-
Urutan RNA inti tunggal
Pangembangan teknik tangkapan sel siji lan teknik konstruksi perpustakaan khusus, ditambah karo urutan throughput dhuwur, wis ngrevolusi studi ekspresi gen ing tingkat sel. Terobosan iki ngidini analisis sing luwih jero lan luwih lengkap babagan populasi sel sing kompleks, ngatasi watesan sing ana gandhengane karo ekspresi gen rata-rata ing kabeh sel lan njaga heterogenitas sejatine ing populasi kasebut. Nalika urutan RNA sel siji (scRNA-seq) nduweni kaluwihan sing ora bisa dipungkiri, nemoni tantangan ing jaringan tartamtu ing ngendi nggawe suspensi sel siji mbuktekake angel lan mbutuhake conto anyar. Ing BMKGene, kita ngatasi alangan iki kanthi nawakake urutan RNA inti tunggal (snRNA-seq) nggunakake teknologi 10X Genomics Chromium sing paling canggih. Pendekatan iki nggedhekake spektrum sampel sing bisa ditrapake kanggo analisis transkriptom ing tingkat sel tunggal.
Isolasi inti ditindakake liwat chip 10X Genomics Chromium sing inovatif, kanthi sistem mikrofluida wolung saluran kanthi nyebrang kaping pindho. Ing sistem iki, manik-manik gel sing nggabungake barcode, primer, enzim, lan inti siji dienkapsulasi ing tetes minyak ukuran nanoliter, mbentuk Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Sawise pembentukan GEM, lisis sel lan release barcode dumadi ing saben GEM. Sabanjure, molekul mRNA ngalami transkripsi mbalikke menyang cDNA, nggabungake 10X barcode lan Unique Molecular Identifiers (UMI). cDNA iki banjur tundhuk construction perpustakaan urutan standar, nggampangake eksplorasi mantep lan lengkap saka profil ekspresi gen ing tingkat sel siji.
Platform: 10 × Genomics Chromium lan Platform Illumina NovaSeq
-
10x Transkriptom Spasial Visium Genomics
Transkriptomi spasial minangka teknologi canggih sing ngidini peneliti nyelidiki pola ekspresi gen ing jaringan nalika njaga konteks spasial. Salah sawijining platform sing kuat ing domain iki yaiku 10x Genomics Visium ditambah karo urutan Illumina. Prinsip 10X Visium dumunung ing chip khusus kanthi area panangkepan sing ditemtokake ing ngendi bagean jaringan diselehake. Wilayah panangkepan iki ngemot titik barcode, saben cocog karo lokasi spasial sing unik ing jaringan kasebut. Molekul RNA sing dijupuk saka jaringan banjur dilabeli karo pengenal molekul unik (UMI) sajrone proses transkripsi mbalikke. Titik barcode lan UMI iki mbisakake pemetaan spasial sing tepat lan kuantifikasi ekspresi gen ing resolusi sel siji. Kombinasi conto barcode spasial lan UMI njamin akurasi lan spesifik data sing digawe. Kanthi nggunakake teknologi Spatial Transcriptomics iki, peneliti bisa entuk pangerten sing luwih jero babagan organisasi spasial sel lan interaksi molekuler sing kompleks sing kedadeyan ing jaringan, menehi wawasan sing ora penting babagan mekanisme sing ndasari proses biologi ing pirang-pirang lapangan, kalebu onkologi, neurosains, biologi perkembangan, imunologi. , lan studi botani.
Platform: 10X Genomics Visium lan Illumina NovaSeq
-
Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore
Nalika urutan mRNA basis NGS minangka alat serbaguna kanggo ngetung ekspresi gen, katergantungan ing maca cekak mbatesi efektifitas ing analisis transkriptomi sing kompleks. Ing sisih liya, urutan nanopore nggunakake teknologi sing wis suwe diwaca, ngidini urutan transkrip mRNA lengkap. Pendekatan iki nggampangake eksplorasi komprehensif splicing alternatif, fusi gen, poli-adenilasi, lan kuantifikasi isoform mRNA.
Urutan nanopore, cara sing gumantung ing sinyal listrik wektu nyata molekul nanopore, nyedhiyakake asil ing wektu nyata. Dipandu dening protèin motor, DNA untai ganda ngiket karo protèin nanopore sing dilebokaké ing biofilm, ora bakal kenthel nalika ngliwati saluran nanopore ing prabédan voltase. Sinyal listrik khas sing diasilake dening basis beda ing untaian DNA dideteksi lan diklasifikasikake ing wektu nyata, nggampangake urutan nukleotida sing akurat lan terus-terusan. Pendekatan inovatif iki ngatasi watesan sing diwaca kanthi cendhak lan nyedhiyakake platform dinamis kanggo analisis genomik sing rumit, kalebu studi transkriptomi sing kompleks, kanthi asil langsung.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Urutan mRNA lengkap -PacBio
Nalika urutan mRNA basis NGS minangka alat serbaguna kanggo ngitung ekspresi gen, katergantungan ing maca cekak mbatesi panggunaan ing analisis transkriptomi sing kompleks. Ing sisih liya, urutan PacBio (Iso-Seq) nggunakake teknologi sing wis suwe diwaca, supaya urutan transkrip mRNA lengkap. Pendekatan iki nggampangake eksplorasi komprehensif splicing alternatif, fusi gen, lan poli-adenilasi. Nanging, ana pilihan liyane kanggo kuantifikasi ekspresi gen amarga jumlah data sing dibutuhake. Teknologi urutan PacBio gumantung marang urutan molekul siji, wektu nyata (SMRT), nyedhiyakake keuntungan sing beda kanggo njupuk transkrip mRNA kanthi lengkap. Pendekatan inovatif iki kalebu nggunakake pandu gelombang mode nol (ZMW) lan sumur mikrofabrikasi sing mbisakake pengamatan wektu nyata aktivitas polimerase DNA sajrone urutan. Ing ZMW kasebut, polimerase DNA PacBio nyintesis untaian DNA pelengkap, ngasilake wacan dawa sing nyakup kabeh transkrip mRNA. Operasi PacBio ing mode Circular Consensus sequencing (CCS) nambah akurasi kanthi ngurutake molekul sing padha. Wacan HiFi sing digawe nduweni akurasi sing bisa dibandhingake karo NGS, luwih akeh nyumbang kanggo analisis lengkap lan dipercaya fitur transkriptomi kompleks.
