PacBio 2+3 全長 mRNA ソリューション
特徴
● 研究デザイン:
プールされたサンプルを PacBio で配列決定し、転写物のアイソフォームを特定
個別のサンプル (複製およびテストする条件) をシーケンスします。NGS による転写産物の発現の定量化
● CCS モードでの PacBio シーケンス、HiFi リードの生成
● 全長トランスクリプトの配列決定
● 分析には参照ゲノムは必要ありません。ただし、採用される場合があります
● バイオインフォマティクス解析には、遺伝子およびアイソフォームレベルでの発現だけでなく、lncRNA、遺伝子融合、ポリアデニル化、遺伝子構造の解析も含まれます。
利点
●高精度: HiFi 読み取り精度 >99.9% (Q30)、NGS と同等
● 選択的スプライシング解析: すべての転写産物の配列を決定することで、アイソフォームの同定と特性評価が可能になります。
● PacBio と NGS の強みの組み合わせ: アイソフォームレベルでの発現の定量化を可能にし、遺伝子発現全体を分析する際に隠蔽される可能性のある変化を明らかにします
● 豊富な専門知識: 1,100 を超える PacBio 全長トランスクリプトーム プロジェクトを完了し、2,300 を超えるサンプルを処理した実績を持つ当社のチームは、あらゆるプロジェクトに豊富な経験をもたらします。
● 販売後のサポート: 当社のコミットメントは、プロジェクトの完了を超えて 3 か月のアフターサービス期間まで延長されます。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、および結果に関する質問に対処する Q&A セッションを提供します。
サンプルの要件と納品
| 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ | 品質管理 |
| PolyA 濃縮 mRNA CCS ライブラリー | PacBio シークエル II パックバイオ レビオ | 20/40GB 5/10M CCS | Q30≧85% |
| ポリAが豊富 | イルミナPE150 | 6～10GB | Q30≧85% |
ヌクレオチド
|
| 濃度(ng/μl) | 量（μg） | 純度 | 誠実さ |
| イルミナライブラリー | ≥ 10 | ≧ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5～2.5 ゲル上にタンパク質や DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。 | 植物の場合: RIN≥4.0; 動物の場合：RIN≧4.5。 5.0≧28S/18S≧1.0; 基準高度が限られているか、基準高度がない |
| PacBio ライブラリ | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5～2.5 ゲル上にタンパク質や DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。 | 植物: RIN≥7.5 動物: RIN≧8.0 5.0≧28S/18S≧1.0; 基準高度が限られているか、基準高度がない |
推奨されるサンプル配信
容器: 2 ml 遠沈管 (錫箔は推奨しません)
サンプルラベリング: グループ + 複製 (A1、A2、A3 など)。 B1、B2、B3。
出荷:
1. ドライアイス:サンプルは袋に詰めてドライアイスに埋める必要があります。
2. RNAstable チューブ: RNA サンプルは RNA 安定化チューブ (例: RNAstable®) 内で乾燥され、室温で出荷されます。
次の分析が含まれます。
生データの品質管理
代替ポリアデニル化分析 (APA)
融合転写産物解析
選択的スプライシング解析
Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) 分析のベンチマーク
新規転写物解析: コード配列 (CDS) の予測と機能的アノテーション
lncRNA 解析: lncRNA とターゲットの予測
マイクロサテライト識別 (SSR)
差次的発現転写物 (DET) 分析
差次的発現遺伝子 (DEG) 解析
DEG と DET の機能アノテーション
バスコ分析
選択的スプライシング解析
代替ポリアデニル化分析 (APA)
差次的に発現された遺伝子 (DEG) と転写物 (DETs9 分析)
DET と DEG のタンパク質間相互作用ネットワーク
厳選された出版物コレクションを通じて、BMKGene の PacBio 2+3 全長 mRNA シークエンシングによって促進された進歩を探ってください。
チャオ、Q.ら。 (2019) 「Populus ステム トランスクリプトームの発生ダイナミクス」、Plant Biotechnology Journal、17(1)、206 ～ 219 ページ。土井：10.1111/PBI.12958。
デン、H.ら。 (2022) 「Actinidia latifolia (アスコルビン酸塩が豊富な果物作物) の果実の発育および熟成中のアスコルビン酸含有量の動的変化と関連する分子機構」、国際分子科学ジャーナル、23(10)、p. 5808. 土井: 10.3390/IJMS23105808/S1。
Hua, X. et al. (2022) 「パリポリフィラの生理活性ポリフィリンに関与する生合成経路遺伝子の効果的な予測」、Communications Biology 2022 5:1、5(1)、1-10 ページ。土井: 10.1038/s42003-022-03000-z。
リュー、M.ら。 (2023) 「PacBio Iso-Seq と Illumina RNA-Seq を組み合わせた Tuta absoluta (Meyrick) トランスクリプトームおよびチトクローム P450 遺伝子の分析」、Insects、14(4)、p. 363. 土井: 10.3390/INSECTS14040363/S1。
王、立軍ら。 (2019) 「Ricinus Communis におけるリシノール酸生合成をよりよく理解するために、PacBio 単一分子リアルタイム解析と Illumina RNA シーケンスを組み合わせたトランスクリプトーム複雑性の調査」、BMC Genomics、20(1)、1 ～ 17 ページ。土井: 10.1186/S12864-019-5832-9/図/7。
