16S/18S/მისი Amplicon თანმიმდევრობა-Pacbio
მომსახურების თვისებები
● თანმიმდევრობის პლატფორმა: Pacbio Revio
● თანმიმდევრობის რეჟიმი: CCS (HIFI კითხულობს)
Target სამიზნე რეგიონის გამაძლიერებელი, რასაც მოჰყვა ამპლიკონების ტანდემი
მომსახურების უპირატესობები
●უმაღლესი ტაქსონომიური რეზოლუცია: Tჰან მოკლემეტრაჟიანი თანმიმდევრობა,OTU– ს უფრო მაღალი კლასიფიკაციის მაჩვენებლების ჩატარება სახეობების დონეზე.
●უაღრესად ზუსტი საბაზო ზარი: Pacbio CCS რეჟიმის თანმიმდევრობა (HIFI კითხულობს).
●იზოლაციის გარეშე: მიკრობული შემადგენლობის სწრაფი იდენტიფიცირება გარემოს ნიმუშებში.
●ფართოდ გამოიყენება: მრავალფეროვანი მიკრობული საზოგადოების კვლევები.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმაციული ანალიზი: უახლესი QIIME2 პაკეტი (რაოდენობრივი შეხედულებისამებრ მიკრობული ეკოლოგიაში) მრავალფეროვანი ანალიზით, მონაცემთა ბაზის, ანოტაციის, OTU/ASV თვალსაზრისით.
●ფართო ექსპერტიზა: ყოველწლიურად ჩატარებული ათასობით ამპლიკონის თანმიმდევრობის პროექტით, Bmkgene მოაქვს ათწლეულ გამოცდილებას, მაღალკვალიფიციური ანალიზის ჯგუფს, ყოვლისმომცველ შინაარსს და შესანიშნავი გაყიდვების მხარდაჭერას.
მომსახურების სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებულია მონაცემები |
| ამპლიკონი | Pacbio Revio | 10/30/50 K ტეგები (CCS) |
ნიმუშის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/μl) | მთლიანი თანხა (μg) | მოცულობა (μl) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
რეკომენდებული ნიმუშის მიწოდება
გაყინეთ ნიმუშები თხევადი აზოტით 3-4 საათის განმავლობაში და შეინახეთ თხევადი აზოტით ან -80 ხარისხით გრძელვადიანი დაჯავშნამდე. ნიმუშის გადაზიდვა საჭიროა მშრალი ყინულით.
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვების შემდეგ
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
● ნედლი მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
● OTU კლასტერული/de-noise (ASV)
● OTU ანოტაცია
● ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი: მრავალჯერადი ინდექსი, მათ შორის Shannon, Simpson და Ace.
● ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი
● ჯგუფური ანალიზი
● კორელაციის ანალიზი: გარემო ფაქტორებსა და კომპოზიციასა და მრავალფეროვნებას შორის
● 16S ფუნქციური გენის პროგნოზი
ტაქსონომიური განაწილების ჰისტოგრამა
საზოგადოების განაწილება ფილოგენეტიკური ხე
ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი: ტუზი
საძიებელი
ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი: PCOA
ჯგუფების ანალიზი: ANOVA
გამოიკვლიეთ Bmkgene– ის ამპლიკონის თანმიმდევრობის სერვისების Pacbio– ს მიერ მიღწეული წინსვლები, პუბლიკაციების განკურნებული კოლექციის საშუალებით.
გაო, X. და ვანგი, ჰ. 1), გვ. 16. doi: 10.3390/Fermentation9010016/s1.
Li, S. et al. (2023) ”მიკრობული მუქი მატერიის დაჭერა უდაბნოში ნიადაგებში, კულტურომიებზე დაფუძნებული მეტაგენომისა და მაღალი რეზოლუციის ანალიზით”, NPJ ბიოფილმები და მიკრობიომები 2023 9: 1, 9 (1), გვ. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
მუ, ლ. Et al. (2022) 'ცხიმოვანი მჟავების მარილების მოქმედება დუღილის მახასიათებლებზე, ბაქტერიულ მრავალფეროვნებაზე და აერობული სტაბილურობაზე, რომელიც მომზადებულია ალფალფასთან, ბრინჯის ჩალის და ხორბლის ქატოთი', ჟურნალი სურსათისა და სოფლის მეურნეობის მეცნიერების შესახებ, 102 (4), გვ. 1475 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'ურთიერთქმედება ჟანგვითი სტრესის ბიომარკერებსა და ნაწლავის მიკრობიოტას შორის ექსტრაქტების ანტიოქსიდანტურ ეფექტებში Sonchus brachyotus DC- დან. ოქსაზოლონის გამოწვეული ნაწლავის ჟანგვითი სტრესი მოზრდილ ზებრაფში, ანტიოქსიდანტები 2023, ტომი. 12, გვერდი 192, 12 (1), გვ. 192. Doi: 10.3390/antiox12010192.
