
参照ゲノムを使用したmRNA-seq(NGS)
RNA-seqは、生命と作物科学の標準ツールであり、ゲノムとプロテオームの間のギャップを埋めます。その強度は、新しい転写産物を発見し、1つのアッセイでそれらの発現を定量化することにあります。比較トランスクリプトーム研究に広く使用されており、変異体を野生型と比較したり、特定の条件下で遺伝子発現を明らかにしたりするなど、さまざまな特性または表現型に関連する遺伝子に光を排出します。 BMKCloud mRNA(参照)APPは、発現定量、微分表現分析(DEG)、および配列構造分析をmRNA-seq(NGS)バイオインフォマティクスパイプラインに統合し、同様のソフトウェアの強度を統合し、便利さとユーザーフレンドリーを確保します。ユーザーは、RNA-seqデータをクラウドにアップロードできます。アプリは、包括的なワンストップバイオインフォマティック分析ソリューションを提供します。さらに、カスタマーエクスペリエンスを優先し、ユーザーの特定のニーズに合わせたパーソナライズされた運用を提供します。ユーザーは、パラメーターを設定してパイプラインミッションを自分で送信し、インタラクティブレポートを確認し、データ/図を表示し、ターゲット遺伝子選択、機能クラスタリング、図などのデータマイニングを完了できます。
プラットフォーム:イルミナ、MGI
戦略:RNA-seq
レイアウト: 格付けされた、きれいなデータ。
ライブラリタイプ:fr-unstranded、fr-firststrandまたはfr-secondstrand
長さを読む:150 bp
ファイルタイプ:*.fastq、 *.fq、 *.fastq.gzまたは *.fq.gz。システムはそうしますファイル名に従って.fastqファイルを自動的にペアリングします。Eg *_1.fastqと対に *._ 2.fastq。
サンプルの数:数に制限はありませんサンプルのものですが、分析時間はサンプルが成長します。
推奨されるデータ量:サンプルごとに6g