-
Interaksi Kromatin adhedhasar Hi-C
Hi-C minangka cara sing dirancang kanggo njupuk konfigurasi genomik kanthi nggabungake interaksi basis proximity probing lan urutan throughput dhuwur. Cara kasebut adhedhasar ikatan silang kromatin karo formaldehida, banjur dicerna lan re-ligation kanthi cara mung fragmen sing disambungake sacara kovalen bakal mbentuk produk ligasi. Kanthi urutan produk ligasi kasebut, sampeyan bisa nyinaoni organisasi 3D genom. Hi-C mbisakake nyinaoni distribusi bagean genom sing dikemas kanthi entheng (kompartemen A, euchromatin) lan luwih cenderung aktif kanthi transkripsi, lan wilayah sing luwih rapet (kompartemen B, Heterochromatin). Hi-C uga bisa digunakake kanggo nemtokake Topologically Associated Domains (TADs), wilayah genom sing nduweni struktur lempitan lan cenderung duwe pola ekspresi sing padha, lan kanggo ngenali puteran kromatin, wilayah DNA sing disambungake bebarengan karo protein lan asring ditambahi unsur regulasi. Layanan urutan Hi-C BMKGene nguatake peneliti kanggo njelajah dimensi spasial genomik, mbukak dalan anyar kanggo mangerteni peraturan genom lan implikasi ing kesehatan lan penyakit.
-
Urutan Imunopresipitasi Kromatin (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) minangka teknik sing nggunakake antibodi kanggo selektif nambahi protein pengikat DNA lan target genomik sing cocog. Integrasi karo NGS ngidini profiling genom saka target DNA sing ana gandhengane karo modifikasi histon, faktor transkripsi, lan protein pengikat DNA liyane. Pendekatan dinamis iki mbisakake mbandhingake situs ikatan ing macem-macem jinis sel, jaringan, utawa kahanan. Aplikasi ChIP-Seq wiwit sinau babagan regulasi transkripsi lan jalur perkembangan kanggo njlentrehake mekanisme penyakit, dadi alat sing penting kanggo mangerteni lanskap regulasi genomik lan nambah wawasan terapeutik.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Urutan genom bisulfit utuh (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) minangka metodologi standar emas kanggo eksplorasi metilasi DNA kanthi jero, utamane posisi kaping lima ing sitosin (5-mC), regulator ekspresi gen lan aktivitas seluler. Prinsip sing ndasari WGBS nyakup perawatan bisulfit, nyebabake konversi sitosin sing ora dimetilasi dadi urasil (C dadi U), nalika ninggalake sitosin metilasi ora owah. Tèknik iki nawakake résolusi basis tunggal, saéngga para panaliti bisa nliti methylome kanthi lengkap lan nemokake pola metilasi abnormal sing ana gandhengane karo macem-macem kahanan, utamane kanker. Kanthi nggunakake WGBS, para ilmuwan bisa entuk wawasan sing ora ana tandhingane babagan lanskap metilasi genom, nyedhiyakake pangerten babagan mekanisme epigenetik sing ndasari proses lan penyakit biologi sing beda-beda.
-
Pengujian kanggo Kromatin sing Bisa Diakses Transposase kanthi Sekuensing Throughput Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq minangka teknik urutan throughput dhuwur sing digunakake kanggo analisis aksesibilitas kromatin genom. Panggunaan kasebut menehi pemahaman sing luwih jero babagan mekanisme kompleks kontrol epigenetik global babagan ekspresi gen. Cara kasebut nggunakake transposase Tn5 hiperaktif kanggo mecah lan menehi tag wilayah kromatin sing mbukak kanthi nyisipake adaptor urutan. amplifikasi PCR sakteruse nyebabake nggawe perpustakaan urutan, sing ngidini kanggo identifikasi lengkap wilayah kromatin mbukak ing kahanan spasi-wektu tartamtu. ATAC-seq nyedhiyakake tampilan holistik babagan lanskap kromatin sing bisa diakses, ora kaya cara sing mung fokus ing situs pengikat faktor transkripsi utawa wilayah sing diowahi histone tartamtu. Kanthi ngurutake wilayah kromatin sing mbukak, ATAC-seq nuduhake wilayah sing luwih seneng urutan regulasi aktif lan situs pengikat faktor transkripsi potensial, menehi wawasan penting babagan modulasi dinamis ekspresi gen ing genom.
-
Ngurangi Representasi Bisulfit Sequencing (RRBS)
Pengurutan Bisulfite Representasi Dikurangi (RRBS) wis muncul minangka alternatif biaya-efektif lan efisien kanggo Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ing riset metilasi DNA. Nalika WGBS nyedhiyakake wawasan lengkap kanthi mriksa kabeh génom kanthi résolusi basis tunggal, biaya sing dhuwur bisa dadi faktor watesan. RRBS kanthi strategis nyuda tantangan iki kanthi selektif nganalisa bagean perwakilan saka genom. Metodologi iki gumantung marang pengayaan wilayah sing sugih pulo CpG kanthi pembelahan MspI sing diikuti karo pilihan ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibate, mung wilayah sing cedhak karo pulo CpG sing diurutake, dene sing duwe pulo CpG sing adoh ora kalebu saka analisis. Proses iki, digabungake karo urutan bisulfit, ngidini deteksi metilasi DNA kanthi resolusi dhuwur, lan pendekatan urutan, PE150, fokus khusus ing ujung sisipan tinimbang tengah, nambah efisiensi profil metilasi. RRBS minangka alat sing larang regane sing ngidini riset metilasi DNA kanthi biaya-efektif lan nambah kawruh babagan mekanisme epigenetik.
