Hi-Cベースのゲノムアセンブリ
Hi-C は、プロービング近接ベースの相互作用とハイスループット シーケンスを組み合わせて染色体構成を捕捉するように設計された方法です。これらの相互作用の強さは、染色体上の物理的距離と負の相関があると考えられています。したがって、Hi-C データは、ドラフトゲノム内の組み立てられた配列のクラスタリング、順序付け、および配向をガイドし、それらを特定の数の染色体に固定するために使用されます。この技術により、集団ベースの遺伝地図が存在しない場合でも、染色体レベルのゲノムアセンブリが可能になります。すべてのゲノムには Hi-C が必要です。
サービスの特徴
● PE150 を使用した Illumina NovaSeq でのシーケンス。
● サービスでは、抽出された核酸ではなく組織サンプルをホルムアルデヒドで架橋し、DNA-タンパク質相互作用を保存する必要があります。
● Hi-C 実験には、ビオチンによる粘着末端の制限と末端修復、その後の相互作用を維持しながら得られた平滑末端の環状化が含まれます。次に、DNA はストレプトアビジン ビーズでプルダウンされ、その後のライブラリー調製のために精製されます。
サービスのメリット
Hi-Cの概要
(リーバーマン-エイデン E ら、科学、2009)
●遺伝的集団データの必要性を排除:Hi-C は、コンティグ アンカリングに必要な必須情報を置き換えます。
●高いマーカー密度:90%を超える高いコンティグアンカー率につながります。
●広範な専門知識と出版実績:BMKGene は、1,000 種の異なる種からの Hi-C ゲノム アセンブリの 2,000 件を超える豊富な経験とさまざまな特許を持っています。公開された 200 件を超えるケースの累積インパクトファクターは 2000 を超えています。
●高度なスキルを持つバイオインフォマティクス チーム:Hi-C 実験とデータ分析のための社内特許とソフトウェア著作権を持つ自社開発の視覚化データ ソフトウェアにより、手動でのブロックの移動、反転、取り消し、やり直しが可能になります。
●販売後のサポート:当社のコミットメントは、プロジェクトの完了を超えて 3 か月のアフターサービス期間まで延長されます。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、および結果に関する質問に対処する Q&A セッションを提供します。
●包括的な注釈: 複数のデータベースを使用して、特定された変異を持つ遺伝子に機能的な注釈を付け、対応するエンリッチメント分析を実行して、複数の研究プロジェクトに関する洞察を提供します。
サービス仕様
| ライブラリの準備 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ出力 | 品質管理 |
| Hi-Cライブラリ | イルミナ ノヴァシーク PE150 | 100倍 | Q30 ≧ 85% |
サンプル要件
| 組織 | 必要量 |
| 動物の内臓 | ≧2g |
| 動物の筋肉 | |
| 哺乳類の血液 | 2mL以上 |
| 家禽/魚の血液 | |
| 植物 - 新鮮な葉 | ≧3g |
| 培養細胞 | ≥ 1x107 |
| 昆虫 | ≧2g |
サービスのワークフロー
実験計画
サンプル納品
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
1) 生データの品質管理
2) Hi-C ライブラリ QC: 有効な Hi-C 相互作用の推定
3) Hi-C アセンブリ: グループ内のコンティグのクラスタリング、続いて各グループ内でコンティグの順序付けとコンティグの向きの割り当て
4) Hi-C評価
Hi-C ライブラリ QC – Hi-C の有効な相互作用ペアの推定
Hi-C アセンブリ – 統計
組み立て後の評価 - ビン間の信号強度のヒートマップ
厳選された出版物コレクションを通じて、BMKGene の Hi-C アセンブリ サービスによって促進される進歩を探ってください。
Tian、T.ら。 (2023) 「顕著な干ばつ耐性トウモロコシ生殖質のゲノム構築と遺伝的解剖」、Nature Genetics 2023 55:3、55(3)、496–506 ページ。土井: 10.1038/s41588-023-01297-y。
ワン、ZLら。 (2020) 「アジアミツバチセイヨウミツバチ ゲノムの染色体スケール アセンブリ」、Frontiers in Genetics、11、p. 524140.doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX。
Zhang、F.ら。 (2023) 「ナス科ファミリーの 2 つのゲノムを分析することによるトロパン アルカロイド生合成の進化の解明」、Nature Communications 2023 14:1、14(1)、1 ～ 18 ページ。土井: 10.1038/s41467-023-37133-4。
Zhang、X.ら。 (2020) 「ガジュマルの木と花粉媒介バチのゲノムはイチジクとスズメバチの共進化への洞察を提供する」、Cell、183(4)、pp. 875-889.e17。土井: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
