●Platform:Illumina NovaSeq 6000 lan NovaSeq X Plus
●Mode urutan:PE150 lan PE250
●Kontrol kualitas perpustakaan sadurunge urutan
●Urutan data QC lan pangiriman:pangiriman laporan QC lan data mentah ing format fastq sawise demultiplexing lan nyaring maca Q30
●Versatility saka layanan Sequencing:pelanggan bisa milih urutan kanthi jalur, sel aliran, utawa jumlah data sing dibutuhake (urutan jalur sebagean).
●Pengalaman ekstensif ing platform urutan Illumina:karo ewu proyek ditutup karo macem-macem spesies.
●Pangiriman laporan urutan QC:kanthi metrik kualitas, akurasi data lan kinerja sakabèhé saka project urutan.
●Proses urutan diwasa:karo wektu turn-around singkat.
●Kontrol Kualitas sing ketat: kita ngleksanakake syarat QC ketat kanggo njamin pangiriman asil kualitas dhuwur terus-terusan.
Platform | Sel Aliran | Mode urutan | Unit | Dikira output |
NovaSeq X | 10B (8 jalur) | PE150 | Lane Tunggal Sebagean Lane | 375Gb / Lane |
25B (8 jalur) | PE150 | Lane Tunggal Sebagean Lane | 1000 Gb / Lane | |
NovaSeq 6000 | SP Flow cell (2 jalur) | PE250 | Sel Aliran Lane Tunggal Sebagean Lane | 325-400 M diwaca / Lane |
S4 Flow cell (4 jalur) | PE150 | Sel Aliran Lane Tunggal Sebagean Lane | ~800 Gb / Lane |
Jumlah Data (X) | Konsentrasi (qPCR/nM) | Volume | |
Urutan Lane parsial
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
Urutan Lane | Per Lane | ≥ 1,5 nM / Kolam perpustakaan | ≥ 25 μl / Kolam perpustakaan |
Saliyane konsentrasi lan jumlah total, pola puncak sing cocog uga dibutuhake.
Cathetan: Urutan jalur perpustakaan keragaman kurang mbutuhake PhiX spike-in kanggo mesthekake panggilan basis sing kuat.
Disaranake ngirim perpustakaan sing wis dikumpulake minangka conto. Yen sampeyan mbutuhake BMKGENE kanggo nindakake pooling perpustakaan, waca
syarat perpustakaan kanggo urutan sebagean lane.
Puncak utama kudu ing 300-450 bp.
Pustaka kudu duwe puncak utama tunggal, ora ana kontaminasi adaptor lan ora ana dimer primer.
Laporan babagan kualitas perpustakaan diwenehake sadurunge urutan, netepake jumlah perpustakaan, lan fragmentasi.
Tabel 1. Statistik babagan urutan data.
ID sampel | BMKID | Wacan mentah | Data mentah (bp) | Wacan sing resik (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Gambar 1. Distribusi kualitas bebarengan diwaca ing saben sampel
Gambar 2. Distribusi isi dhasar
Gambar 3. Distribusi isi wacan ing data urut-urutan