Tanduran / Kewan de Novo Genome Sequencing
De NovoUrutan nuduhake pambangunan genom sing spesies kanthi nggunakake teknologi urutan kanthi genome referensi. Introduksi lan angkat saka urutan generasi katelu, sing maca luwih dawa maca, duwe rumput genome kanthi signifikan kanthi nambah tumpang tindih kanthi nambah tumpang tindih. Peningkatan iki cukup penting nalika ngatasi genom, kayata nampilake heterzygositas dhuwur, rasio terpola, utawa rumit kanthi unsur sing ora normal, utawa unsur GC sing ora normal, biasane ora bisa dipasang kanthi nggunakake urutan maca Piyambak.
Solusi siji-mandeg nyedhiyakake layanan urutan sing integral lan analisis bioinformatik sing ngirim genome de Nove sing bermutu tinggi. Survey asam genome dhisikan karo Illumina nyedhiyakake perkiraan ukuran lan kerumitan genome, lan informasi iki digunakake kanggo nuntun langkah sabanjure kanthi maca urutan sing dawa karo Pacbio Hifi, diikutide NovoMajelis saka contigs. Panggunaan pasambat HIC sing ngidini nganakake konsigur saka genome, entuk rapat kromosom. Pungkasane, genome kasebut diformasi kanthi ramalan gen lan kanthi urutan sing nyatakake gen, nggunakake transcripom kanthi cekak lan dawa.
Fitur Layanan
● Integrasi pirang-pirang urutan lan layanan bioinformatic ing solusi sing mandheg:
Survey Genome karo Illimat kanggo ngira ukuran genome lan pandhuan sabanjure;
Urutan dawa maca kanggode NovoMajelis saka contigs;
Hi-c urut kanggo kromosom.
mrna urutan kanggo annotasi gen;
Validasi Majelis.
● Layanan cocog kanggo genom novel konstruksi utawa nambah genom referensi sing ana kanggo spesies kapentingan.
Keuntungan Layanan
Pangembangan platform urutan lan bioinformatics ingde NovoMajelis Genome
(Amarisinghe sl et al.,Biologi Genome, 2020)
●Peluah lan rekaman publikasi: Bmkgene wis nglumpukake pengalaman gedhe ing Majelis Gumis sing beda-beda spesies macem-macem, kalebu genom diploid lan jinis spesies polyploid lan allopolyploid. Wiwit taun 2018, kita wis nyumbang300 publikasi impak dhuwur, lan 20+ wong diterbitake ing Genetika AlamWaca rangkeng-.
● Solusi siji-langkah: pendekatan terpadu kita gabung pirang-pirang teknologi lan bioinformatik analisa menyang alur kerja kohesi, ngirim genome sing nganggo warna sing berkualitas tinggi.
●Cocog karo kabutuhan: Kerja kerja layanan kita disesuaikan, ngidini adaptasi kanggo genom karo macem-macem fitur lan kabutuhan riset khusus. Iki kalebu nampani genom buta, genom polimloid, genom hetozygous sing herating, lan liya-liyane.
●Bioinformatics sing trampil lan tim labokatory: Kanthi pengalaman gedhe ing ngarep eksperimen lan bioinformatics Mumplies Genome Komplek lan seri paten lan hak cipta piranti lunak.
●Dhukungan pasca sales:Komitmen kita ngluwihi rampung proyek kanthi wektu layanan sawise 3 wulan. Sajrone wektu kasebut, kita nawakake pitulung proyek tindakake, ngatasi masalah, lan Q & A sesi kanggo ngatasi pitakon sing ana gandhengane.
Spesifikasi Layanan
| Survey Genome | Majelis Genome | Tingkat kromosom | Geneng Genome |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS Hifi maca | 100x Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (Opsional) Lengkap Rna-Seq Pacbio 40 GB utawa Nanopore 12 GB |
Syarat layanan
Kanggo aristen genome, Majelis Majelis lan Majelis Hi-C:
| Jaringan utawa asam nuklél | Survey Genome | Majelis Genome Kanthi Pacbio | Hi-C Majelis |
| Kewan Viscera | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Otot kewan | ≥ 5 g | ||
| Getih Mamalia | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Darah unggas / Iwak | ≥ 0,5 ml | ||
| Godhong seger | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Sel sing diterusake |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Serangga | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA sing dijupuk | Konsentrasi: ≥1 ng / μL Jumlah ≥ 30 ng Winates utawa ora ana kerusakan utawa kontaminasi | Konsentrasi: ≥ 50 ng / μL Jumlah: 10 μg / aliran sel / conto OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 Winates utawa ora ana kerusakan utawa kontaminasi |
-
|
Kanggo anotasi genomasi kanthi transkriptomik:
| Jaringan utawa asam nuklél | Transcriptome Illumina | Transcriptome Pasio | Transcriptome Nanopore |
| Tanduran- ROOT / Batang / Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Tanduran - godhong / wiji | 300 mg | 300 mg | |
| Tanduran - woh | 1,2 g | 1,2 g | |
| Kewan / Intestine | 300 mg | 300 mg | |
| Kewan Viscera / Otak | 240 mg | 240 mg | |
| Otot kewan | 450 mg | 450 mg | |
| Balung kewan / rambut / kulit | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - serangga | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Darah Kabeh | 1 tabung | 1 tabung | |
| Dijupuk RNA | Konsentrasi: ≥ 20 NG / μL Jumlah ≥ 0,3 μg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28s / 18S≥11 | Konsentrasi: ≥ 100 ng / l Jumlah ≥ 0,75 μg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28s / 18S≥11 | Konsentrasi: ≥ 100 ng / l Jumlah ≥ 0,75 μg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7,5 5≥28s / 18S≥11 |
Pangiriman Contoh Disaranake
Wadhah: 2 tabung ml cuansifuge (foil timah ora disaranake)
(Kanggo sebagian besar conto, disaranake ora kanggo njaga etanol.)
