Transkriptom Spasial BMKMANU S1000
Skema Teknis Transkriptom Tata Ruang BMKMANU S1000
Fitur
● Resolusi: 5 µM
● Diameter Titik: 2,5 µM
● Jumlah titik: kira-kira 2 Yuta
● 3 format area panangkepan: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm utawa 15 mm * 20 mm
● Saben manik barcode diisi karo primer sing kasusun saka 4 bagean:
poli(dT) buntut kanggo mRNA priming lan cDNA sintesis
Unique Molecular Identifier (UMI) kanggo mbenerake bias amplifikasi
Barcode spasial
Urutan ngiket saka maca parsial 1 urutan primer
● H&E lan pewarnaan neon saka bagean
● Kamungkinan kanggo nggunakaketeknologi segmentasi sel: integrasi pewarnaan H&E, pewarnaan fluoresensi, lan urutan RNA kanggo nemtokake wates saben sel lan nemtokake ekspresi gen kanthi bener kanggo saben sel.
Kaluwihan BMKMANU S1000
●Resolusi Sub-selular: Saben area panangkepan ngemot > 2 yuta Barcoded Spots spasial kanthi diameter 2,5 µm lan jarak 5 µm ing antarane titik pusat, ngidini analisis transkriptom spasial kanthi resolusi sub-selular (5 µm).
●Analisis Resolusi Multi-level:Analisis multi-level fleksibel saka 100 μm nganti 5 μm kanggo ngatasi fitur jaringan sing beda-beda kanthi resolusi optimal.
●Kemungkinan kanggo Gunakake Teknologi Segmentasi Sel "Telu ing siji slide":Nggabungake pewarnaan fluoresensi, pewarnaan H&E, lan urutan RNA ing slide siji, algoritma analisis "telu-ing-siji" kita nguatake identifikasi wates sel kanggo transkriptomi adhedhasar sel sabanjure.
●Kompatibel karo Multiple Sequencing Platforms: Loro-lorone NGS lan long-read sequencing kasedhiya.
●Desain Fleksibel saka 1-8 Area Capture Aktif: Ukuran area panangkepan fleksibel, bisa nggunakake 3 format (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm lan 15 mm * 20 mm)
●Layanan siji mandeg: Iki nggabungake kabeh pengalaman lan langkah adhedhasar skill, kalebu cryo-sectioning, pewarnaan, optimalisasi jaringan, barcoding spasial, persiapan perpustakaan, urutan, lan bioinformatika.
●Bioinformatika Komprehensif lan Visualisasi Asil sing ramah pangguna:paket kalebu 29 nganalisa lan 100+ tokoh kualitas dhuwur, digabungake karo nggunakake piranti lunak inhouse dikembangaké kanggo nggambarake lan ngatur pisah sel lan titik clustering.
●Analisis Data lan Visualisasi Kustomisasi: kasedhiya kanggo panjalukan riset beda
●Tim Teknis sing mumpuni: karo pengalaman ing liwat 250 jinis jaringan lan 100+ spesies kalebu manungsa, mouse, mamalia, iwak lan tetanduran.
●Nganyari Real-time ing Kabeh Proyek: kanthi kontrol kebak kemajuan eksperimen.
●Analisis Gabungan Opsional kanthi Urutan mRNA sel Tunggal
Spesifikasi Layanan
|
Sampel Syarat
| Pustaka |
Strategi urutan
| Data dianjurake | Kontrol kualitas |
| Sampel cryo sing dipasang ing OCT, 3 blok saben sampel | Pustaka cDNA S1000 | Illumina PE150 (platform liyane kasedhiya) | 100K PE diwaca saben 100 uM (60-150 Gb) | RIN> 7 |
Kanggo rincian liyane babagan panuntun dhumateng preparation sampel lan alur kerja layanan, please aran gratis kanggo diajak aahli BMKGENE
Alur Kerja Layanan
Ing tahap persiapan sampel, uji coba ekstraksi RNA massal awal ditindakake kanggo mesthekake RNA sing berkualitas tinggi bisa dipikolehi. Ing tahap optimasi jaringan, bagean kasebut diwarnai lan digambarake lan kondisi permeabilisasi kanggo mRNA rilis saka jaringan dioptimalake. Protokol sing dioptimalake banjur diterapake sajrone konstruksi perpustakaan, banjur diurutake lan analisis data.
Alur kerja layanan lengkap kalebu nganyari wektu nyata lan konfirmasi klien kanggo njaga umpan balik sing responsif, njamin eksekusi proyek sing lancar.
Data sing diasilake dening BMKMANU S1000 dianalisis nggunakake piranti lunak "BSTMatrix", sing dirancang kanthi mandiri dening BMKGENE, ngasilake Matriks Ekspresi Gene. Saka ing kono, laporan standar digawe sing kalebu kontrol kualitas data, analisis sampel batin lan analisis antarkelompok.
● Kontrol Kualitas Data:
Output data lan distribusi skor kualitas
Deteksi gen saben titik
Jangkoan jaringan
● Analisis sampel batin:
Kekayaan gen
Spot clustering, kalebu analisis ukuran suda
Analisis ekspresi diferensial antarane klompok: identifikasi gen panandha
Anotasi fungsional lan pengayaan gen marker
● Analisis antarkelompok:
Kombinasi maneh bintik-bintik saka loro conto (contone, lara lan kontrol) lan klompok maneh
Identifikasi gen panandha kanggo saben kluster
Anotasi fungsional lan pengayaan gen marker
Ekspresi diferensial kluster sing padha ing antarane klompok
Kajaba iku, BMKGENE ngembangake "BSTViewer" minangka alat sing ramah pangguna sing ngidini pangguna nggambarake ekspresi gen lan clustering titik ing resolusi sing beda.
BMKGene dikembangaké lunak kanggo visualisasi loropaken pangguna
BSTViewer spot clustering ing resolusi multi-level
BSTellViewer: pamisah sel otomatis lan manual
Analisis sampel batin
Pengelompokan titik:
Identifikasi gen penanda lan distribusi spasial:
Analisis antarkelompok
Kombinasi data saka loro klompok lan re-cluster:
Gen penanda kluster anyar:
Jelajahi kemajuan sing difasilitasi layanan transkriptomi spasial BMKGene kanthi teknologi BMKManu S1000 ing publikasi unggulan iki:
Song, X. et al. (2023) 'Transcriptomics spasial mbukak sel chlorenchyma sing diakibatake cahya sing melu promosi regenerasi pucuk ing kalus tomat',Prosiding Akademi Ilmu Pengetahuan Nasional Amerika Serikat, 120(38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Sampeyan, Y. et al. (2023) 'Perbandingan sistematis metode transkriptomi spasial berbasis urutan',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
