Urutan Fragmen Diperkuat Lokus Khusus (SLAF-Seq)
Alur kerja
Skema Teknis
Fitur Layanan
● Sequencing ing NovaSeq karo PE150.
● Persiapan perpustakaan kanthi barcode kaping pindho, bisa nglumpukake luwih saka 1000 conto.
● Teknik iki bisa digunakake nganggo utawa tanpa génom referensi, kanthi pipa bioinformatik sing beda kanggo saben kasus:
Kanthi génom referensi: SNP lan InDel panemuan
Tanpa génom referensi: clustering sampel lan panemuan SNP
● Inging silicotataran pra-desain kombinasi enzim sawetara watesan disaring kanggo nemokake sing ngasilake distribusi seragam tag SLAF bebarengan génom.
● Sajrone pra-eksperimen, telung kombinasi enzim dites ing 3 conto kanggo ngasilake 9 perpustakaan SLAF, lan informasi iki digunakake kanggo milih kombinasi enzim watesan sing optimal kanggo proyek kasebut.
Kaluwihan Service
●Penemuan Marker Genetik Dhuwur: Nggabungake sistem barcode dobel-throughput dhuwur ngidini kanggo urutan simultaneous saka populasi gedhe, lan amplifikasi locus-tartamtu nambah efficiency, mesthekake yen nomer tag ketemu syarat warna saka macem-macem pitakonan riset.
● Katergantungan Low ing Genome: Bisa ditrapake kanggo spesies kanthi utawa tanpa génom referensi.
●Desain Skema Fleksibel: Enzim tunggal, dual-enzim, pencernaan multi-enzim, lan macem-macem jinis enzim kabeh bisa dipilih kanggo nyukupi tujuan utawa spesies riset sing beda. Inging silicopra-desain ditindakake kanggo njamin desain enzim sing optimal.
● Efisiensi Tinggi ing Pencernaan Enzim: Konduksi aning silicopra-desain lan pra-eksperimen njamin desain optimal kanthi distribusi tag SLAF ing kromosom (1 tag SLAF / 4Kb) lan urutan repetitive suda (<5%).
●Keahlian ekstensif: Tim kita ndadekke kasugihan saka pengalaman kanggo saben project, karo cathetan trek nutup liwat 5000 SLAF-Seq projects ing atusan spesies, kalebu tetanduran, mamalia, manuk, serangga, lan organisme akuatik.
● Alur Kerja Bioinformatik sing dikembangake dhewe: BMKGENE ngembangake alur kerja bioinformatik terpadu kanggo SLAF-Seq kanggo njamin linuwih lan akurasi output final.
Spesifikasi Layanan
| Jinis analisis | Skala populasi sing disaranake | Strategi urutan | |
| Ambane urutan tag | Tag nomer | ||
| Peta Genetik | 2 wong tuwa lan > 150 anak | Wong tuwa: 20x WGS Keturunan: 10x | Ukuran genome: <400 Mb: WGS dianjurake <1Gb: 100K tags 1-2Gb:: 200K tags > 2Gb: 300K tags Max 500k tags |
| Studi Asosiasi Genom-Wide (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Evolusi Genetik | ≥30 sampel, kanthi> 10 sampel saka saben subkelompok | 10x | |
Requirements Layanan
Konsentrasi ≥ 5 ng/µL
Jumlah total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel agarose: ora ana utawa winates degradasi utawa kontaminasi
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadah: 2 ml tabung centrifuge
(Kanggo umume conto, disaranake supaya ora disimpen ing etanol)
Labeling sampel: Sampel kudu diwenehi label kanthi jelas lan padha karo formulir informasi sampel sing dikirim.
Kintunan: Es garing: Sampel kudu dibungkus dhisik ing kantong lan dikubur ing es garing.
Alur Kerja Layanan
Sampel QC
Eksperimen pilot
SLAF-eksperimen
Persiapan Pustaka
Sequencing
Analisis Data
Layanan sawise-sale
Kalebu analisis ing ngisor iki:
- Urutan data QC
- pangembangan tag SLAF
Pemetaan kanggo referensi génom
Tanpa génom referensi: clustering
- Analisis tag SLAF.: statistik, distribusi ing genom
- Penemuan marker: SNP, InDel, SNV, panggilan CV lan anotasi
Distribusi tag SLAF ing kromosom:
Distribusi SNP ing kromosom:
SNP anotasi
| taun | Jurnal | IF | judhul | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Dasar genomik saka kromosom giga lan genom giga saka peony wit Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist anyar | 7.433 | Jejak domestikasi jangkar wilayah genom sing wigati agronomis ing kedhele | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Riset Lanjut | 12.822 | Introgresi artifisial genom saka Gossypium barbadense menyang G. hirsutum mbukak lokus unggul kanggo nambah kualitas serat katun lan ngasilaken sipat | SLAF-Evolusioner genetika |
| 2019 | Tanduran Molekul | 10.81 | Analisis Genomik Populasi lan Majelis De Novo Mbukak Asal-Usul Weedy Beras minangka Game Evolusi | SLAF-Evolusioner genetika |
| 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Urutan genom lan keragaman genetik saka carp umum, Cyprinus carpio | Peta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Genom kacang sing diolah menehi wawasan babagan kariotipe legum, poliploid evolusi lan domestikasi tanduran. | Peta SLAF-Linkage |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 9.803 | Identifikasi ST1 nuduhake pilihan sing nglibatake hitchhiking morfologi wiji lan kandungan lenga sajrone domestikasi kedelai | Pangembangan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Internasional Ilmu Molekuler | 6.208 | Identifikasi lan Pengembangan Marker DNA kanggo Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | Pangembangan SLAF-Marker |
| taun | Jurnal | IF | judhul | Aplikasi |
| 2023 | Watesan ing ilmu tanduran | 6.735 | Pemetaan QTL lan analisis transkriptom isi gula sajrone pematangan buah Pyrus pyrifolia | Peta Genetik |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tumbuhan | 8.154 | Identifikasi ST1 nuduhake pilihan sing nglibatake hitchhiking morfologi wiji lan kandungan minyak sajrone domestikasi kedelai
| Telpon SNP |
| 2022 | Watesan ing ilmu tanduran | 6.623 | Genom-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes ing Lingkungan Kemarau.
| GWAS |
