Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Mlebu

Produk

Urutan mRNA lengkap -PacBio

Nalika urutan mRNA basis NGS minangka alat serbaguna kanggo ngitung ekspresi gen, katergantungan ing maca cekak mbatesi panggunaan ing analisis transkriptomi sing kompleks. Ing sisih liya, urutan PacBio (Iso-Seq) nggunakake teknologi sing wis suwe diwaca, supaya urutan transkrip mRNA lengkap. Pendekatan iki nggampangake eksplorasi komprehensif splicing alternatif, fusi gen, lan poli-adenilasi. Nanging, ana pilihan liyane kanggo kuantifikasi ekspresi gen amarga jumlah data sing dibutuhake. Teknologi urutan PacBio gumantung marang urutan molekul siji, wektu nyata (SMRT), nyedhiyakake keuntungan sing beda kanggo njupuk transkrip mRNA kanthi lengkap. Pendekatan inovatif iki kalebu nggunakake pandu gelombang mode nol (ZMW) lan sumur mikrofabrikasi sing mbisakake pengamatan wektu nyata aktivitas polimerase DNA sajrone urutan. Ing ZMW kasebut, polimerase DNA PacBio nyintesis untaian DNA pelengkap, ngasilake wacan dawa sing nyakup kabeh transkrip mRNA. Operasi PacBio ing mode Circular Consensus sequencing (CCS) nambah akurasi kanthi ngurutake molekul sing padha. Wacan HiFi sing digawe nduweni akurasi sing bisa dibandhingake karo NGS, luwih akeh nyumbang kanggo analisis lengkap lan dipercaya fitur transkriptomi kompleks.

Platform: PacBio Sekuel II; PacBio Revio

Hubungi Kita

Rincian Layanan

Bioinformatika

Asil Demo

Publikasi Pilihan

Fitur

● cDNA sintesis saka poly-A mRNA ngiring dening preparation perpustakaan

● Urutan ing mode CCS, ngasilake HiFi maca

● Urutan transkrip lengkap

● Analisis ora mbutuhake génom referensi; Nanging, iku bisa dipunginaaken

● Analisis bioinformatik ngidini analisis transkrip isoform lncRNA, fusi gen, poli-adenilasi, lan struktur gen

Kaluwihan Service

●Akurasi Dhuwur: HiFi maca kanthi akurasi> 99,9% (Q30), dibandhingake NGS

● Analisis Splicing Alternatif: urutan kabeh transkrip mbisakake identifikasi lan karakterisasi isoform

●Keahlian ekstensif: kanthi rekaman trek ngrampungake luwih saka 1100 proyek transkriptom lengkap PacBio lan ngolah luwih saka 2300 conto, tim kita nggawa akeh pengalaman kanggo saben proyek.

●Dhukungan Post-Sales: prasetya kita ngluwihi proyek rampung kanthi wektu layanan sawise-sale 3 sasi. Sajrone wektu iki, kita nawakake tindak lanjut proyek, pitulungan ngatasi masalah, lan sesi Q&A kanggo ngatasi pitakon apa wae sing ana gandhengane karo asil.

Syarat Sampel lan Pangiriman

Pustaka

Strategi urutan

Data dianjurake

Kontrol kualitas

Perpustakaan CCS mRNA sing diperkaya PolyA

PacBio Sekuel II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 M CCS

Q30≥85%

Syarat Sampel:

Nukleotida:

● Tanduran:

ROOT, Batang utawa Petal: 450 mg

Godhong utawa Wiji: 300 mg

Woh: 1,2 g

● Kewan:

Jantung utawa Usus: 300 mg

Viscera utawa Otak: 240 mg

Otot: 450 mg

Balung, Rambut utawa Kulit: 1g

● Artropoda:

serangga: 6 g

Crustacea: 300 mg

● Getih wutuh: 1 tub

● Sel: 10⁶sel

Konk.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kemurnian

Integritas

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0,5-2,5

Kontaminasi protein utawa DNA diwatesi utawa ora ditampilake ing gel.

Kanggo tetanduran: RIN≥7.5;

Kanggo kewan: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

winates utawa ora elevasi baseline

Pangiriman Sampel sing Disaranake

Wadhah: 2 ml tabung centrifuge (Timah foil ora dianjurake)

Labeling sampel: Group+replikat contone A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Kintunan:

1. Es garing: Sampel kudu dikemas ing tas lan dikubur ing es garing.

2. Tabung RNAstable: Sampel RNA bisa dikeringake ing tabung stabilisasi RNA (umpamane RNAstable®) lan dikirim ing suhu kamar.

Alur Kerja Layanan

Desain eksperimen

pangiriman sampel

Ekstraksi RNA

Konstruksi perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Layanan sawise-sale

Sadurunge: Eukariotik mRNA Sequencing-NGS

Sabanjure: Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

Kalebu analisis ing ngisor iki:

● Kontrol kualitas data mentah

● Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

● Analisis transkrip fusi

● Analisis Splicing Alternatif

● Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analisis

● Analisis transkrip novel: prediksi urutan coding (CDS) lan anotasi fungsional

● analisis lncRNA: prediksi lncRNA lan target

● MicroSatelite Identification (SSR)

analisis BUSCO

Analisis Penyambungan Alternatif

Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

Anotasi fungsional transkrip novel

Jelajahi kemajuan sing difasilitasi dening layanan urutan mRNA lengkap Nanopore BMKGene ing publikasi unggulan iki.

Ma, Y. et al. (2023) 'Analisis komparatif metode urutan PacBio lan ONT RNA kanggo identifikasi racun Nemopilema Nomurai', Genomics, 115 (6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus', Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Owah-owahan Dinamis ing Isi Asam Askorbat sajrone Pangembangan Woh lan Pematangan Actinidia latifolia (Tanaman Woh-wohan Kaya Askorbat) lan Mekanisme Molekuler sing Digandhengake', Jurnal Internasional Ilmu Molekuler, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Prediksi efektif saka gen jalur biosintetik sing melu polifilin bioaktif ing Paris polyphylla', Biologi Komunikasi 2022 5: 1, 5 (1), pp. 1–10. doi: 10.1038 / s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) 'Gabungan PacBio Iso-Seq lan Illumina RNA-Seq Analisis saka Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptom lan Gen Cytochrome P450', Serangga, 14(4), p. 363. doi: 10.3390 / SERANGGA14040363 / S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'Survei kerumitan transkriptom nggunakake analisis wektu nyata molekul tunggal PacBio digabungake karo urutan RNA Illumina kanggo pangerten sing luwih apik babagan biosintesis asam ricinoleic ing Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9.