Solusi mRNA PacBio 2+3 Lengkap
Fitur
● Desain sinau:
Sampel gabungan diurutake karo PacBio kanggo ngenali isoform transkrip
Sampel sing kapisah (replika lan kahanan sing bakal diuji) diurutakeNGS kanggo ngitung ekspresi transkrip
● Urutan PacBio ing mode CCS, ngasilake HiFi maca
● Urutan transkrip lengkap
● Analisis ora mbutuhake génom referensi; Nanging, iku bisa dipunginaaken
● Analisis bioinformatika kalebu ora mung ekspresi ing tingkat gen lan isoform nanging uga analisis lncRNA, fusi gen, poli-adenilasi, lan struktur gen
Kaluwihan
● Akurasi Dhuwur: HiFi maca kanthi akurasi> 99,9% (Q30), dibandhingake NGS
● Analisis Splicing Alternatif: urutan kabeh transkrip mbisakake identifikasi lan karakterisasi isoform.
● Kombinasi PacBio lan NGS Strengths: ngidini kuantifikasi ekspresi ing tingkat isoform, mbukak owah-owahan sing bisa ditutupi nalika nganalisa ekspresi gen kabeh
● Keahlian Ekstensif: kanthi rekaman trek ngrampungake luwih saka 1100 proyek transkriptom lengkap PacBio lan ngolah luwih saka 2300 conto, tim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek.
● Dhukungan Post-Sales: prasetya kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise-sale 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Syarat Sampel lan Pangiriman
| Pustaka | Strategi urutan | Data dianjurake | Kontrol kualitas |
| Perpustakaan CCS mRNA sing diperkaya PolyA | PacBio Sekuel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A enriched | Illumina PE 150 Kab | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotida
|
| Konk.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| Pustaka Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0,5-2,5 Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel. | Kanggo tetanduran: RIN≥4.0; Kanggo kewan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; winates utawa ora elevasi baseline |
| Pustaka PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0,5-2,5 Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel. | Tanduran: RIN≥7.5 Kéwan: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; winates utawa ora elevasi baseline |
Pangiriman Sampel sing Disaranake
Wadah: 2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)
Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Kintunan:
1. Es garing:Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.
2. Tabung RNAstable: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.
Kalebu analisis ing ngisor iki:
Kontrol kualitas data mentah
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Analisis transkrip fusi
Analisis Penyambungan Alternatif
Analisis Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Analisis transkrip novel: prediksi urutan coding (CDS) lan anotasi fungsional
Analisis lncRNA: prediksi lncRNA lan target
Identifikasi Satelit Mikro (SSR)
Analisis Differentially Expressed Transcripts (DETs).
Analisis Differentially Expressed Genes (DEGs).
Anotasi fungsional DEG lan DET
analisis BUSCO
Analisis Penyambungan Alternatif
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Differentially Expressed Gens (DEGs) and Transcripts (DETs9 anlaysis).
Jaringan interaksi Protein-Protein saka DET lan DEG
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening urutan mRNA lengkap PacBio 2+3 BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus', Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Owah-owahan Dinamis ing Isi Asam Askorbat sajrone Pangembangan Woh lan Pematangan Actinidia latifolia (Tanaman Woh-wohan Kaya Askorbat) lan Mekanisme Molekuler sing Digandhengake', Jurnal Internasional Ilmu Molekuler, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Prediksi efektif saka gen jalur biosintetik sing melu polifilin bioaktif ing Paris polyphylla', Biologi Komunikasi 2022 5: 1, 5 (1), pp. 1–10. doi: 10.1038 / s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Gabungan PacBio Iso-Seq lan Illumina RNA-Seq Analisis saka Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptom lan Gen Cytochrome P450', Serangga, 14(4), p. 363. doi: 10.3390 / SERANGGA14040363 / S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Survei kerumitan transkriptom nggunakake analisis wektu nyata molekul tunggal PacBio digabungake karo urutan RNA Illumina kanggo pangerten sing luwih apik babagan biosintesis asam ricinoleic ing Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9 / GAMBAR / 7.