Platform: PacBio Sekuel II; PacBio Revio
-
Eukariotik mRNA Sequencing-NGS
Urutan mRNA, teknologi serbaguna, nguatake profil lengkap kabeh transkrip mRNA ing sel ing kahanan tartamtu. Kanthi aplikasi sing wiyar, alat canggih iki mbukak profil ekspresi gen sing rumit, struktur gen, lan mekanisme molekuler sing ana gandhengane karo proses biologi sing maneka warna. Diadopsi sacara umum ing riset dhasar, diagnosa klinis, lan pangembangan obat, urutan mRNA nawakake wawasan babagan seluk-beluk dinamika seluler lan regulasi genetik, sing nyebabake rasa penasaran babagan potensial ing macem-macem lapangan.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Non-Referensi adhedhasar mRNA Sequencing-NGS
Urutan mRNA nguatake profil lengkap kabeh transkrip mRNA ing sel ing kahanan tartamtu. Teknologi mutakhir iki minangka alat sing kuat, mbukak profil ekspresi gen sing rumit, struktur gen, lan mekanisme molekuler sing ana gandhengane karo proses biologi sing beda-beda. Diadopsi sacara umum ing riset dhasar, diagnostik klinis, lan pangembangan obat, urutan mRNA nawakake wawasan babagan seluk-beluk dinamika seluler lan regulasi genetik.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
-
Long Non-coding Sequencing-Illumina
Long non-coding RNAs (lncRNAs) luwih saka 200 nukleotida sing nduweni potensial pengkodean minimal lan minangka unsur penting ing RNA non-coding. Ditemokake ing nukleus lan sitoplasma, RNA iki nduweni peran penting ing regulasi epigenetik, transkripsi, lan pasca-transkripsi, sing negesake pentinge kanggo mbentuk proses seluler lan molekuler. Urutan LncRNA minangka alat sing kuat ing diferensiasi sel, Ontogenesis, lan penyakit manungsa.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Cilik RNA Sequencing-Illumina
Molekul RNA cilik (sRNA), kalebu microRNAs (miRNAs), RNA interfering cilik (siRNAs), lan piwi-interacting RNAs (piRNAs). Antarane iki, miRNAs, watara 18-25 nukleotida dawane, utamané penting kanggo peran pangaturan pivotal ing macem-macem proses seluler. Kanthi pola ekspresi spesifik jaringan lan spesifik panggung, miRNA nuduhake konservasi dhuwur ing macem-macem spesies.
Platform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Sirkuler RNA sequencing (circRNA-seq) kanggo profil lan nganalisa sirkular RNA, kelas molekul RNA sing mbentuk puteran tertutup amarga acara splicing non-kanonik, nyediakake RNA iki karo stabilitas tambah. Nalika sawetara circRNA wis ditampilake tumindak minangka spons microRNA, sequestering microRNAs lan nyegah saka ngatur mRNA target, circRNAs liyane bisa sesambungan karo protein, modulasi ekspresi gen, utawa duwe peran ing proses seluler. Analisis ekspresi circRNA menehi wawasan babagan peran pangaturan molekul kasebut lan pentinge ing macem-macem proses seluler, tahap perkembangan, lan kahanan penyakit, nyumbang kanggo pemahaman sing luwih jero babagan kerumitan regulasi RNA ing konteks ekspresi gen.
-
Urutan Transkriptom Kabeh - Illumina
Urutan transkriptom lengkap nawakake pendekatan lengkap kanggo nggawe profil macem-macem molekul RNA, kalebu coding (mRNA) lan RNA non-coding (lncRNA, circRNA, lan miRNA). Teknik iki njupuk kabeh transkriptom sel tartamtu ing wektu tartamtu, ngidini kanggo pangerten sakabehe proses seluler. Uga dikenal minangka "urutan RNA total," tujuane kanggo mbukak jaringan pangaturan sing rumit ing tingkat transkriptom, supaya analisa jero kayata RNA endogen (ceRNA) saingan lan analisis RNA gabungan. Iki nandhani langkah awal menyang karakterisasi fungsional, utamane kanggo mbukak jaringan pangaturan sing nglibatake interaksi ceRNA adhedhasar circRNA-miRNA-mRNA.
