Transcriptome BMKMANU S3000_spatial
BMKMANU S3000 Skema Teknikal Transkrip Transkrip
Fitur
- Resolusi: 3,5 μm
- Diameter Titik: 2,5 μm
- Jumlah bintik: Kira-kira 4 yuta
- 3 kemungkinan njupuk format area: 6,8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm utawa 15 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm *
- Saben manik-manik barcoded dimuat karo primer dumadi saka 4 bagean:
• Buntut poli (DT) kanggo Sintesis Priming lan CDNA,
• Pengenal molekuler (UMI) sing unik kanggo mbenerake bias amplifikasi
• barcode spatial
• Urutan naleni sebagean 1 primer urutan
- H & E lan Celana Fluorescent bagean
- Kamungkinan kanggo nggunakake teknologi segmen sel: integrasi saka H & E-Cerita, lan RNA urutan kanggo nemtokake wates saben sel génte menyang saben sel. Ngolah Analisis profil Profil Spatial Downstream adhedhasar bin sel.
- Bisa entuk analisa ressisi multivel: Analisis level-level fleksibel wiwit saka 100 nganti 35 um kanggo mutusake macem-macem fitur jaringan kanthi résolusi sing paling optimu.
Keuntungan saka Bmkmanu S3000
-Ragu-ragu njupuk papan kanggo 4 yuta: Kanthi resolusi sing luwih apik 3,5 um, sing ndadékaké deteksi Gene lan UMI sing luwih dhuwur saben sel. Iki nyebabake kluster sel adhedhasar profil transkrip, kanthi detail sing luwih apik sing cocog karo jaringan jaringan.
- Resolusi Sub-Selular:Saben wilayah sing dijupuk> 2 yuta bintik bar spatial kanthi diameter 2,5 μm lan jarak saka analisis papan, mbisakake analisis sub-melang kanthi resolusi sub-madu (5 μm).
-Analisis resolusi level multi:Analisis macem-macem fleksibel saka 100 μm nganti 5 μm kanggo ngrampungake macem-macem fitur jaringan kanthi résolusi sing paling optimu.
-Kemungkinan kanggo nggunakake "Tiga ing siji geser" teknologi segmen sel:Gabungan pewarna fluoresceling, pewarnaan fluorescel, lan rna urutan ing slide siji, "telung-in-siji analisis algoritma kanggo inkaktips basis sel.
-Kompatibel karo platform urutan macem-macem: Loro-sijine NGS lan urutan sing kasedhiya.
-Desain fleksibel ing wilayah sing aktif 1-8: Ukuran area sing bisa fleksibel, bisa nggunakake 3 format (6,8 mm * 6.8 mm * 6.8 mm. 11 mm * 11 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm * 20 mm *
-Layanan Siji-Stop: Integrasi kabeh pengalaman lan langkah-langkah adhedhasar katrampilan, kalebu cryo-sectioning, pewarna, optimalisasi jaringan, campuran perpustakaan, persiapan perpustakaan, lan bioinformatics.
-Bioinformatics lengkap lan visualisasi asil pangguna sing ramah:Paket kalebu 29 analisa lan 100+ tokoh berkualitas tinggi, digabungake karo panggunaan piranti lunak sing dikembangake ing omah kanggo nggambarake lan ngatur sel pemisahan sel lan kluster.
-Analisis lan analisis data sing disesuaikan: kasedhiya kanggo panjaluk riset sing beda
-Tim teknis sing trampil: Kanthi pengalaman luwih saka 250 jinis jaringan lan 100+ spesies kalebu manungsa, mouse, mammal, iwak lan tanduran.
-Nganyari nyata-wektu ing proyek kabeh: Kanthi kontrol kemajuan eksperimen.
