-
Metagenomic Sequencing -NGS
Metagenom minangka kumpulan materi genetik total saka komunitas campuran organisme, kayata metagenom lingkungan lan manungsa. Isine génom mikroorganisme sing bisa dibudidaya lan ora bisa dibudidaya. Urutan metagenomik senapan karo NGS mbisakake nyinaoni lanskap genomik rumit iki sing diselehake ing conto lingkungan kanthi menehi luwih saka profiling taksonomi, menehi uga wawasan granular babagan keragaman spesies, dinamika kelimpahan, lan struktur populasi sing kompleks. Ngluwihi studi taksonomi, metagenomics shotgun uga nawakake perspektif genomik fungsional, ngidini eksplorasi gen sing dikode lan peran sing diduga ing proses ekologis. Pungkasan, panyiapan jaringan korélasi antarane unsur genetik lan faktor lingkungan nyumbang kanggo pemahaman holistik babagan interaksi rumit antarane komunitas mikroba lan latar mburi ekologis. Kesimpulane, urutan metagenomik minangka instrumen penting kanggo ngungkapake kerumitan genom saka komunitas mikroba sing maneka warna, madhangi hubungan multifaset antarane genetika lan ekologi ing ekosistem kompleks kasebut.
Platform: Illumina NovaSeq lan DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
Metagenom minangka koleksi materi genetik saka komunitas campuran organisme, kayata metagenom lingkungan lan manungsa. Isine génom mikroorganisme sing bisa dibudidaya lan ora bisa dibudidaya. Urutan metagenomik mbisakake nyinaoni lanskap genom rumit iki sing diselehake ing conto ekologis kanthi menehi luwih saka profiling taksonomi. Uga nawakake perspektif genomik fungsional kanthi njelajah gen sing dikode lan peran putative ing proses lingkungan. Nalika pendekatan shotgun tradisional karo urutan Illumina wis akeh digunakake ing pasinaon metagenomic, tekane saka Nanopore lan PacBio long-maca urutan wis ngganti lapangan. Teknologi Nanopore lan PacBio ningkatake analisis bioinformatika hilir, utamane perakitan metagenome, njamin rakitan sing luwih terus-terusan. Laporan nuduhake yen metagenomik basis Nanopore lan PacBio wis kasil ngasilake genom bakteri lengkap lan tertutup saka mikrobioma kompleks (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nggabungake maca Nanopore karo maca Illumina nyedhiyakake pendekatan strategis kanggo koreksi kesalahan, nyuda akurasi rendah Nanopore. Kombinasi sinergis iki nggunakake kekuwatan saben platform urutan, menehi solusi sing kuat kanggo ngatasi watesan potensial lan ningkatake presisi lan linuwih analisis metagenomik.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia lan PacBio Revio
-
Urutan genom bisulfit utuh (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) minangka metodologi standar emas kanggo eksplorasi metilasi DNA kanthi jero, utamane posisi kaping lima ing sitosin (5-mC), regulator ekspresi gen lan aktivitas seluler. Prinsip sing ndasari WGBS nyakup perawatan bisulfit, nyebabake konversi sitosin sing ora dimetilasi dadi urasil (C dadi U), nalika ninggalake sitosin metilasi ora owah. Tèknik iki nawakake résolusi basis tunggal, saéngga para panaliti bisa nliti methylome kanthi lengkap lan nemokake pola metilasi abnormal sing ana gandhengane karo macem-macem kahanan, utamane kanker. Kanthi nggunakake WGBS, para ilmuwan bisa entuk wawasan sing ora ana tandhingane babagan lanskap metilasi genom, nyedhiyakake pangerten babagan mekanisme epigenetik sing ndasari proses lan penyakit biologi sing beda-beda.
-
Pengujian kanggo Kromatin sing Bisa Diakses Transposase kanthi Sekuensing Throughput Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq minangka teknik urutan throughput dhuwur sing digunakake kanggo analisis aksesibilitas kromatin genom. Panggunaan kasebut menehi pemahaman sing luwih jero babagan mekanisme kompleks kontrol epigenetik global babagan ekspresi gen. Cara kasebut nggunakake transposase Tn5 hiperaktif kanggo mecah lan menehi tag wilayah kromatin sing mbukak kanthi nyisipake adaptor urutan. amplifikasi PCR sakteruse nyebabake nggawe perpustakaan urutan, sing ngidini kanggo identifikasi lengkap wilayah kromatin mbukak ing kahanan spasi-wektu tartamtu. ATAC-seq nyedhiyakake tampilan holistik babagan lanskap kromatin sing bisa diakses, ora kaya cara sing mung fokus ing situs pengikat faktor transkripsi utawa wilayah sing diowahi histone tartamtu. Kanthi ngurutake wilayah kromatin sing mbukak, ATAC-seq nuduhake wilayah sing luwih seneng urutan regulasi aktif lan situs pengikat faktor transkripsi potensial, menehi wawasan penting babagan modulasi dinamis ekspresi gen ing genom.
