Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Mlebu

Produk

Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

Nalika urutan mRNA basis NGS minangka alat serbaguna kanggo ngetung ekspresi gen, katergantungan ing maca cekak mbatesi efektifitas ing analisis transkriptomi sing kompleks. Ing sisih liya, urutan nanopore nggunakake teknologi sing wis suwe diwaca, ngidini urutan transkrip mRNA lengkap. Pendekatan iki nggampangake eksplorasi komprehensif splicing alternatif, fusi gen, poli-adenilasi, lan kuantifikasi isoform mRNA.

Urutan nanopore, cara sing gumantung ing sinyal listrik wektu nyata molekul nanopore, nyedhiyakake asil ing wektu nyata. Dipandu dening protèin motor, DNA untai ganda ngiket karo protèin nanopore sing dilebokaké ing biofilm, ora bakal kenthel nalika ngliwati saluran nanopore ing prabédan voltase. Sinyal listrik khas sing diasilake dening basis beda ing untaian DNA dideteksi lan diklasifikasikake ing wektu nyata, nggampangake urutan nukleotida sing akurat lan terus-terusan. Pendekatan inovatif iki ngatasi watesan sing diwaca kanthi cendhak lan nyedhiyakake platform dinamis kanggo analisis genomik sing rumit, kalebu studi transkriptomi sing kompleks, kanthi asil langsung.

Platform: Nanopore PromethION 48

Hubungi Kita

Rincian Layanan

Bioinformatika

Asil Demo

Publikasi Pilihan

Fitur

● Jupuk mRNA poli-A banjur sintesis cDNA lan persiapan perpustakaan

● Urutan transkrip lengkap

● Analisis bioinformatika adhedhasar keselarasan karo genom referensi

● Analisis bioinformatika kalebu ora mung ekspresi ing tingkat gen lan isoform nanging uga analisis lncRNA, fusi gen, poli-adenilasi lan struktur gen

Kaluwihan Service

●Kuantifikasi ekspresi ing tingkat isoform: mbisakake analisis ekspresi sing rinci lan akurat, mbukak owah-owahan sing bisa ditutupi nalika nganalisa ekspresi gen kabeh

●Panjaluk Data Suda:Dibandhingake karo Next-Generation Sequencing (NGS), Nanopore sequencing nuduhake syarat data sing luwih murah, ngidini tingkat jenuh kuantifikasi ekspresi gen sing padha karo data sing luwih cilik.

●Akurasi kuantitas ekspresi sing luwih dhuwur: ing tingkat gen lan isoform

●Identifikasi informasi transkriptomi tambahan: poliadenilasi alternatif, gen fusi lan lcnRNA lan gen target

●Keahlian ekstensif: Tim kita ndadekke kasugihan saka pengalaman kanggo saben project, wis rampung liwat 850 Nanopore proyek transcriptome lengkap lan diproses liwat 8,000 conto.

●Dhukungan Post-Sales: prasetya kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise-sale 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.

Syarat Sampel lan Pangiriman

Pustaka	Strategi urutan	Data dianjurake	Kontrol kualitas
Poly A enriched	Illumina PE 150 Kab	6/12 Gb	Skor kualitas rata-rata: Q10

Syarat Sampel:

Nukleotida:

Konk.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0,5-2,5

Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel.

Kanggo tetanduran: RIN≥7.0;

Kanggo kewan: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

winates utawa ora elevasi baseline

● Tanduran:

ROOT, Batang utawa Petal: 450 mg

Godhong utawa Wiji: 300 mg

Woh: 1,2 g

● Kewan:

Jantung utawa Usus: 300 mg

Viscera utawa Otak: 240 mg

Otot: 450 mg

Balung, Rambut utawa Kulit: 1g

● Artropoda:

serangga: 6 g

Crustacea: 300 mg

● Getih wutuh: 1 tub

● Sel: 10⁶sel

Pangiriman Sampel sing Disaranake

Wadah: 2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)

Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Kintunan:

1. Es garing: Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.

2. Tabung RNAstable: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.

Alur Kerja Layanan

Nukleotida:

pangiriman sampel

Konstruksi perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Layanan sawise-sale

Alur Kerja Layanan

Tisu:

Desain eksperimen

pangiriman sampel

Ekstraksi RNA

Konstruksi perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Layanan sawise-sale

Sadurunge: Urutan mRNA lengkap -PacBio

Sabanjure: 10x Transkriptom Spasial Visium Genomics

● Pangolahan data mentah

● Identifikasi transkrip

● splicing alternatif

● Kuantifikasi ekspresi ing tingkat gen lan tingkat isoform

● Analisis ekspresi diferensial

● Anotasi lan pengayaan fungsi (DEG lan DET)

Analisis splicing alternatif Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

prediksi lncRNA

Anotasi gen novel

Clustering saka DETs

Jaringan Protein-Protein ing DEGs

Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan urutan mRNA lengkap Nanopore BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih.

Gong, B. et al. (2023) 'Aktivasi epigenetik lan transkripsi saka kinase secretory FAM20C minangka onkogen ing glioma', Jurnal Genetika lan Genomik, 50 (6), pp. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

Dheweke, Z. et al. (2023) 'Urutan transkriptom lengkap limfosit nanggapi IFN-γ ngungkapake respon imun Th1-skewed ing flounder (Paralichthys olivaceus)', Imunologi Ikan & Kerang, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

Ma, Y. et al. (2023) 'Analisis komparatif metode urutan PacBio lan ONT RNA kanggo identifikasi racun Nemopilema Nomurai', Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Yu, D. et al. (2023) 'Analisis nano-seq ngungkapake tendensi fungsional sing beda antarane exosomes lan microvesicles sing asale saka hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14 (1), pp. 1-13. doi: 10.1186 / S13287-023-03491-5 / TABLES / 6.