特定のロカス増幅フラグメントシーケンス（SLAF-seq）
ワークフロー
技術スキーム
サービス機能
●PE150を使用したNovaseqでのシーケンス。
●ダブルバーコードを備えたライブラリの準備、1000を超えるサンプルのプーリングを可能にします。
●この手法は、参照ゲノムの有無にかかわらず使用でき、各ケースのバイオインフォマティックパイプラインは異なります。
参照ゲノム：SNPおよびインデル発見
参照ゲノムなし：サンプルクラスタリングとSNP発見
●にシリコで事前設計段階の複数の制限酵素の組み合わせがスクリーニングされ、ゲノムに沿ってSLAFタグの均一な分布を生成するものを見つけます。
●実験前に、3つのサンプルで3つの酵素の組み合わせをテストして9つのSLAFライブラリを生成します。この情報は、プロジェクトの最適な制限酵素の組み合わせを選択するために使用されます。
サービスの利点
●高い遺伝的マーカーの発見：ハイスループットのダブルバーコードシステムを統合すると、大量の集団の同時シーケンスが可能になり、遺伝子座固有の増幅により効率が向上し、タグ番号がさまざまな研究質問の多様な要件を満たすようにします。
● ゲノムへの低い依存：参照ゲノムの有無にかかわらず種に適用できます。
●柔軟なスキーム設計：単一酵素、デュアル酵素、多酵素消化、およびさまざまな種類の酵素をすべて選択して、さまざまな研究目標または種に対応できます。シリコで事前設計は、最適な酵素設計を確保するために実行されます。
● 酵素消化の高効率：anの伝導シリコで染色体上のSLAFタグ（1 SLAFタグ/4KB）の分布と繰り返しのシーケンス（<5％）を均一に分布させて、事前設計前と実験前の最適設計を保証しました。
●広範な専門知識：私たちのチームは、すべてのプロジェクトに豊富な経験をもたらし、植物、哺乳類、鳥、昆虫、水生生物を含む数百種で5000以上のSLAF-seqプロジェクトを閉鎖した実績があります。
● 自己開発のバイオインフォマティックワークフロー：BMKGENEは、SLAF-seq用の統合バイオインフォマティックワークフローを開発し、最終出力の信頼性と精度を確保しました。
サービス仕様
| 分析の種類 | 推奨される人口スケール | シーケンス戦略 | |
| タグシーケンスの深さ | タグ番号 | ||
| 遺伝的地図 | 2人の親と150人以上の子孫 | 両親：20X WGS 子孫：10x | ゲノムサイズ： <400 MB：WGSをお勧めします <1GB：100Kタグ 1-2GB :: 200kタグ > 2GB：300Kタグ 最大500Kタグ |
| ゲノムワイド関連研究（GWAS） | ≥200サンプル | 10x | |
| 遺伝的進化 | 30以上のサンプルがあり、各サブグループから10個以上のサンプルがあります | 10x | |
サービス要件
濃度≥5ng/µL
総額8 ng以上
Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5
アガロースゲル：劣化または汚染はありません
推奨サンプル配信
コンテナ：2 ml遠心分離機チューブ
（ほとんどのサンプルについては、エタノールを保存しないことをお勧めします）
サンプルのラベル：サンプルには明確にラベル付けされ、サンプル情報フォームと同一である必要があります。
出荷：ドライアイス：サンプルは最初にバッグに詰め、ドライアイスに埋められる必要があります。
サービスワークフロー
サンプルQC
パイロット実験
SLAF実験
図書館の準備
シーケンス
データ分析
アフターセールサービス
次の分析を含めます。
- データのシーケンスQC
- SLAFタグ開発
ゲノムを参照するためのマッピング
参照ゲノムなし：クラスタリング
- SLAFタグの分析：統計、ゲノム全体の分布
- マーカーの発見：SNP、インデル、SNV、CV通話および注釈
染色体上のSLAFタグの分布：
染色体上のSNPの分布：
SNP注釈
| 年 | ジャーナル | IF | タイトル | アプリケーション |
| 2022 | 自然コミュニケーション | 17.694 | ギガ染色体のゲノム基礎と木の牡丹のギガゲノーム Paeonia Ostii | slaf-gwas |
| 2015年 | 新しい植物学者 | 7.433 | 家畜化フットプリントは、農業的に重要なアンカーゲノム領域をアンカーします 大豆 | slaf-gwas |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | G. HirsutumへのGossypium barbadenseのゲノム全体の人工腫瘍 綿繊維の品質と収量の同時改善のために優れた遺伝子座を明らかにする 特性 | Slaf-Evolutionaly Genetics |
| 2019年 | 分子植物 | 10.81 | 人口ゲノム分析とde novoアセンブリが雑草の起源を明らかにする 進化的なゲームとしてのライス | Slaf-Evolutionaly Genetics |
| 2019年 | 自然遺伝学 | 31.616 | 一般的なコイのゲノム配列と遺伝的多様性、Cyprinus carpio | Slaf-Linkageマップ |
| 2014年 | 自然遺伝学 | 25.455 | 栽培されたピーナッツのゲノムは、マメ科療法型、倍数体に関する洞察を提供します 進化と作物の家畜化。 | Slaf-Linkageマップ |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | ST1の識別は、種子形態のヒッチハイクを含む選択を明らかにします 大豆の家畜化中のオイル含有量 | Slaf-Marker開発 |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | 小麦飼いのモリス2NSの識別とDNAマーカーの発達（2d） 染色体置換 | Slaf-Marker開発 |
| 年 | ジャーナル | IF | タイトル | アプリケーション |
| 2023 | 植物科学のフロンティア | 6.735 | QTLマッピングとトランスクリプトームピルスピリフォリアの果物の熟成中の糖含有量の分析 | 遺伝子マップ |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | ST1の識別は、大豆の家畜化中の種子形態とオイル含有量のヒッチハイクを含む選択を明らかにします
| SNP呼び出し |
| 2022 | 植物科学のフロンティア | 6.623 | 干ばつ環境における船体のかろうじて表現型のゲノム全体の関連性マッピング。
| gwas |
