mrna-seq (ngs) kanthi genome referensi

mrna-seq (ngs) kanthi genome referensi

Rna-SEQ minangka alat standar ing saindenging ilmu urip lan ilop, ngembangake celah ing antarane genom lan proteom. Kekuwatane ana ing nemokake transkrip anyar lan luwih ngitung ekspresi ing siji assay. Umume digunakake kanggo sinau transkriptomic komparatif, mimput cahya ing gen sing ana gandhengane karo macem-macem sipat utawa fenotype, kaya mbandhingake mutan liar utawa ngumumake ekspresi gen ing kahanan tartamtu. BmkCloud MRNA (Rujukan) App nggabungake kuantification ekspresi, analisa ekspresi diferensial (deg), lan struktur bioinformormasi bioinformorm (NGS) lan ngganggu kekuatan piranti lunak MRNA), njamin panggunaan. Pangguna bisa ngunggah data RNA-SEQ menyang méga, ing ngendi app nawakake solusi analisis bioinformatik sing komprehensif, siji-mandeg. Kajaba iku, prioritas pengalaman pelanggan, nawakake operasi pribadi sing cocog karo kabutuhan khusus pangguna. Pangguna bisa ngeset paramèter lan kirimake misi pipa kanthi dhewe, priksa laporan interaktif, ndeleng data / diagram lan pertambangan data lengkap, pilihan gen target, clustering fungsi, dll.

Demo asil

Data Mining

Keperluan Impor

Analisis Utama

Referensi

Demo asil

Data Mining

Keperluan Impor

Platform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-SEQ
Tata letak: Parondi, ngresiki.
Jinis Perpustakaan:fr-unstranded, fr-fir-firststrand utawa fr-secondstrand
Waca dawa:150 bp
Tipe file:* .FASTQ, * .fq, * .fastq.gz utawa * .fq.gz. Sistem bakalpasang kanthi otomatis file .fastQ miturut jeneng file sing luwih thier,contone * _1.Fastq dipasangake karo * ._ 2.fastQ.
Jumlah conto:Ora ana watesan babagan nomer kasebutconto, nanging wektu analisis bakal tambah minangka jumlahconto tuwuh.
Jumlah data sing disaranake:6g saben conto

Analisis Utama

Analisis utama lan alat bioinformatic saka MRNA-SEQ (Rujukan)Pipeline kaya ing ngisor iki:

1 .. Kontrol kualitas Rawdata:

• ngilangi urutan kualitas rendah, urutan adaptor,lsp;

• Piranti: ing omah dikembangake pipo;

2. Alignment data menyang genome referensi:

• Aligning maca kanthi algoritma sing ora dingerteni marangRujukan genome.

• Piranti:Hisat2, samtopol

3 .. Analisis Kualitas Perpustakaan:

• Lebokake analisis dawa, urutan saturation saturation, lsp;

• Piranti:samtopol;

4. Analisis struktur urutan:

• Analisis Penyambungan Alternatif, Optimisasi Gene Struktur,Novel Gen Gen, lsp;

• Piranti:Stringtie, gffcompare, Gatk,Diamond, Interpropan, lanHmmer.

5. Analisis ekspresi diferensial:

• Ngeculake, analisis co-hubungan, fungsionalpengayaan;

•Macem-macem asil visualisasi;

•RkaroSegeq, Deseq2, ggplot2, Dexseq

Referensi

1. Kim, daehwan et al. "Genome Genome Berbasis Grafik lanGenotyping karo Hisat2 lan hisat-genotipe. "AlamBioteknologi37 (2019): 907 - 915.

2 .. McKenna, Aaron et al. "Toolkit analisis genom: aFramework MapREDECE kanggo nganalisa DNA Generasi Sabanjuredata urutan. "Riset genome20 9 (2010): 1297-303.

3 .. li, heng et al. "Format urutan lan petaSamtools. "Bioinformatics25 (2009): 2078 - 2079.

4. Persea, Mihaela et al. "Stringtie mbisakake apikRekonstruksi transkrip saka RNA-SEQ maca. "AlamBioteknologi33 (2015): 290-295.

5 .. Tresna, Michael I. et al. "Perkiraan sing wis disimpen lanPenyebaran data Rna-SEQ kanthi DeseQ2. "GenomeBiologi15 (2014): N. Pag.

6. Eddy, Sean R .. "Plos Biologi komputasi7 (2011): N. Pag.

mrna-seq (ngs) kanthi genome referensi

mrna-seq (ngs) kanthi genome referensi

Entuk kutipan

Kirim pesen menyang kita: