ナノポア全長トランスクリプトーム

ナノポア トランスクリプトーム シーケンスは、完全長 cDNA のシーケンスを決定し、転写物のアイソフォームを正確に同定および定量するための強力な方法です。 BMKCloud Nanopore 全長トランスクリプトーム パイプラインは、Nanopore プラットフォームで生成された RNA-Seq データを、高品質で十分に注釈が付けられた参照ゲノムに対して分析するように設計されており、遺伝子と転写レベルの両方で定性的および定量的分析を提供します。品質管理の後、完全長の非キメラ (FLNC) 配列が取得され、コンセンサス配列が参照ゲノムにマッピングされて、重複する転写物が除去されます。この転写物セットから発現が定量化され、差次的に発現される遺伝子と転写物が同定され、機能的に注釈が付けられます。このパイプラインには、選択的ポリアデニル化 (APA) 分析、選択的スプライシング分析、単純配列リピート (SSR) 分析、lncRNA と対応するターゲットの予測、コード配列 (CDS) の予測、遺伝子ファミリー分析、転写因子分析、新規遺伝子の予測も含まれます。およびトランスクリプトの機能的アノテーション。