Peta panas
Alat Heatmap nampa file data matriks minangka input lan ngidini pangguna nyaring, normalake lan kluster data. Kasus panggunaan utama kanggo heatmaps yaiku analisis klompok tingkat ekspresi gen ing antarane macem-macem conto.
Anotasi Gene
Alat Gene Annotation nindakake anotasi gen adhedhasar urutan alignment file FASTA input marang macem-macem database.
Alat Panelusuran Alignment Lokal Dasar (BLAST)
Alat BLAST minangka versi terpadu BMKCloud saka NCBI BLAST lan bisa digunakake kanggo nindakake fungsi sing padha nggunakake data sing diunggah menyang akun BMKCloud.
CDS_UTR Prediksi
Alat Prediksi CDS_UTR dirancang kanggo prédhiksi wilayah coding (CDS) lan wilayah non-coding (UTR) ing urutan transkrip sing diwenehake adhedhasar asil BLAST marang database protein sing dikenal lan asil prediksi ORF.
Plot Manhattan
Alat Manhattan Plot mbisakake tampilan eksperimen sampel dhuwur lan umume digunakake ing studi asosiasi genom (GWAS).
Circos Diagram
Alat Diagram CIRCOS nyedhiyakake visualisasi sing efisien babagan carane fitur genom disebarake ing genom. Fitur umum kalebu lokus kuantitatif, SNP, InDels, struktural lan varian nomer salinan.
Pengayaan Gene Ontologi (GO).
Alat Pengayaan GO nyedhiyakake analisis pengayaan fungsional. Piranti lunak utama ing alat iki yaiku paket TopGO-Bioconductor, sing kalebu analisis ekspresi diferensial, analisis pengayaan GO lan visualisasi asil.
Analisis Jaringan Ko-ekspresi Gen Tertimbang (WGCNA)
WGCNA minangka metode pertambangan data sing akeh digunakake kanggo nemokake modul co-ekspresi gen. Iki ditrapake kanggo macem-macem dataset ekspresi kalebu data ekspresi gen microarray lan NGS.
InterProScan
Alat InterProScan nyedhiyakake analisis lan klasifikasi urutan protein InterPro.
Pengayaan GO KEGG
Alat Pengayaan GO KEGG dirancang kanggo ngasilake histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG lan jalur pengayaan KEGG adhedhasar set gen sing diwenehake lan anotasi sing cocog.