単一核RNAシーケンス
技術スキーム
核の分離は、ダブル交差を備えた8チャンネルのマイクロ流体システムで構成される10×Genomics Chromium™によって達成されます。このシステムでは、バーコードとプライマー、酵素、単一の核を備えたゲルビーズがナノリターサイズのオイルドロップにカプセル化され、ゲルビーズインエマルジョン（GEM）を生成します。宝石が形成されると、各宝石で細胞溶解とバーコードの放出が実行されます。 mRNAは、10×バーコードとUMIを備えたcDNA分子に逆転写され、さらに標準のシーケンスライブラリ構造の対象となります。
特徴
●凍結組織からの単一ヌクレイ懸濁液の調製
●ゲルビーズインエマルジョン（GEM）の形成とそれに続くcDNA合成
●宝石の各ビーズには、4つのセクションで構成されるプライマーが搭載されています。
mRNAプライミングとcDNA合成のポリ（DT）テール、
増幅バイアスを修正するための一意の分子識別子（UMI）
10xバーコード
部分的な読み取り1シーケンスプライマーの結合シーケンス
利点
シングルヌクレウスRNAシーケンスは、単一細胞RNAシーケンスの制限を回避し、次のことを可能にします。
●新鮮なサンプルだけでなく、冷凍サンプルの使用
●新鮮な細胞の酵素治療と比較した場合、凍結細胞の低いストレスは、ストレス誘発性遺伝子の形でトランスクリプトームデータに反映されています
●赤血球を事前に除去する必要はありません
●無制限のセル直径
●組織解離中に細胞の凝集または破壊を起こしやすい複雑で脆弱な組織タイプを含む、分析の対象となるサンプルの大部分
単一細胞RNAシーケンスでは分析できず、単一核RNAシーケンスの対象となるサンプル：
| 細胞 /組織 | 理由 |
| 新しく凍結した組織 | 新鮮な組織や長期にわたる組織を入手できません |
| 筋肉細胞、巨核細胞、脂肪… | 細胞の直径が大きすぎて機器に入ることができません |
| 肝臓… | 壊れやすすぎて、単一のセルを区別できません |
| ニューロン細胞、脳… | より敏感で、ストレスが簡単で、シーケンスの結果が変わります |
| 膵臓、甲状腺… | 内因性酵素が豊富で、単一細胞懸濁液の産生に影響を与える |
シングルヌクレウス対シングルセル
| 単一核 | シングルセル |
| 無制限のセル直径 | 細胞直径：10-40μm |
| 材料は凍結組織にすることができます | 材料は新鮮な組織でなければなりません |
| 凍結細胞の低ストレス | 酵素治療は細胞ストレス反応を引き起こす可能性があります |
| 赤血球を除去する必要はありません | 赤血球を除去する必要があります |
| 核はバイオインフォメーションを表します | セル全体がバイオインフォメーションを表します |
仕様
| サンプル要件 | 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ | 品質管理 |
| 200 mg以上の動物組織 植物組織≥400mg | 10xゲノミクスSN cDNAライブラリ | イルミナPE150 | セルごとに100k PE読み取り （100-200 GB） | 顕微鏡下で観察される700-1200核/μLおよび核の完全性 |
サンプルの準備ガイダンスとサービスワークフローの詳細については、お気軽にお問い合わせくださいbmkgeneの専門家
サービスワークフロー
次の分析を含めます。
●品質制御：細胞の数、遺伝子検出、細胞の正確な識別、RNA分子、発現の定量化
●内側のサンプル分析：
セルクラスタリングとクラスター注釈
微分表現分析：クラスター内のdegの識別
クラスターDEGの機能的注釈と濃縮
●グループ間分析：
データの組み合わせ
微分表現分析：グループのdegの識別
グループDEGの機能的注釈と濃縮
●高度な分析：
細胞周期分析
擬似型分析
セルコミュニケーション分析（cellphonedb）
遺伝子セット濃縮分析（GSEA）
サンプル分析
セルクラスタリング：
微分発現分析：クラスターdeg
グループ間分析
微分表現分析：グループdeg
高度な分析：
擬似型分析：
細胞周期分析：
これらの注目の出版物で、Bmkgeneの単一核RNAシーケンスサービスによって促進された進歩を10倍のクロムで探索してください。
王、L。etal。 （2021）「シングルセルトランスクリプトーム分析は、ステロイド耐性喘息の悪化における肺の免疫景観を明らかにしています」、アメリカ合衆国科学アカデミーの議事録、118（2）、p。 E2005590118。 doi：10.1073/pnas.2005590118
Zheng、H。etal。 （2022） '墓の病気と橋本甲状腺炎の微小環境における免疫細胞における調節不全遺伝子発現と異常な代謝シグナル伝達のためのグローバルな調節ネットワーク'、免疫学のフロンティア、13、p。 879824。doi：10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex。
Tian、H。et al。 （2023） 'シングルセルトランスクリプトームは、ヒラメ（Paralichthys olivaceus）の不活性化エドワードエラタルダとのワクチン接種後の白血球の不均一性と免疫応答を明らかにします」、養殖、566、p。 739238。doi：10.1016/j.aquaculture.2023.739238。
Yu、Y。etal。 （2023）「光線力学療法は、胃癌患者の抗腫瘍免疫を改造することにより、免疫チェックポイント阻害剤の結果を改善します」胃癌、26（5）、pp。798–813。 doi：10.1007/s10120-023-01409-x/metrics。