-Analisis sendhi opsional kanthi urutan mrsna sel-sel
Spesifikasi Layanan
| Syarat conto | Perpustakaan | Strategi Sequencing | Data Disaranake | Kontrol Kualitas |
| Sampel Oct-Embed Cryo Oct (Diameter optimal: kira-kira. 6 × 6 × 6 mm³) 2 Blok saben conto 1 kanggo eksperimen, 1 kanggo serep | S3000 Pustaka CDNA | Illumina PE150 | 160k PE maca saben 100/0M (250 GB) | Rin> 7 |
Kanggo katrangan lengkap babagan tuntunan persiapan lan alur kerja persiyapan, mangga bebas ngobrol karo aBmkgene ahli
Aliran kerja layanan
Ing Fase Persiyapan conto, nyoba ekstraksi rna awal sing ditindakake kanggo njamin RNA sing bermutu sing bermutu bisa dipikolehi. Ing Optimization Tisu Stage bagean kasebut di wernani lan visualisasi lan kahanan permeabilisasi kanggo release MRNA saka jaringan dioptimalake. Protokol sing dioptimalake banjur ditrapake nalika konstruksi perpustakaan, diikuti karo urutan lan analisis data.
Kerja kerja lengkap nglibatake update nyata lan konfirmasi klien kanggo njaga umpan balik tanggapan respon, njamin eksekusi proyek sing lancar.
Data sing digawe dening BMKMANU S3000 dianalisa nggunakake piranti lunak "BSTMATRIX", sing dirancang kanthi mandiri dening BMKGene, ngasilake level sel lan matriks ekspresi multilevel. Saka ing kono, laporan standar digawe sing kalebu kontrol kualitas data, analisa sampel internal lan analisis antar klompok.
- Kontrol kualitas data:
- Output data lan distribusi skor kualitas
- Deteksi GENE saben titik
- jangkoan jaringan
- Analisis sampel inner:
- kasugihan gen
- Titik Clustering, kalebu suda analisis Dimensi
- Analisis ekspresi diferensial antarane kluster: identifikasi gen sing ditandha
- Anotasi fungsi lan pengeluaran fungsional gen
- Analisis Inter-Gross
- kombinasi ulang saka bintik saka loro conto (kayata. Lara lan kontrol) lan klisut maneh
- Identifikasi gen marker kanggo saben kluster
- Anotasi fungsi lan pengeluaran fungsional gen
- Ekspresi beda saka kluster sing padha ing antarane klompok
Kajaba iku, Bmkgene ngembangake "Bmskene" minangka alat sing ramah pangguna sing ngidini pangguna nggambarake ekspresi gene lan titik kluster ing resolusi sing beda.
Bmkgene nawakake layanan profil spatial ing resolusi sel siji-sel sing tepat (adhedhasar bin sel utawa bin sel utawa Multilevel Square BIN saka 100um nganti 3.5um).
Data profil spatial saka bagean jaringan ing geser S3000 kanthi becik kaya ing ngisor iki.
Kasedhiyan Kasus 1: Otak Mentah
Analisis bagean otak mouse karo S3000 nyebabake sel ~ 94 000, kanthi urutan medhia medhia ~ 2000 gen. Resolusi sing luwih apik saka 3,5 um ngasilake kluster sel adhedhasar pola transkriptum, kanthi klompok sel niru struktur otak sing dibedakake. Iki gampang diamati kanthi nggambarake distribusi sel sing dikalahake minangka sel mikroglia lan sel Microglia, sing meh istimewa dumunung ing prakara abu-abu lan putih.
Kasedhiyan Kasus 2: Embryo Mouse
Analisis bagean embrio mouse karo S3000 nyebabake iden ~ 2200 000, kanthi urutan median saka sel. Resolusi sing luwih apik saka 3,5 uman ngasilake kluster sel adhedhasar pola transkrip, kanthi 12 kluster ing area mripat lan 28 kluster ing wilayah otak.
Clustering sel sissi inner-samping:
Identifikasi gen tandha lan distribusi spatial:
- Resolusi Sub sing luwih dhuwur: Dibandhingake karo slide S1000, saben area paningkatan S3000 ngemot diameter spasial 2,5 yuta saka 3,5 yuta ing antarane pemerintah titik kanthi resolusi sub-melang kanthi resolusi sub-melang (bin kothak: 3,5 μm).
- Efisiensi panangkap sing luwih dhuwur: dibandhingake karo slide S1000, Median_umi Tambah saka 30% nganti 70%, Median_Gene mundhak saka 30% nganti 60%
Skema Chip S1000:
Skema S3000 Chip:
