Kabeh resep genome
Pemantauan Genomik saka Sars-Cov-2, varian rusakan NSP1 sing modulate jinis aku nanggepi interferon
Nanopore | Illumina | Resepencing genome kabeh | Metagenomics | RNA-SEQ | Sanger
Technologies Biomarker sing nyedhiyakake dhukungan teknis ing conto conto ing panliten iki.
Sorotan
1.Sar-Cov-2 Genome Sequencing Genome lan Analisis Phylognetik ngenali 35 mutasi ambalan kalebu 31 Snps lan 4 Indsel.
2.Sosisi karo 117 fenotipe klinis ngumumake
Mutasi penting.
Δ500-532 ing wilayah coding coding NSP1 kanthi virus sing luwih murah
3. Ngaplikasi serum ifn-β.
4.Pilih Isolasi Kanthi Mutation Δδ00-532 nyurung ifn-i
Tanggepan ing sel sing kena infeksi kasebut.
Desain Eksperimen
Prestasi
1. COVID-19 Pengawasan epidemiologis lan genom
Data klinis diklumpukake ing propinsi Sichuan, China ngliwati wektu wabah tanggal 20 Jan. 2020. Gunggunge 538 kasus ing Sichuan ing Sichuan, 28,8% saka propinsi kasebut ibukutha. Kasus sing dikonfirmasi ing Sichuan nambah eksponensial, peaking tanggal 30 Januari. Kajaba iku, data sing didhukung manawa distancing sosial bisa dadi faktor utama kanggo nyegah virus nyebar.
Gambar 1. Sinau saka KEPID-19 ing Provinsi Sichuan, China
2. Konstruksi lan varian genome SARS-Cov-2 lan varifikasi
Kanthi amplifikasi PCR Multipleks sing diikuti karo urutan nanopore, total 310 sebagian genom- utawa sebagean saka pasien saka 248 pasien digawe kanthi akurat. 80% genom ditutupi 10 maos (tegese ambane: 0.39 m maca saben conto).
Gambar 2. Frekuensi saben variasi ing Sichuan Cohort
Gunggunge 104 Snps lan 18 Indil diidentifikasi saka genoms SARS-Cov-2, ing 31 31 Snps lan 4 Indil diidentifikasi minangka varian genetik ambalan. Kanthi mbandhingake karo 169 conto saka Wuhan lan kanthi urutan genlich kanthi kualitas tinggi, 29 varian sing ditemokake ing bawana liyane. Apike, papat varian kalebu Δ500-532, Acc18108at, Δ729-737 lan T13243c, mung ditemokake ing data Gisaid, sing nuduhake manawa varian kasebut bisa uga dibayar saka Wuhan, sing ketemu Cara lelungan pasien.
Analisis evolusi kanthi metode maksimal (ml) sing maksimal lan pendekatan jam pirsa lanang diproses ing 88 anyar virus Sfrom Sichuan lan 250 genom sing curated saka wilayah liyane. Genom karo Δ500-532 (pambusakan ing Wilayah NSP1 coding) ditemokake disebar ing wit phylogenetic. Analisis haplotype ing variasi NSP1 sing dikenalake 5 saka pirang-pirang kutha. Asil kasebut nyaranake manawa Δ500-53g ing pirang-pirang kutha lan bisa diimpor kaping pirang-pirang saka Wuhan.
Gambar 2. Varian genetik ambalan lan analisis phylogenetic ing genoms Sars-Cov-2
3 .. Asosiasi varian genetik ambalan kanthi implikasi klinis
117 fenotipe klinis digandhengake karo keruwetan Kovud-19, ing endi 19 fenotypes sing gegandhengan karo keruwetan diklasifikasikake dadi sifat abot lan ora abot. Hubungane antara sipat kasebut lan 35 varian genetik ambalan dibayar maneh ing Heatmap Bi-Cluster. Analisis pengayaan sing nggambarake GSea sing ditampilake yen Δ500-532 minangka negatif karo ESR, Serum If if if if if if if if if if iflic3 + CD8 + t Cell ngitung getih. Kajaba iku, tes QPCR sing nuduhake manawa pasien sing kena infeksi virus ing Pelabuhan Virus δ500-532 duwe nilai CT paling dhuwur, yaiku beban virus paling murah.
Gambar 3. Asosiasi 33 varian genetik ambalan kanthi fenotype klinis
4. Validasi ing mutasi virus sing gegandhengan karo klinis
Supaya ngerti mengaruhi mengaruhi fungsi NS500-532, sel hek239t transferek karo plasmid sing nyatakake full-long, wt nsp1 lan bentuk mutant karo mbusak. Profil Transcriptome saben sel hek239t diolah diproses kanggo analisa PCA, sing ditampilake sing beda-beda mutan clustered sing luwih cedhak lan beda karo WT NSP1. Gen sing umume diangkat ing mutan utamane sing didol ing "Proses metabolis / metabolis", "target protein kanggo membran / er", dll.
Gambar 4. Analisis transcriptome ing sel hek239t ditularake dening wt nsp1 lan karo pambusakan
Pengaruh mbusak ing tanggapan IFN-1 uga diuji ing kajian sing orapresif. Kabeh pambusakan sing dites ditampilake kanggo nyuda ifn-1 repsonse ing sel hek239t lan a549 transferensi ing tingkat transcriptome lan level protein. Apike, gen sing diatur kanthi signifikan ing "Respon Pertahanan Virus", "Peraturan Transkripsi dening RNA Polymerase II" lan "tanggapan kanggo ngetik".
Gambar 5. Down Regulasi Jalur Signaling Interferon ing Δ500-532 mutant
Ing panliten iki, dampak pambusakan kasebut ing virus kasebut bisa dikonfirmasi kanthi pasinaon infeksi virus. Virus karo mutan tartamtu diisolasi saka sel klinis lan kena infeksi menyang sel CALU-3. Hasil rinci babagan panaliten infeksi virus bisa diwaca ing kertas.
DOI:10.1016 / J.chom.2021.0115
Referensi
Lin J, Tang C, Wei H, et al. Pemantauan Genomik saka SARS-Cov-2, varian rusakan NSP1 sing modulate jinis aku nanggepi interferon [J]. Host Host & Mikrobe, 2021.
Warta lan Sorotan Tujuan kanggo nuduhake kasus sukses paling anyar kanthi teknologi biomarker, prestasi ilmiah uga teknik penting sing ditrapake sajrone sinau.
Wektu Pos: Jan-06-2022