10x Genomics Visium სივრცითი ტრანსკრიპციული
ტექნიკური სქემა
თვისებები
● რეზოლუცია: 100 μm
● ლაქის დიამეტრი: 55 μm
● ლაქების რაოდენობა: 4992
● დაჭერის არეალი: 6.5 x 6.5 მმ
● თითოეული შტრიხ -კოდირებული ლაქა დატვირთულია პრაიმერებით, რომლებიც შედგება 4 განყოფილებისგან:
- პოლი (DT) კუდი mRNA პრაიმინგისთვის და cDNA სინთეზისთვის
- უნიკალური მოლეკულური იდენტიფიკატორი (UMI) გამაძლიერებელი მიკერძოების გასწორების მიზნით
- სივრცითი შტრიხ -კოდი
- ნაწილობრივი წაკითხვის 1 თანმიმდევრობის პრაიმერის სავალდებულო თანმიმდევრობა
● H&E სექციების შეღებვა
უპირატესობები
●ერთჯერადი მომსახურება: აერთიანებს ყველა გამოცდილებას და უნარ-ჩვევებზე დაფუძნებულ ნაბიჯებს, მათ შორის კრიო-სექციას, შეღებვას, ქსოვილების ოპტიმიზაციას, სივრცითი შტრიხ-კოდირებას, ბიბლიოთეკის მომზადებას, თანმიმდევრობას და ბიოინფორმატიკას.
● მაღალკვალიფიციური ტექნიკური გუნდი: 250 -ზე მეტი ქსოვილის ტიპისა და 100+ სახეობის გამოცდილებით, მათ შორის ადამიანის, თაგვის, ძუძუმწოვრების, თევზის და მცენარეების ჩათვლით.
●რეალურ დროში განახლება მთელ პროექტზე: ექსპერიმენტული პროგრესის სრული კონტროლით.
●ყოვლისმომცველი სტანდარტული ბიოინფორმატიკა:პაკეტში შედის 29 ანალიზი და 100+ მაღალი ხარისხის ფიგურა.
●მონაცემთა მორგებული ანალიზი და ვიზუალიზაცია: ხელმისაწვდომია სხვადასხვა კვლევის მოთხოვნებისთვის.
●არჩევითი ერთობლივი ანალიზი ერთუჯრედიანი mRNA თანმიმდევრობით
სპეციფიკაციები
| ნიმუშის მოთხოვნები | ბიბლიოთეკა | თანმიმდევრობის სტრატეგია | რეკომენდებულია მონაცემები | ხარისხის კონტროლი |
| ოქტომბრის ჩაშენებული კრიო ნიმუშები (ოპტიმალური დიამეტრი: დაახლ. 6x6x6 მმ) 2 ბლოკი თითო ნიმუშზე | 10x Visium cDNA ბიბლიოთეკა | Illumina PE150 | 50K PE კითხულობს თითო ადგილზე (60 GB) | Rin> 7 |
დამატებითი ინფორმაციისთვის ნიმუშის მომზადების სახელმძღვანელოსა და მომსახურების სამუშაოების შესახებ, გთხოვთ, თავისუფლად ისაუბროთ აBmkgene ექსპერტი
სამსახურის სამუშაო ნაკადი
ნიმუშის მომზადების ფაზაში ხორციელდება RNA– ს მოპოვების საწყისი ნაყარი მოპოვების ტესტირება, რათა მიიღოთ მაღალი ხარისხის RNA. ქსოვილის ოპტიმიზაციის ეტაპზე სექციები შეღებილია და ვიზუალიზებულია და ქსოვილისგან mRNA განთავისუფლების პერმებილიზაციის პირობები ოპტიმიზირებულია. ოპტიმიზებული პროტოკოლი შემდეგ გამოიყენება ბიბლიოთეკის მშენებლობის დროს, რასაც მოჰყვება თანმიმდევრობა და მონაცემთა ანალიზი.
მომსახურების სრული სამუშაო ნაკადი მოიცავს რეალურ დროში განახლებებს და კლიენტის დადასტურებებს, რომ შეინარჩუნონ საპასუხო უკუკავშირის მარყუჟი, რაც უზრუნველყოფს პროექტის გლუვი შესრულების უზრუნველყოფას.
მოიცავს შემდეგ ანალიზს:
მონაცემთა ხარისხის კონტროლი:
o მონაცემთა გამომავალი და ხარისხის ქულების განაწილება
o გენის გამოვლენა ერთ ადგილზე
o ქსოვილის დაფარვა
შიდა ნიმუშის ანალიზი:
o გენის სიმდიდრე
o ადგილზე კლასტერული, მათ შორის შემცირებული განზომილების ანალიზით
o დიფერენციალური გამოხატვის ანალიზი მტევნებს შორის: მარკერის გენების იდენტიფიცირება
o მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
ჯგუფური ანალიზი
o ორივე ნიმუშისგან ლაქების ხელახლა შედგენა (მაგ. დაავადებული და კონტროლი) და ხელახლა კლასტერი
o თითოეული კლასტერისთვის მარკერის გენების იდენტიფიცირება
o მარკერის გენების ფუნქციური ანოტაცია და გამდიდრება
o ჯგუფებს შორის ერთი და იგივე კლასტერის დიფერენციალური გამოხატულება
შიდა ნიმუშის ანალიზი
ადგილზე კლასტერული
მარკერის გენების იდენტიფიკაცია და სივრცითი განაწილება
ჯგუფური ანალიზი
მონაცემთა კომბინაცია ორივე ჯგუფიდან და ხელახალი კლასტერიდან
ახალი მტევნების მარკერის გენები
გამოიკვლიეთ BMKGENE– ის სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის სერვისის მიერ 10x Visium– ის მიერ განხორციელებული წინსვლები ამ გამორჩეულ პუბლიკაციებში:
ჩენი, დ. Et al. (2023) 'MTHL1, ძუძუმწოვრების ადჰეზიური GPCR- ების პოტენციური დროსოფილას ჰომოლოგი, ჩართულია ანტიმუმორული რეაქციების დროსამერიკის შეერთებული შტატების მეცნიერებათა ეროვნული აკადემიის შრომები, 120 (30), გვ. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
ჩენი, ი. Et al. (2023) 'ფოლადი საშუალებას იძლევა მაღალი რეზოლუციის დელიკატაცია სპატიოტემორული ტრანსკრიპტიკური მონაცემების შესახებ',ბრიფინგები ბიოინფორმატიკაში, 24 (2), გვ. 1–10. doi: 10.1093/bib/bbad068.
ლიუ, C. et al. (2022) 'ორგანოგენეზის სპატიოტემორალური ატლასი ორქიდეის ყვავილების განვითარებაში',ნუკლეინის მჟავების კვლევა, 50 (17), გვ. 9724–9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. et al. (2023) 'სივრცითი ტრანსკრიპტომიკის ინტეგრირება და ერთჯერადი ბირთვული რნმ-ის თანმიმდევრობა ცხადყოფს საშვილოსნოს ლეიომიომის პოტენციურ თერაპიულ სტრატეგიებს',ბიოლოგიური მეცნიერებების საერთაშორისო ჟურნალი, 19 (8), გვ .2515–2530. doi: 10.7150/ijbs.83510.
