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強力な分析ツール

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ヒートマップ

HEATMAPツールは、Matrixデータファイルを入力として受け入れ、ユーザーがデータをフィルタリング、正規化、クラスター化できるようにします。ヒートマップの主要なユースケースは、異なるサンプル間の遺伝子発現レベルのクラスター分析です。

 

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遺伝子注釈

Gene Annotation Toolは、さまざまなデータベースに対する入力FASTAファイルのシーケンスアラインメントに基づいて、遺伝子注釈を実行します。

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基本的なローカルアライメント検索ツール(BLAST)

BLASTツールは、NCBI BLASTのBMKCloud統合バージョンであり、BMKCloudアカウントにアップロードされたデータを使用して同じ関数を実行するために使用できます。

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CDS_UTR予測

CDS_UTR予測ツールは、既知のタンパク質データベースとORF予測の結果に対するBLASTの結果に基づいて、指定された転写シーケンスのコーディング領域(CDS)および非コード領域(UTR)を予測するように設計されています。

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マンハッタンプロット

マンハッタンプロットツールは、高サンプル実験の表示を可能にし、一般的にゲノムワイド関連研究(GWAS)で使用されます。

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CIRCOS図

CIRCOSダイアグラムツールは、ゲノム全体にゲノム特徴がどのように分散されるかを効率的に視覚化します。一般的な特徴には、定量的遺伝子座、SNP、インデル、構造およびコピー数のバリアントが含まれます。

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遺伝子オントロジー(GO)濃縮

GO濃縮ツールは、機能的な濃縮分析を提供します。このツールの主要なソフトウェアは、微分表現分析を含むTopgo-Bioconductorパッケージです。濃縮分析と結果の視覚化が含まれます。

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加重遺伝子共発現ネットワーク分析(WGCNA)

WGCNAは、遺伝子共発現モジュールを発見するための広く使用されているデータマイニング方法です。マイクロアレイやNGS遺伝子発現データを含むさまざまな式データセットに適用できます。

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Interproscan

 Interproscanツールは、インタープロタンパク質シーケンス分析と分類を提供します。

 

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Kegg Enrichmentに行きます

Go Kegg Enrichmentツールは、提供された遺伝子セットと対応する注釈に基づいて、GO濃縮ヒストグラム、Kegg濃縮ヒストグラム、およびKegg濃縮経路を生成するための設計です。

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