო ნიმუშზე | S1000 cDNA ბიბლიოთეკა | Illumina PE150 (სხვა პლატფორმები ხელმისაწვდომია) | 100K PE წაკითხვა 100 მმ-ზე (60-150 გბ) | RIN> 7 |
ნიმუშის მომზადების ინსტრუქციისა და მომსახურების სამუშაო პროცესის შესახებ დამატებითი ინფორმაციისთვის, გთხოვთ, თავისუფლად ესაუბროთ აBMKGENE ექსპერტი
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მომზადების ფაზაში ტარდება რნმ-ის მოპოვების საწყისი ტესტირება მაღალი ხარისხის რნმ-ის მიღების უზრუნველსაყოფად. ქსოვილის ოპტიმიზაციის ეტაპზე სექციები შეღებილია და ვიზუალიზაცია ხდება და ქსოვილიდან mRNA გამოთავისუფლების გამტარიანობის პირობები ოპტიმიზებულია. შემდეგ ოპტიმიზებული პროტოკოლი გამოიყენება ბიბლიოთეკის მშენებლობის დროს, რასაც მოჰყვება თანმიმდევრობა და მონაცემთა ანალიზი.
სრული სერვისის სამუშაო პროცესი მოიცავს რეალურ დროში განახლებებს და კლიენტის დადასტურებას, რათა შეინარჩუნოს საპასუხო უკუკავშირის მარყუჟი, რაც უზრუნველყოფს პროექტის შეუფერხებელ შესრულებას.
BMKMANU S1000-ის მიერ გენერირებული მონაცემები გაანალიზებულია პროგრამული უზრუნველყოფის "BSTMatrix"-ის გამოყენებით, რომელიც დამოუკიდებლად არის შექმნილი BMKGENE-ის მიერ, გენის გამოხატვის მატრიცას წარმოქმნით. იქიდან იქმნება სტანდარტული ანგარიში, რომელიც მოიცავს მონაცემთა ხარისხის კონტროლს, შიდა ნიმუშის ანალიზს და ჯგუფთაშორის ანალიზს.
● მონაცემთა ხარისხის კონტროლი:
მონაცემთა გამომავალი და ხარისხის ქულების განაწილება
გენის გამოვლენა თითო ადგილზე
ქსოვილის დაფარვა
● შიდა ნიმუშის ანალიზი:
გენური სიმდიდრე
წერტილოვანი კლასტერირება, შემცირებული განზომილების ანალიზის ჩათვლით
დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი კლასტერებს შორის: მარკერის გენების იდენტიფიკაცია
მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
● ჯგუფთაშორისი ანალიზი:
ლაქების ხელახალი კომბინაცია ორივე ნიმუშიდან (მაგ. დაავადებული და კონტროლი) და ხელახალი კლასტერიდან
მარკერის გენების იდენტიფიკაცია თითოეული კლასტერისთვის
მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
ერთი და იგივე კლასტერის დიფერენციალური გამოხატვა ჯგუფებს შორის
გარდა ამისა, BMKGENE-მა შეიმუშავა „BSTViewer“ არის მოსახერხებელი ინსტრუმენტი, რომელიც მომხმარებელს საშუალებას აძლევს წარმოიდგინოს გენის ექსპრესია და ლაქების კლასტერირება სხვადასხვა რეზოლუციით.
BMKGene-მ შეიმუშავა პროგრამული უზრუნველყოფა მომხმარებლისთვის მოსახერხებელი ვიზუალიზაციისთვის
BSTViewer ლაქების დაჯგუფება მრავალ დონის გარჩევადობით
BSTCellViewer: უჯრედების ავტომატური და ხელით გაყოფა
შიდა ნიმუშის ანალიზი
ლაქების დაჯგუფება:
მარკერის გენების იდენტიფიკაცია და სივრცითი განაწილება:
ჯგუფთაშორისი ანალიზი
მონაცემთა კომბინაცია ორივე ჯგუფიდან და ხელახალი კლასტერიდან:
ახალი კლასტერების მარკერის გენები:
შეისწავლეთ BMKGene-ის სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის სერვისების მიღწევები BMKManu S1000 ტექნოლოგიით ამ გამორჩეულ პუბლიკაციაში:
სიმღერა, X. და სხვ. (2023) 'სივრცითი ტრანსკრიპტომიკა ავლენს სინათლის მიერ ინდუცირებულ ქლორენქიმის უჯრედებს, რომლებიც მონაწილეობენ პომიდვრის კალუსში ყლორტების რეგენერაციის ხელშეწყობაში',ამერიკის შეერთებული შტატების მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის შრომები, 120(38), გვ. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
თქვენ, Y. და სხვ. (2023) 'სევენირებაზე დაფუძნებული სივრცითი ტრანსკრიპტომიური მეთოდების სისტემატური შედარება',bioRxiv, გვ. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