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Gen 16S lan 18S rRNA, bebarengan karo wilayah Internal Transcribed Spacer (ITS), dadi penanda sidik jari molekul sing penting amarga kombinasi wilayah sing banget konservasi lan hiper-variabel, nggawe piranti kasebut minangka alat sing penting kanggo menehi ciri organisme prokariotik lan eukariotik. Amplifikasi lan urutan wilayah kasebut menehi pendekatan bebas isolasi kanggo nyelidiki komposisi lan keragaman mikroba ing macem-macem ekosistem. Nalika urutan Illumina biasane nargetake wilayah hypervariable cendhak kaya V3-V4 saka 16S lan ITS1, wis dituduhake manawa anotasi taksonomi sing unggul bisa ditindakake kanthi ngurutake dawa lengkap 16S, 18S, lan ITS. Pendekatan komprehensif iki ngasilake persentase sing luwih dhuwur saka urutan sing diklasifikasikake kanthi akurat, entuk tingkat resolusi sing ngluwihi identifikasi spesies. Platform sekuensing Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio kanthi nyediakake bacaan dawa (HiFi) sing akurat banget sing nutupi amplikon lengkap, saingan karo presisi urutan Illumina. Kapabilitas iki ngidini peneliti entuk keuntungan sing ora cocog - tampilan panorama lanskap genetik. Jangkoan lengkap nambah resolusi ing anotasi spesies, utamane ing komunitas bakteri utawa jamur, supaya bisa ngerteni luwih jero babagan kerumitan populasi mikroba.
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Urutan amplicon karo teknologi Illumina, khusus nargetake tandha genetik 16S, 18S, lan ITS, minangka cara sing kuat kanggo mbongkar filogeni, taksonomi, lan kelimpahan spesies ing komunitas mikroba. Pendekatan iki kalebu urutan wilayah hypervariable saka penanda genetik housekeeping. Originally dikenalaké minangka sidik jari molekul deningWoeses et aling 1977, technique iki wis revolutionized microbiome profiling dening mbisakake isolasi-free analisis. Lumantar urutan 16S (bakteri), 18S (jamur), lan Internal Transcribed Spacer (ITS, jamur), peneliti bisa ngenali ora mung spesies sing akeh banget nanging uga sing langka lan ora dingerteni. Diadopsi sacara wiyar minangka alat pivotal, urutan amplicon wis dadi instrumental kanggo mbedakake komposisi mikroba sing beda ing macem-macem lingkungan, kalebu cangkeme manungsa, usus, bangkekan, lan liya-liyane.
-
Bakteri lan Jamur Kabèh Genome Re-Sequencing
Proyèk re-sequencing kabèh-genom bakteri lan jamur minangka pivotal kanggo maju genomik mikroba kanthi ngaktifake completion lan mbandingaken genom mikroba. Iki ndadekake rekayasa fermentasi, optimalisasi proses industri, lan eksplorasi jalur metabolisme sekunder. Salajengipun, urutan ulang jamur lan bakteri penting kanggo mangerteni adaptasi lingkungan, ngoptimalake galur, lan mbukak dinamika evolusi genetik, kanthi implikasi sing wiyar ing obat, pertanian, lan ilmu lingkungan.