Label sampel: Sampel kudu diwenehi label kanthi jelas lan padha karo wangun informasi conto sing dikirim.
Pengiriman: Ice garing: Sampel kudu dikempalken ing tas dhisik lan dikubur ing es garing.
Alur kerja
Aliran kerja layanan
Desain Eksperimen
Pangiriman Contoh
Extraction DNA
Konstruksi Perpustakaan
Urutan
Analisis Data
Layanan Sawise-adol
Analisis bioinformatic lengkap, dipisah ing 4 langkah:
1) Genom Survey, Adhedhasar Analisis K-Mer kanthi maca PRS:
Perkiraan ukuran genome
Ngira heterozygosity
Ngira wilayah sing bola-bali
2) Majelis Genome kanthi Pacbio Hifi:
De NovoMajelis
Penilaian Majelis: Kalebu analisis Busco kanggo ngrampungake genome lan pemetaan mburi ing ngs lan maca hifi pacar
3) Majelis Hi-C:
Quc perpustakaan hi-c: Prakiraan interaksi hi-c sing bener
Majelis Hi-C: Klus saka sumbangan ing kelompok, diikuti karo tatanan contig ing saben klompok lan nemtokake orientasi contig
Evaluasi hi-c
4) Anotasi Genome:
Ramalan RNA non-coding
Identifikasi urutan ulang (transposons lan tandem mbaleni)
Prediksi Gene
§De Novo: Al Initio algoritai
§ adhedhasar homologi
§ Adhedhasar transkriptom, kanthi maca sing dawa lan cendhak: wacan ikude Novodipasang utawa nyiptakake kanggo nggawe genome
§ annotasi gen sing diprediksi kanthi pirang-pirang database
1) Analisis Genome - Analisis K-Mer
2) Majelis Genome
2) Majelis Genome - Pacbio HiFi maca pemetaan menyang Draf Majel
2) Majelis Hi-C - Pengkapan pasangan interaksi sing bener Hi-C
3) evaluasi kiriman Hi-C
4) Anotasi Genome - integrasi gen sing diprediksi
4) Anotasi Genome - Nyuda Gen Annoikat
Jelajahi kemajuan sing diwenehake dening layanan Majelis Genome Bmkgene kanthi koleksi publikasi sing curated:
Li, C. et al. (2021) 'Urutan urutan genom sing mbukak rute dissperal global lan nyaranake adaptasi genetik sing konvergent ing Evolusi Seahorse', Komunikasi Alam, 12 (1). DOI: 10.1038 / s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) 'owah-owahan kromosom kanthi ukuran gedhe nyebabake pangowahan tingkat genome, adaptasi lingkungan, lan spekulasi ing hayal (Bos Frontalis), lan evolusi molekari lan evolusi, 40 (1). DOI: 10.1093 / molbev / mad006.
Tian, T. et al. (2023) 'Majelis genome lan dissection gench gench, genchlasm', genetika alam 2023 55: 3, 55 (3), PP. 495 (396-506. DOI: 10.1038 / s41588-023-1297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ngungkapake evolusi biosintesis vropane alkaloid kanthi nganalisa rong genom ing kulawarga Solanaceae', Komunikasi Alam 2023 14 (1), PP. 1-18. DOI: 10.1038 / s41467-02313-4.
Studi Case-Case-Case:
Majelis Telomere-To-Telomere:Fu, A. et al. (2023) Majelis Telomere-To-Telomere-Tomere-Telomere Melon (Momordica Charantia L.) mratelakake pangembangan buah, komposisi lan ciri khas genetik ', riset hortikultur, 10 (1). DOI: 10.1093 / hr / uhac228.
Majelis Haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'ZLEE-DEPTINED GENAIN DEFTWING BALLELLE BABEDELIONED sajrone Cassava Evolution', tanduran molekul, 14 (6), PP. 851-854. DOI: 10.1016 / j.Molp.2021.04.009.
Majelis Guna Buta:Yuan, J. et al. (2022) 'Dasar genomik saka kromosom giga-kromosom lan Giga Peony Paony paey Paey Paey Paey Paey Paonya Ostii', Komunikasi Alam 2022 13: 1, PP. 1-16. DOI: 10.1038 / s41467-022-35063-1.
Majelis Genome Polyploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Tahuan Genomic menyang Kromosom Paling Anyar Saka Spontaneum Autopolyploid Sacontaneum', Genetika Alam 2022 54: 6, 54 (6), PP. 885-896. DOI: 10.1038 / s41588-022-010110-1.
