16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
სერვისის მახასიათებლები
● თანმიმდევრობის პლატფორმა: Illumina NovaSeq.
● 16S, 18S და ITS-ის მოკლე რეგიონების გაძლიერება სხვა გამაძლიერებელ სამიზნეებთან ერთად.
● ამპლიკონის მოქნილი არჩევანი.
● წინა პროექტის გამოცდილება მრავალი გამაძლიერებელი მიზნებით.
სერვისის უპირატესობები
●იზოლაციის გარეშე:მიკრობული შემადგენლობის სწრაფი იდენტიფიკაცია გარემოს ნიმუშებში.
●მაღალი გარჩევადობა: გარემოს ნიმუშებში დაბალი სიმრავლის კომპონენტებში.
●ფართოდ გამოიყენება: მრავალფეროვანი მიკრობული საზოგადოების კვლევები.
●ყოვლისმომცველი ბიოინფორმატიული ანალიზი: უახლესი QIIME2 პაკეტი (რაოდენობრივი ხედვა მიკრობული ეკოლოგიაში) მრავალფეროვანი ანალიზით მონაცემთა ბაზის, ანოტაციის, OTU/ASV თვალსაზრისით.
●ვრცელი ექსპერტიზა: ყოველწლიურად ჩატარებული 150 ათასი ამპლიკონის თანმიმდევრობის პროექტებით, BMKGENE მოაქვს ათწლეულზე მეტი ხნის გამოცდილებას, მაღალკვალიფიციურ ანალიზურ გუნდს, ყოვლისმომცველ კონტენტს და გაყიდვების შემდგომ შესანიშნავ მხარდაჭერას.
სერვისის სპეციფიკაციები
| ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდირებულია მონაცემები |
| ამპლიკონი | ილუმინა PE250 | 50/100/300K ტეგები (წაკითხული წყვილი) |
სერვისის მოთხოვნები
| კონცენტრაცია (ნგ/მკლ) | მთლიანი რაოდენობა (ნგ) | მოცულობა (μL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● ნიადაგი/შლამი: 1-2გ
● ნაწლავის შემცველობა-ცხოველური: 0,5-2გრ
● ნაწლავის შიგთავსი-მწერი: 0,1-0,25გ
● მცენარის ზედაპირი (გამდიდრებული ნალექი): 0,1-0,5გ
● დუღილის ბულიონი გამდიდრებული ნალექი): 0,1-0,5გ
● განავალი (მსხვილი ცხოველები): 0,5-2გრ
● განავალი (თაგვი): 3-5 მარცვალი
● ფილტვის ალვეოლური ამორეცხვის სითხე: ფილტრის ქაღალდი
● ვაგინალური ნაცხი: 5-6 ნაცხი
● კანის/გენიტალური ნაცხი/ნერწყვი/პირის ღრუს რბილი ქსოვილი/ფარინგეალური ნაცხი/რექტალური ნაცხი: 2-3 ნაცხი
● ზედაპირული მიკროორგანიზმები: ფილტრის ქაღალდი
● წყლის სხეული/ჰაერი/ბიოფილმი: ფილტრის ქაღალდი
● ენდოფიტები: 1-2გ
● დენტალური ნადები: 0,5-1გ
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მიწოდება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
- ნედლეული მონაცემთა ხარისხის კონტროლი
- OTU კლასტერირება /ხმაურის ამოღება (ASV)
- OTU ანოტაცია
- ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი: მრავალი ინდექსი, მათ შორის Shannon, Simpson და ACE.
- ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი
- ჯგუფთაშორისი ანალიზი
- კორელაციის ანალიზი: გარემო ფაქტორებსა და OUT შემადგენლობასა და მრავალფეროვნებას შორის
- 16S ფუნქციური გენის პროგნოზირება
ტაქსონომიური განაწილების ჰისტოგრამა
ტაქსონომიური სიმრავლის კლასტერული სითბოს რუკა
ალფა მრავალფეროვნების ანალიზი: იშვიათი მრუდი
ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი: NMDS
ჯგუფთაშორისი ანალიზი: LEFSE ბიომარკერის აღმოჩენა
გამოიკვლიეთ მიღწევები, რაც ხელს უწყობს BMKGene-ის ამპლიკონის თანმიმდევრობის სერვისებს Illumina-სთან ერთად პუბლიკაციების კურირებული კოლექციის მეშვეობით.
Dong, C. et al. (2022) 'Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/F
Li, Y. და სხვ. (2023) 'სინთეზური ბაქტერიული კონსორციუმის ტრანსპლანტაცია Gardnerella vaginalis-ით გამოწვეული ბაქტერიული ვაგინოზის სამკურნალოდ თაგვებში', Microbiome, 11(1), გვ. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. and Liu, H. (2022) 'ჰაერის მტვრის მიკრობიომები შეგროვებული მიწისზედა დახურული ბიორეგენერაციული სიცოცხლის მხარდაჭერის ექსპერიმენტის დროს "მთვარის სასახლე 365"", Environmental Microbiomes, 17(1), გვ. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/ფიგურები/8.
იინი, ს. და სხვ. (2022) "ფუნქციონალური გენების საკვების მარაგზე დამოკიდებული სიმრავლე, რომელიც დაკავშირებულია აზოტის ტრანსფორმაციასთან, აკონტროლებს აზოტის დაკარგვას კომპოსტირებაში", Bioresource Technology, 361, გვ. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
