De novo ბაქტერიული გენომის ასამბლეა
ჩვენ გთავაზობთ ბაქტერიული გენომის აწყობის სრულ სერვისს, 0 ხარვეზის გარანტიით. ეს შესაძლებელია ხანგრძლივი წაკითხული თანმიმდევრობის ტექნოლოგიების ინტეგრირებით, როგორიცაა Nanopore და PacBio ასამბლეისთვის და მოკლე წაკითხვის თანმიმდევრობა Illumina-თან შეკრების ვალიდაციისა და ONT წაკითხვის შეცდომების კორექტირებისთვის. ჩვენი სერვისი უზრუნველყოფს სრულ ბიოინფორმაციულ სამუშაო პროცესს შეკრებიდან, ფუნქციური ანოტაციიდან და მოწინავე ბიოინფორმატული ანალიზიდან, რომელიც ასრულებს კონკრეტულ კვლევის მიზნებს. ეს სერვისი იძლევა ზუსტი საცნობარო გენომის შემუშავებას სხვადასხვა გენეტიკური და გენომიური კვლევებისთვის. გარდა ამისა, ის ქმნის საფუძველს ისეთი აპლიკაციებისთვის, როგორიცაა შტამების ოპტიმიზაცია, გენეტიკური ინჟინერია და მიკრობული ტექნოლოგიების განვითარება, რაც უზრუნველყოფს საიმედო და უფსკრული გენომის მონაცემებს, რომლებიც გადამწყვეტია სამეცნიერო შეხედულებებისა და ბიოტექნოლოგიური ინოვაციების წინსვლისთვის.
სერვისის მახასიათებლები
● გენომის სისრულის სასურველი ხარისხის მიხედვით არჩევის ორი შესაძლო ვარიანტით.
● გენომის მონახაზი ვარიანტი: მოკლე წაკითხვის თანმიმდევრობა Illumina NovaSeq PE150-ით.
● დაასრულეთ 0 უფსკრული გენომი.
● დიდხანს წაკითხული თანმიმდევრობა Nanopore PromethION 48-ზე ან PacBio Revio-ზე გენომის შეკრებისთვის.
● Illumina NovaSeq-ზე მოკლედ წაკითხული თანმიმდევრობა გენომის ვალიდაციისა და შეცდომის კორექტირებისთვის (Nanopore) ან გენომის პროექტის გენერირებისთვის.
სერვისის უპირატესობები
●ნულოვანი უფსკრული გენომი გარანტირებულია: ეს გამოწვეულია Illumina-ს თანმიმდევრობის ინტეგრირებით ხანგრძლივი წაკითხული თანმიმდევრობით (Nanopore ან PacBio).
●სრული ბიოინფორმატიკის სამუშაო პროცესი:ეს მოიცავს გენომის შეკრებას და მრავალი გენომის ელემენტის პროგნოზირებას, ფუნქციური გენის ანოტაციას და გენომის ვიზუალიზაციას, როგორიცაა Circos plot.
●ვრცელი ექსპერტიზა: 20000-ზე მეტი მიკრობული გენომით აწყობილი, BMKGENE მოაქვს ათწლეულზე მეტი ხნის გამოცდილებას, მაღალკვალიფიციურ ანალიზურ ჯგუფს, ყოვლისმომცველ კონტენტს და გაყიდვების შემდგომ შესანიშნავ მხარდაჭერას.
●გაყიდვების შემდგომი მხარდაჭერა:ჩვენი ვალდებულება ვრცელდება პროექტის დასრულების ფარგლებს გარეთ 3 თვიანი გაყიდვის შემდგომი მომსახურების პერიოდით. ამ დროის განმავლობაში, ჩვენ ვთავაზობთ პროექტის შემდგომ დაკვირვებას, პრობლემების მოგვარების დახმარებას და კითხვა-პასუხის სესიებს, რათა მივმართოთ შედეგებთან დაკავშირებულ ნებისმიერ შეკითხვას.
●მრავალი თანმიმდევრობის სტრატეგია ხელმისაწვდომია:სხვადასხვა კვლევის მიზნებისთვის და გენომის სისრულის მოთხოვნებისთვის.
სერვისის სპეციფიკაციები
| სერვისი | თანმიმდევრობის სტრატეგია |
| გენომის პროექტი | Illumina PE150 100x |
| 0 უფსკრული გენომი | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (სურვილისამებრ) |
ნიმუშის მოთხოვნები:
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | მთლიანი რაოდენობა (მკგ) | მოცულობა (μL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| პაკბიო | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| ნანოპორი | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ილუმინა | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· ბაქტერიები: ≥3.5x1010 უჯრედები
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● მონაცემთა ხარისხის კონტროლის თანმიმდევრობა
● გენომის ასამბლეა
● გენომის კომპონენტის ანალიზი: CDS-ის და მრავალი გენომიური ელემენტის პროგნოზირება
● ფუნქციური ანოტაცია მრავალი ზოგადი მონაცემთა ბაზებით (GO, KEGG და ა.შ.) და გაფართოებული მონაცემთა ბაზებით (CARD, VFDB და ა.შ.)
● გენომის ვიზუალიზაცია
ჩვენ გთავაზობთ გენომს ადვილად ხელმისაწვდომი სწრაფი ფორმატით და გენომის ანოტაციის ფაილით (gff).
გენის ანოტაცია – GO
გენის ანოტაცია - CAZY ნახშირწყლები
გენომის ვიზუალიზაცია - ცირკის ნაკვეთი
გამოიკვლიეთ მიღწევები, რაც ხელს უწყობს BMKGene-ის ბაქტერიული გენომის შეკრების სერვისებს პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით.
დაი, ვ. და სხვ. (2023) 'Bacteroides uniformis F18-22-ის აღმოჩენა, როგორც უსაფრთხო და ახალი პრობიოტიკური ბაქტერია წყლულოვანი კოლიტის სამკურნალოდ ჯანმრთელი ადამიანის მსხვილი ნაწლავიდან',მოლეკულური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 24(19), გვ. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. და სხვ. (2021) 'მრავალრეზისტენტული Proteus mirabilis იზოლატები, რომლებიც ატარებენ blaOXA-1 და blaNDM-1 ველური ბუნებიდან ჩინეთში: იზრდება საზოგადოებრივი ჯანმრთელობის რისკი',ინტეგრირებული ზოოლოგია, 16(6), გვ.798–809. დოი: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT და სხვ. (2017) 'ენდოფიტის Bacillus flexus KLBMP 4941 გენომის სრული თანმიმდევრობა ავლენს მის მცენარეთა ზრდის ხელშეწყობის მექანიზმს და მარილების ტოლერანტობის გენეტიკურ საფუძველს',ჟურნალი ბიოტექნოლოგია, 260, გვ.38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. და სხვ. (2021) 'Klebsiella-ს მრავალრეპლიკონის რეზისტენტული პლაზმიდები შუამავლობენ ანტიმიკრობული გენების ფართო გავრცელებას',საზღვრები მიკრობიოლოგიაში, 12, გვ. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
