Analisis Asosiasi Genome-wide
Alur kerja
Kaluwihan Service
●Expertise ekstensif lan cathetan publikasi: kanthi pengalaman akumulasi ing GWAS, BMKGene wis ngrampungake atusan proyek spesies ing riset GWAS populasi, mbantu peneliti nerbitake luwih saka 100 artikel, lan faktor dampak kumulatif tekan 500.
● Analisis bioinformatika sing komprehensif: alur kerja kalebu analisis asosiasi SNP-sipat, ngirimake set gen calon lan anotasi fungsi sing cocog.
●Tim bioinformatika sing trampil lan siklus analisis cendhak: karo pengalaman gedhe ing analisis genomik majeng, tim BMKGene ngirim analisis lengkap karo wektu turnaround cepet.
●Dhukungan Pasca Penjualan:Komitmen kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise adol 3 wulan. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Spesifikasi lan syarat layanan
| Jinis urutan | Skala populasi sing disaranake | Strategi urutan | Persyaratan nukleotida |
| Urutan Genome Kabèh | 200 sampel | 10x | Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah total ≥ 30ng Watesan utawa ora ana degradasi utawa kontaminasi |
| Spesifik-Locus Amplified Fragment (SLAF) | ambane tag: 10x Jumlah tag: <400 Mb: WGS dianjurake <1Gb: 100K tags 1Gb > 2Gb: 300K tags Max 500k tags | Konsentrasi ≥ 5 ng/µL Jumlah total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: ora ana utawa winates degradasi utawa kontaminasi
|
Pemilihan Bahan
Varietas beda, subspesies, landraces / genebanks / kulawarga campuran / sumber daya alam bébas
Macem-macem varietas, subspesies, landraces
kulawarga setengah sib / kulawarga full-sib / sumber alam bébas
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
Kalebu analisis ing ngisor iki:
- Analisis asosiasi genome-wide: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Anotasi fungsional gen calon
Analisis asosiasi SNP-sipat - plot Manhattan
Analisis asosiasi SNP-sipat - plot QQ
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi layanan de GWAS BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih:
Lv, L. et al. (2023) 'Wawasan menyang basis genetik toleransi amonia ing kerang silet Sinonovacula constricta dening studi asosiasi genom-wide',Budidaya, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Analisis multi-omik saka 398 aksesi millet foxtail mbukak wilayah genom sing ana gandhengane karo domestikasi, sifat metabolit, lan efek anti-inflamasi',Tanduran Molekul, 15(8), kaca 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Pemetaan Asosiasi Genom-Wide Fenotipe Hulless Barely ing Lingkungan Kemarau',Frontiers ing Ilmu Tanduran, 13, p. 924892. doi: 10.3389 / FPLS.2022.924892 / BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, sing ngodhe sulfotransferase, menehi resistensi marang galur virus mozaik kedelai G2 lan G3',Tanduran, Sel & Lingkungan, 44(8), kaca 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
