Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) は、DNA メチル化研究における全ゲノム Bisulfite Sequencing (WGBS) に代わる費用対効果が高く効率的な代替手段として登場しました。 WGBS は単一塩基解像度でゲノム全体を検査することで包括的な洞察を提供しますが、コストが高いことが制限要因になる可能性があります。 RRBS は、ゲノムの代表的な部分を選択的に分析することで、この課題を戦略的に軽減します。この方法論は、MspI 切断による CpG アイランドに富んだ領域の濃縮と、それに続く 200 ～ 500/600 bps フラグメントのサイズ選択に依存しています。したがって、CpG アイランドに近い領域のみが配列決定され、遠く離れた CpG アイランドを持つ領域は解析から除外されます。このプロセスと亜硫酸水素塩シーケンシングを組み合わせることで、DNA メチル化の高分解能検出が可能になり、シーケンシング アプローチである PE150 はインサートの中央ではなく末端に特に焦点を当て、メチル化プロファイリングの効率を高めます。 RRBS は、費用対効果の高い DNA メチル化研究を可能にし、エピジェネティックなメカニズムの知識を進歩させる貴重なツールです。
サービスの特徴
● 参照ゲノムが必要です。
●ラムダ DNA を使用して亜硫酸水素塩変換効率を監視します。
● MspI 消化効率もモニタリングされます。
●植物サンプルのダブル酵素消化。
● Illumina NovaSeq でのシーケンス。
サービスのメリット
●費用対効果が高く、WGBS に代わる効率的な代替手段: 分析をより低コストで、より少ないサンプル要件で実行できるようになります。
●完全なプラットフォーム:サンプル処理、ライブラリ構築、シーケンスからバイオインフォマティクス解析までワンストップで優れたサービスを提供します。
●幅広い専門知識: RRBS シーケンス プロジェクトがさまざまな種にわたって成功裡に完了したことで、BMKGENE は 10 年以上の経験、高度なスキルを持つ分析チーム、包括的なコンテンツ、優れた販売後サポートを提供します。
サービス仕様
| 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ出力 | 品質管理 |
| MspI 消化および重亜硫酸塩処理ライブラリ | イルミナPE150 | 8GB | Q30 ≧ 85% 亜硫酸水素塩変換率 > 99% MspI 切断効率 > 95% |
サンプル要件
| 濃度 (ng/μL) | 総量（μg） |
| |
| ゲノムDNA | 30以上 | ≥ 1 | 限定的な劣化または汚染 |
サービスのワークフロー
サンプル納品
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
次の分析が含まれます。
● 生シーケンスの品質管理。
● 参照ゲノムへのマッピング。
● 5mC メチル化塩基の検出とモチーフの同定。
● メチル化分布の分析とサンプルの比較。
● 示差的にメチル化された領域 (DMR) の分析。
● DMR に関連する遺伝子の機能的アノテーション。
品質管理: 消化効率 (ゲノムマッピングにおける)
品質管理: 亜硫酸水素塩変換 (メチル化情報抽出時)
メチル化マップ: 5mC メチル化のゲノム全体の分布
サンプル比較: 主成分分析
示差メチル化領域 (DMR) 分析: ヒートマップ
厳選された出版物コレクションを通じて、BMKGene の全ゲノム重亜硫酸塩シーケンス サービスによって促進された研究の進歩を探ってください。
リー、Ｚら。 (2022) 「CRISPR 活性化とパラクリン因子によるライディッヒ様細胞への高忠実度の再プログラミング」、PNAS ネクサス、１（４）。土井：10.1093/PNASNEXUS/PGAC179。
Tian、H.ら。 (2023) 「中国の一卵性双生児における体組成のゲノムワイド DNA メチル化分析」、欧州臨床研究ジャーナル、５３（１１）、ｐ． e14055。土井: 10.1111/ECI.14055。
ウー、Ｙら。 (2022) 「DNA メチル化とウエスト対ヒップ比: 中国の一卵性双生児におけるエピゲノム全体の関連研究」、内分泌学的調査ジャーナル、45(12)、2365–2376ページ。土井: 10.1007/S40618-022-01878-4。
