Genetika Evolusi
Kaluwihan Service
Takagi et al.,Jurnal tanduran, 2013
●Analisis bioinformatika sing komprehensif:mbisakake estimasi keragaman genetis, sing nggambarake potensi evolusi spesies, lan ngungkapake hubungan filogenetik sing bisa dipercaya antarane spesies kanthi pengaruh evolusi konvergen lan evolusi paralel sing minimal.
●Analisis selaras opsional: kayata estimasi wektu lan kacepetan divergensi adhedhasar variasi ing tingkat nukleotida lan asam amino.
●Expertise ekstensif lan cathetan publikasi: BMKGene wis nglumpukake pengalaman massive ing populasi lan proyèk genetika évolusi kanggo liwat 15 taun, kalebu ewu spesies, etc.
● Tim bioinformatika sing trampil lan siklus analisis cendhak: karo pengalaman gedhe ing analisis genomik majeng, tim BMKGene ngirim analisis lengkap karo wektu turnaround cepet.
● Dhukungan Pasca Penjualan:Komitmen kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise adol 3 wulan. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.
Spesifikasi lan syarat Layanan
| Jinis urutan | Skala populasi sing disaranake | Strategi urutan | Persyaratan nukleotida |
| Urutan Genome Kabèh | ≥ 30 individu, kanthi ≥ 10 individu saka saben subkelompok
| 10x | Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah total ≥ 30ng Watesan utawa ora ana degradasi utawa kontaminasi |
| Spesifik-Locus Amplified Fragment (SLAF) | ambane tag: 10x Jumlah tag: <400 Mb: WGS dianjurake <1Gb: 100K tags 1Gb > 2Gb: 300K tags Max 500k tags | Konsentrasi ≥ 5 ng/µL Jumlah total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: ora ana utawa winates degradasi utawa kontaminasi
|
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
pangiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Layanan sawise-sale
Layanan kalebu analisis struktur populasi (wit filogenetik, PCA, bagan stratifikasi populasi), keragaman populasi, lan pilihan populasi (disequilibrium linkage, selektif sweep-selection situs sing nguntungake). Layanan kasebut uga bisa kalebu analisis khusus (kayata wektu divergensi, aliran gen).
*Asil demo sing ditampilake ing kene kabeh saka génom sing diterbitake karo BMKGENE
1.Analisis evolusi ngandhut konstruksi wit filogenetik, struktur populasi lan PCA adhedhasar variasi genetik.
Wit filogenetik nggambarake hubungan taksonomi lan evolusi antarane spesies kanthi leluhur sing padha.
PCA nduweni tujuan kanggo nggambarake kedekatan antarane subpopulasi.
Struktur populasi nuduhake anané sub-populasi sing béda sacara genetis ing babagan frekuensi alel.
Chen, lan. al.,PNAS, 2020
2. Sapuan selektif
Sapuan selektif nuduhake proses sing milih situs sing nguntungake lan frekuensi situs netral sing disambung tambah lan situs sing ora ana link dikurangi, sing nyebabake nyuda wilayah.
Deteksi genom ing wilayah sweep selektif diproses kanthi ngitung indeks genetik populasi (π，Fst, Tajima's D) kabeh SNP ing jendela geser (100 Kb) ing langkah tartamtu (10 Kb).
Keanekaragaman nukleotida (π)
Tajima D
Indeks fiksasi (Fst)
Wu, et. al.,Tanduran Molekul, 2018
3. Aliran Gene
Wu, et. al.,Tanduran Molekul, 2018
4. Riwayat demografi
Zhang, et. al.,Ekologi Alam & Evolusi, 2021
5. Divergence wektu
Zhang, et. al.,Ekologi Alam & Evolusi, 2021
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi layanan genetika evolusioner BMKGene liwat koleksi publikasi sing dipilih:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Penemuan Penanda Molekuler SNP lan Gen Kandidat sing Digandhengake karo Resistensi Virus Sacbrood ing Larva Apis cerana cerana kanthi Resekuensi Genom Utuh',Jurnal Internasional Ilmu Molekul, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Penemuan salamander raksasa Cina sing alam bébas lan murni nggawe kesempatan konservasi anyar',Riset Zoologi, 2022, Vol. 43, Jeksa Agung bisa ngetokake 3, Kaca: 469-480, 43 (3), kaca 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Pola Filogeografi lan Evolusi Populasi Sejarah Elymus sibiricus L. pribumi ing Dataran Tinggi Qinghai-Tibet',Frontiers ing Ilmu Tanduran, 13, p. 882601. doi: 10.3389 / FPLS.2022.882601 / BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Wawasan genom babagan evolusi longan saka perakitan genom tingkat kromosom lan genom populasi aksesi longan',Riset Hortikultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
