Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Mlebu

Produk

Interaksi Kromatin adhedhasar Hi-C

Gambar Unggulan Interaksi Chromatin adhedhasar Hi-C

Hi-C minangka cara sing dirancang kanggo njupuk konfigurasi genomik kanthi nggabungake interaksi basis proximity probing lan urutan throughput dhuwur. Cara kasebut adhedhasar ikatan silang kromatin karo formaldehida, banjur dicerna lan re-ligation kanthi cara mung fragmen sing disambungake sacara kovalen bakal mbentuk produk ligasi. Kanthi urutan produk ligasi kasebut, sampeyan bisa nyinaoni organisasi 3D genom. Hi-C mbisakake nyinaoni distribusi bagean genom sing dikemas kanthi entheng (kompartemen A, euchromatin) lan luwih cenderung aktif kanthi transkripsi, lan wilayah sing luwih rapet (kompartemen B, Heterochromatin). Hi-C uga bisa digunakake kanggo nemtokake Topologically Associated Domains (TADs), wilayah genom sing nduweni struktur lempitan lan cenderung duwe pola ekspresi sing padha, lan kanggo ngenali puteran kromatin, wilayah DNA sing disambungake bebarengan karo protein lan asring ditambahi unsur regulasi. Layanan urutan Hi-C BMKGene nguatake peneliti kanggo njelajah dimensi spasial genomik, mbukak dalan anyar kanggo mangerteni peraturan genom lan implikasi ing kesehatan lan penyakit.

Hubungi Kita

Rincian Layanan

Bioinformatika

asil demo

Publikasi unggulan

Fitur Layanan

● Sequencing ing Illumina NovaSeq karo PE150.

● Layanan mbutuhake conto jaringan, tinimbang asam nukleat sing diekstrak, kanggo nyambungake karo formaldehida lan ngreksa interaksi DNA-protein.

● Eksperimen Hi-C nyakup watesan lan pungkasan ndandani ujung sing lengket karo biotin, diikuti karo circularization saka ujung tumpul sing diasilake nalika njaga interaksi. DNA kasebut banjur ditarik mudhun nganggo manik-manik streptavidin lan diresiki kanggo persiapan perpustakaan sabanjure.

Kaluwihan Service

●Desain Enzim Watesan Optimal: kanggo mesthekake efisiensi Hi-C sing dhuwur ing macem-macem spesies kanthi pasangan interaksi sing sah nganti 93%.

●Cathetan Keahlian lan Publikasi Ekstensif:BMKGene duwe pengalaman akeh karo > 2000 proyek urutan Hi-C saka 800 spesies lan macem-macem paten. Luwih saka 100 kasus sing diterbitake kanthi faktor pengaruh akumulatif luwih saka 900.

●Tim Bioinformatika sing mumpuni:kanthi paten ing omah lan hak cipta piranti lunak kanggo eksperimen lan analisis data Hi-C lan piranti lunak data visualisasi sing dikembangake dhewe.

●Dhukungan Pasca Penjualan:Komitmen kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise adol 3 wulan. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.

●Anotasi Komprehensif: kita nggunakake macem-macem database kanggo fungsi annotate gen karo variasi dikenali lan nindakake analisis pengayaan cocog, menehi wawasan ing macem-macem proyek riset.

Spesifikasi Layanan

Pustaka

Strategi Sequencing

Output data sing disaranake

Resolusi Sinyal Hi-C

Perpustakaan Hi-C

Illumina PE 150 Kab

Kromatin loop: 150x

TAD: 50x

Kromatin Loop: 10 Kb

TAD: 40 Kb

Syarat Layanan

jinis sampel	Jumlah sing dibutuhake
Tisu kewan	≥2g
Getih Sakabehe	≥2mL
Jamur	≥1g
Tanduran - jaringan enom	1g / aliquot, 2-4 aliquotes dianjurake
Sel Kultur	≥1x10⁷

Sadurunge: TGuide Smart Tanduran Magnetik RNA Kit

Sabanjure: DNBSEQ perpustakaan sing wis digawe

Kalebu Analisis ing ngisor iki:

● QC data mentah;

● Pemetaan lan QC perpustakaan Hi-C: pasangan interaksi sing bener lan Eksponen Bosok Interaksi (IDE);

● Profil Interaksi Genom-sudhut: analisis cis/trans lan peta interaksi Hi-C;

● Analisis distribusi kompartemen A/B;

● Identifikasi TAD lan puteran kromatin;

● Analisis diferensial babagan unsur struktur kromatin 3D ing antarane conto lan anotasi fungsional gen sing gegandhengan.

Cis lan distribusi proporsi trans

Peta panas interaksi kromosom antarane sampel

Distribusi genom saka kompartemen A/B

Distribusi genom saka puteran kromatin

Visualisasi TADs

Jelajahi kemajuan riset sing difasilitasi dening layanan urutan Hi-C BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih.

Meng, T. et al. (2021) 'Analisis multi-omics terpadu komparatif ngenali CA2 minangka target novel kanggo chordoma',Neuro-Onkologi, 23(10), kaca 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) 'Disorganisasi 3D lan reorganisasi genom nyedhiyakake wawasan babagan patogenesis NAFLD kanthi urutan Hi-C, Nanopore, lan RNA terintegrasi',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), kaca 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.