Urutan Genome Tanduran / Kewan Kabèh
Fitur Layanan
● Persiapan perpustakaan bisa dadi standar utawa tanpa PCR
● Kasedhiya ing 4 platform urutan: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, utawa PacBio Revio.
● Analisis bioinformatika fokus ing deteksi varian: SNP, InDel, SV lan CNV
Kaluwihan Service
●Cathetan Keahlian lan Publikasi Ekstensif: Pengalaman akumulasi ing urutan genom kanggo luwih saka 1000 spesies wis nyebabake luwih saka 1000 kasus sing diterbitake kanthi faktor pengaruh kumulatif luwih saka 5000.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif: Kalebu variasi nelpon lan anotasi fungsi.
● Dhukungan Pasca Penjualan:Komitmen kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise adol 3 wulan. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
●Anotasi Komprehensif: Kita nggunakake macem-macem database kanggo fungsi anotasi gen kanthi variasi sing diidentifikasi lan nindakake analisis pengayaan sing cocog, menehi wawasan babagan macem-macem proyek riset.
Spesifikasi Layanan
| Varian sing kudu diidentifikasi | Strategi urutan | ambane dianjurake |
| SNP lan InDel | Illumina NovaSeq PE150 utawa MGI T7 | 10x |
| SV lan CNV (kurang akurat) | 30x | |
| SV lan CNV (luwih akurat) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV lan CNV | PacBio Revio | 10x |
Syarat Sampel
| Tisu utawa asam nukleat sing diekstrak | Illumina / MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Kewan Viscera | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Otot kewan | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Getih Mamalia | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Darah Unggas/Iwak | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Tanduran - Godhong seger | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Sel Kultur |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Jaringan lunak serangga / Individu | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA sing diekstrak
| Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah: ≥ 30 ng Watesan utawa ora ana degradasi utawa kontaminasi
| Konsentrasi Jumlah
OD260/280
OD260/230
Watesan utawa ora ana degradasi utawa kontaminasi
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/sel aliran/sampel
1.7-2.2
≥1.5 | Konsentrasi Jumlah
OD260/280
OD260/230
Watesan utawa ora ana degradasi utawa kontaminasi | ≥ 50 ng/µL 10 µg/sel aliran/sampel
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Persiapan Pustaka tanpa PCR: Konsentrasi ≥ 40 ng/µL Jumlah ≥ 500 ng | |||||
Alur Kerja Layanan
pangiriman sampel
Ekstraksi DNA
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Pangiriman data
Kalebu analisis ing ngisor iki:
- Kontrol Kualitas Data Mentah
- Statistik keselarasan kanggo referensi génom
- Identifikasi varian: SNP, InDel, SV lan CNV
- Anotasi fungsional saka varian
Statistik keselarasan kanggo referensi génom - distribusi ambane urutan
SNP nelpon antarane sawetara conto
Identifikasi InDel - statistik dawa InDel ing wilayah CDS lan wilayah genom
Distribusi varian ing genom - plot Circos
Anotasi fungsional gen kanthi varian sing diidentifikasi - Ontologi Gene
Chai, Q. et al. (2023) 'A glutathione S-transferase GhTT19 nemtokake pigmentasi kelopak kembang liwat ngatur akumulasi anthocyanin ing kapas', Jurnal Bioteknologi Tanaman, 21(2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Genom Hevea brasiliensis liar tingkat kromosom nyedhiyakake alat anyar kanggo pemuliaan sing dibantu genomik lan lokus sing terkenal kanggo ningkatake asil karet', Jurnal Bioteknologi Tanaman, 21(5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genom kerang muara menehi wawasan babagan dampak iklim lan plastisitas adaptif', Biologi Komunikasi 2021 4:1, 4(1), kaca 1–12. doi: 10.1038 / s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analisis owah-owahan genom lan metilasi ing pitik pribumi Cina liwat wektu menehi wawasan babagan konservasi spesies', Biologi Komunikasi, 5(1), pp. 1–12. doi: 10.1038 / s42003-022-03907-7.