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Platform Amplicon (16S / 18S / ITS) dikembangake kanthi pengalaman pirang-pirang taun ing analisis proyek keragaman mikroba, sing ngemot analisis dhasar standar lan analisis pribadi: analisis dhasar nyakup isi analisis utama riset mikroba saiki, isi analisis sugih lan komprehensif, lan asil analisis ditampilake ing wangun laporan proyek; Isi analisis pribadi iku macem-macem. Sampel bisa dipilih lan paramèter bisa disetel kanthi fleksibel miturut laporan analisis dhasar lan tujuan riset, kanggo mujudake syarat pribadi. Sistem operasi Windows, prasaja lan cepet.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (Non-Referensi)
Njupuk data urutan Isoform Pacific Biosciences (PacBio) minangka input, App iki bisa ngenali urutan transkrip lengkap (tanpa perakitan). Kanthi pemetaan urutan full-length marang génom referensi, transkrip bisa dioptimalake dening gen dikenal, transkrip, wilayah coding, etc. Ing kasus iki, identifikasi luwih akurat saka struktur mRNA, kayata splicing alternatif, etc, bisa digayuh. Analisis gabungan karo data urutan transkrip NGS mbisakake anotasi sing luwih lengkap lan kuantifikasi sing luwih akurat ing ekspresi ing tingkat transkrip, sing umume entuk manfaat saka ekspresi diferensial hilir lan analisis fungsional.
-
Ngurangi Representasi Bisulfit Sequencing (RRBS)
Pengurutan Bisulfite Representasi Dikurangi (RRBS) wis muncul minangka alternatif biaya-efektif lan efisien kanggo Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ing riset metilasi DNA. Nalika WGBS nyedhiyakake wawasan lengkap kanthi mriksa kabeh génom kanthi résolusi basis tunggal, biaya sing dhuwur bisa dadi faktor watesan. RRBS kanthi strategis nyuda tantangan iki kanthi selektif nganalisa bagean perwakilan saka genom. Metodologi iki gumantung marang pengayaan wilayah sing sugih pulo CpG kanthi pembelahan MspI sing diikuti karo pilihan ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibate, mung wilayah sing cedhak karo pulo CpG sing diurutake, dene sing duwe pulo CpG sing adoh ora kalebu saka analisis. Proses iki, digabungake karo urutan bisulfit, ngidini deteksi metilasi DNA kanthi resolusi dhuwur, lan pendekatan urutan, PE150, fokus khusus ing ujung sisipan tinimbang tengah, nambah efisiensi profil metilasi. RRBS minangka alat sing larang regane sing ngidini riset metilasi DNA kanthi biaya-efektif lan nambah kawruh babagan mekanisme epigenetik.
-
Urutan RNA Prokariotik
Urutan RNA nguatake profil lengkap kabeh transkrip RNA ing sel ing kahanan tartamtu. Teknologi mutakhir iki minangka alat sing kuat, mbukak profil ekspresi gen sing rumit, struktur gen, lan mekanisme molekuler sing ana gandhengane karo proses biologi sing beda-beda. Diadopsi sacara umum ing riset dhasar, diagnostik klinis, lan pangembangan obat, urutan RNA nawakake wawasan babagan seluk-beluk dinamika seluler lan regulasi genetik. Pangolahan sampel RNA prokariotik kita dicocogake kanggo transkriptom prokariotik, sing nglibatake penipisan rRNA lan persiapan perpustakaan arah.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Urutan Metatranscriptome
Nggunakake teknologi urutan Illumina, layanan sekuensing metatranscriptome BMKGENE mbukak ekspresi gen dinamis saka macem-macem mikroba, kalebu eukariota nganti prokariota lan virus, ing lingkungan alam kayata lemah, banyu, segara, bangkekan, lan usus. Layanan lengkap kita menehi kekuwatan marang peneliti kanggo nyelidiki profil ekspresi gen lengkap komunitas mikroba kompleks. Ngluwihi analisis taksonomi, layanan urutan metatranscriptome kita nggampangake eksplorasi menyang pengayaan fungsional, nudhuhake gen sing ditulis kanthi beda lan perane. Temokake akeh wawasan biologi nalika sampeyan nelusuri lanskap kompleks ekspresi gen, keragaman taksonomi, lan dinamika fungsional ing macem-macem relung lingkungan kasebut.
-
Majelis Genome Jamur De novo
BMKGENE nawakake solusi serbaguna kanggo génom jamur, nyukupi kabutuhan riset sing manéka warna lan kelengkapan génom sing dikarepake. Nggunakake urutan Illumina sing diwaca cekak mung ngidini nggawe draf génom. Urutan maca cekak lan dawa maca nggunakake Nanopore utawa Pacbio digabungake kanggo génom jamur sing luwih olahan kanthi contigs sing luwih dawa. Kajaba iku, nggabungake urutan Hi-C luwih nambah kapabilitas, supaya bisa nggayuh genom tingkat kromosom sing lengkap.
