非リファレンスベースの mRNA シーケンス - NGS
特徴
● ライブラリー調製前のポリ mRNA の捕捉
● 参照ゲノムから独立: 転写産物の de novo アセンブリに基づいて、複数のデータベース (NR、Swiss-Prot、COG、KOG、eggNOG、Pfam、GO、KEGG) で注釈が付けられたユニジーンのリストを生成します。
● 遺伝子発現と転写構造の包括的なバイオインフォマティクス解析
サービスのメリット
●幅広い専門知識: BMKGENE では、細胞培養、組織、体液などのさまざまな種類のサンプルに及ぶ 600,000 を超えるサンプルを処理した実績があり、当社のチームはあらゆるプロジェクトに豊富な経験をもたらします。当社は、さまざまな研究領域で 100,000 件を超える mRNA-Seq プロジェクトを成功裡に完了させてきました。
●厳格な品質管理: サンプルおよびライブラリーの調製からシーケンスおよびバイオインフォマティクスに至るまで、すべての段階にわたってコア管理ポイントを実装します。この細心の注意を払って監視することで、一貫して高品質の結果が確実に提供されます。
● 包括的な注釈: 私たちは複数のデータベースを使用して、Differently Expressed Genes (DEG) に機能的にアノテーションを付け、対応するエンリッチメント分析を実行して、トランスクリプトーム応答の根底にある細胞および分子プロセスに関する洞察を提供します。
●販売後のサポート: 当社のコミットメントは、プロジェクトの完了を超えて 3 か月のアフターサービス期間まで延長されます。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、および結果に関する質問に対処する Q&A セッションを提供します。
サンプルの要件と納品
| 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ | 品質管理 |
| ポリAが豊富 | イルミナPE150 DNBSEQ-T7 | 6～10GB | Q30≧85% |
サンプル要件:
ヌクレオチド:
| 濃度(ng/μl) | 量（μg） | 純度 | 誠実さ |
| ≥ 10 | ≧ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5～2.5 ゲル上にタンパク質や DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。 | 植物の場合: RIN≥4.0。 動物の場合：RIN≧4.5。 5.0≧28S/18S≧1.0; 基準高度が限られているか、基準高度がない |
● 植物:
根、茎または花びら: 450 mg
葉または種子: 300 mg
果実：1.2g
●動物：
心臓または腸: 300 mg
内臓または脳: 240 mg
筋肉：450mg
骨、髪、皮膚：1g
● 節足動物:
昆虫：6g
甲殻類：300mg
●全血: 1チューブ
● セル: 106 細胞
推奨されるサンプル配信
容器: 2 ml 遠沈管 (錫箔は推奨しません)
ラベル付けのサンプル: グループ + 複製 (A1、A2、A3 など)。 B1、B2、B3。
出荷:
1. ドライアイス: サンプルを袋に詰めてドライアイスに埋める必要があります。
2. RNAstable チューブ: RNA サンプルは RNA 安定化チューブ (例: RNAstable®) 内で乾燥され、室温で出荷されます。
サービスのワークフロー
実験計画
サンプル納品
RNA抽出
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
バイオインフォマティクス
トランスクリプトームのアセンブリと単一遺伝子の選択
Unigene アノテーション
生物学的複製のサンプル相関と評価
差次的発現遺伝子 (DEG)
DEG の機能アノテーション
DEGの機能強化
厳選された出版物コレクションを通じて、BMKGene の真核生物 NGS mRNA シーケンス サービスによって促進された進歩を探ってください。
シェン、F.ら。 (2020) 「アムールナマズ (Silurus asotus) の生殖腺における新たなトランスクリプトーム構築と性偏った遺伝子発現」、Genomics、112(3)、2603–2614 ページ。土井: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026。
Zhang、C.ら。 (2016) 「タマネギ (Allium cepa L.) の球根の膨張および発育中のスクロース代謝のトランスクリプトーム分析」、Frontiers in Plant Science、7 (9 月)、p. 212763.doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX。
Zhu, C. et al. (2017) 「Sarcocheilichthys sinensis のトランスクリプトームの De novo アセンブリ、特性評価、および注釈」、PLoS ONE、12(2)。土井: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966。
Zou、L.ら。 (2021) 「De novo トランスクリプトーム解析により、塩分ストレス下での Podocarpus Macrophyllus の耐塩性についての洞察が得られます」、BMC Plant Biology、21(1)、1 ～ 17 ページ。土井: 10.1186/S12870-021-03274-1/図/9。
