植物/動物全体のゲノムシーケンス
サービス機能
●ライブラリの準備は標準またはPCRフリーにすることができます
●4つのシーケンスプラットフォームで利用可能：Illumina Novaseq、MGI T7、Nanopore Promethion P48、またはPacbio Revio。
●バリアントの検出に焦点を当てたバイオインフォマティック分析：SNP、Indel、SV、およびCNV
サービスの利点
●広範な専門知識と出版記録：1000種以上のゲノムシーケンスの累積経験により、累積衝撃係数が5000を超える1000を超える公開された症例が生じました。
●包括的なバイオインフォマティクス分析：バリエーション呼び出しおよび関数注釈を含む。
●販売後のサポート：私たちのコミットメントは、3か月の販売後のサービス期間でプロジェクトの完了を超えています。この間、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、およびQ＆Aセッションを提供して、結果に関連するクエリに対処します。
●包括的な注釈：複数のデータベースを使用して、特定されたバリエーションで遺伝子に機能的に注釈を付け、対応する濃縮分析を実行し、複数の研究プロジェクトに関する洞察を提供します。
サービス仕様
| 識別されるバリアント | シーケンス戦略 | 推奨される深さ |
| SNPとインデル | Illumina Novaseq PE150 またはMGI T7 | 10x |
| SVとCNV（精度が低い） | 30x | |
| SVとCNV（より正確） | ナノポアプロムP48 | 20x |
| SNP、インデル、SV、およびCNV | Pacbio Revio | 10x |
サンプル要件
| 組織または抽出された核酸 | イルミナ/MGI | ナノポア | Pacbio
| ||
| 動物の内臓 | 0.5-1 g | ≥3.5g
| ≥3.5g
| ||
| 動物の筋肉 | ≥5g
| ≥5g
| |||
| 哺乳類の血 | 1.5 ml | 0.5 mL以上
| ≥5ml
| ||
| 家禽/魚の血 | 0.1 mL以上
| 0.5 mL以上
| |||
| 植物 - 新鮮な葉 | 1-2 g | 2 g以上
| ≥5g
| ||
| 培養細胞 |
| ≥1x107
| ≥1x108
| ||
| 昆虫の軟部組織/個人 | 0.5-1 g | ≥1g
| ≥3g
| ||
| 抽出されたDNA
| 濃度：≥1ng/ µL 金額：≥30ng 限られたまたは劣化または汚染なし
| 集中 額
OD260/280
OD260/230
限られたまたは劣化または汚染なし
| ≥40ng/ µL 4 µg/フローセル/サンプル
1.7-2.2
≥1.5 | 集中 額
OD260/280
OD260/230
限られたまたは劣化または汚染なし | ≥50ng/ µL 10 µg/フローセル/サンプル
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCRフリーライブラリの準備： 濃度以上40 ng/ µL 500 ng以上の量 | |||||
サービスワークフロー
サンプル配信
DNA抽出
図書館の建設
シーケンス
データ分析
データ配信
次の分析を含めます。
- 生データ品質の制御
- ゲノムを参照するためのアライメントの統計
- バリアント識別：SNP、インデル、SV、CNV
- バリアントの機能的注釈
ゲノムを参照するためのアライメントの統計 - 深さ分布のシーケンス
複数のサンプル間のSNP呼び出し
インデルの識別 - CDS領域とゲノム全体の領域のインデル長の統計
ゲノム全体のバリアント分布 - Circosプロット
識別されたバリアントを持つ遺伝子の機能的注釈 - 遺伝子オントロジー
Chai、Q。et al。 （2023） 'グルタチオンS-トランスフェラーゼGHTT19は、綿のアントシアニンの蓄積を調節することにより花びらの色素沈着を決定します」、Plant Biotechnology Journal、21（2）、p。 433。doi：10.1111/pbi.13965。
チェン、H。etal。 （2023）「染色体レベルの野生のヘヴェアブラジリアエンシスゲノムは、ゴム収量を上げるためのゲノム支援繁殖と貴重な遺伝子座のための新しいツールを提供します」、Plant Biotechnology Journal、21（5）、pp。1058–1072。 doi：10.1111/pbi.14018。
Li、A。etal。 （2021）「河口カキのゲノムは、気候への影響と適応可塑性に関する洞察を提供します」、Communications Biology 2021 4：1、4（1）、pp。1–12。 doi：10.1038/s42003-021-02823-6。
Zeng、T。etal。 （2022）「長期にわたる中国の先住民族の鶏のゲノムおよびメチル化の変化の分析は、種の保全に関する洞察を提供します」、Communications Biology、5（1）、pp。1–12。 doi：10.1038/s42003-022-03907-7。
