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参照ゲノムを使用したmRNA-seq(NGS)

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参照ゲノムを使用したmRNA-seq(NGS)

RNA-seqは、生命と作物科学の標準ツールであり、ゲノムとプロテオームの間のギャップを埋めます。その強度は、新しい転写産物を発見し、1つのアッセイでそれらの発現を定量化することにあります。比較トランスクリプトーム研究に広く使用されており、変異体を野生型と比較したり、特定の条件下で遺伝子発現を明らかにしたりするなど、さまざまな特性または表現型に関連する遺伝子に光を排出します。 BMKCloud mRNA(参照)APPは、発現定量、微分表現分析(DEG)、および配列構造分析をmRNA-seq(NGS)バイオインフォマティクスパイプラインに統合し、同様のソフトウェアの強度を統合し、便利さとユーザーフレンドリーを確保します。ユーザーは、RNA-seqデータをクラウドにアップロードできます。アプリは、包括的なワンストップバイオインフォマティック分析ソリューションを提供します。さらに、カスタマーエクスペリエンスを優先し、ユーザーの特定のニーズに合わせたパーソナライズされた運用を提供します。ユーザーは、パラメーターを設定してパイプラインミッションを自分で送信し、インタラクティブレポートを確認し、データ/図を表示し、ターゲット遺伝子選択、機能クラスタリング、図などのデータマイニングを完了できます。

デモの結果
データマイニング
輸入要件
メイン分析
参照
デモの結果

データマイニング

輸入要件

プラットフォーム:イルミナ、MGI
戦略:RNA-seq
レイアウト: 格付けされた、きれいなデータ。
ライブラリタイプ:fr-unstranded、fr-firststrandまたはfr-secondstrand
長さを読む:150 bp
ファイルタイプ:*.fastq、 *.fq、 *.fastq.gzまたは *.fq.gz。システムはそうしますファイル名に従って.fastqファイルを自動的にペアリングします。Eg *_1.fastqと対に *._ 2.fastq。
サンプルの数:数に制限はありませんサンプルのものですが、分析時間はサンプルが成長します。
推奨されるデータ量:サンプルごとに6g

メイン分析
mRNA-seqの主な分析とバイオインフォマティックツール(参照)パイプラインは次のとおりです。
1。rawdata品質管理:
•低品質のシーケンス、アダプターシーケンスの除去、等;
•ツール:社内で開発されたパイプライン。
2。参照ゲノムへのデータのアラインメント:
•スプライスアウェアアルゴリズムを使用して読み取りを調整します参照ゲノム。
•ツール:hisat2, Samtools
3。ライブラリの品質分析:
•長さ分析、シーケンス飽和分析などを挿入します。
•ツール:Samtools;
4。シーケンス構造分析:
•代替スプライシング分析、遺伝子構造の最適化、新規遺伝子予測など。
•ツール:stringtie, gffcompare, ガットダイヤモンド, Interproscan、 そしてhmmer.
5。微分表現分析:
•DEGスクリーニング、共同関連分析、機能濃縮;
さまざまな視覚化の結果;
Rsegseq, deseq2, ggplot2, dexseq
参照
1。キム、大wan等。 「グラフベースのゲノムアライメントとHISAT2およびHisat-genotypeを使用したジェノタイピング。」自然バイオテクノロジー37(2019):907-915。
2。マッケナ、アーロン等。 「ゲノム分析ツールキット:a次世代DNAを分析するためのMapReduceフレームワークデータのシーケンス。」ゲノム研究20 9(2010):1297-303。
3。Li、Heng et al。 「シーケンスアラインメント/マップ形式とSamtools。」バイオインフォマティクス25(2009):2078-2079。
4。ペルアー、ミヘラら。 「StringTieは改善を有効にしますRNA-seqからのトランスクリプトームの再構築が読み取りされます。」自然バイオテクノロジー33(2015):290-295。
5。Love、Michael I. et al。 「倍率変化のモデレート推定とDESEQ2を使用したRNA-seqデータの分散。」ゲノム生物学15(2014):n。パグ。
6。Eddy、Sean R ..「加速プロファイルHMM検索」。PLOS 計算生物学7(2011):n。パグ。

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