Hi-Cベースのクロマチン相互作用
サービス機能
●PE150を使用したIllumina Novaseqでのシーケンス。
●サービスには、抽出された核酸の代わりに組織サンプルが必要です。ホルムアルデヒドと架橋し、DNAタンパク質の相互作用を節約する必要があります。
●HI-C実験には、ビオチンによる粘着端の制限と終了修復が含まれ、その後、相互作用を維持しながら、結果として生じる鈍い端の循環が含まれます。次に、DNAをストレプトアビジンビーズで引き下げ、その後のライブラリの調製のために精製します。
サービスの利点
●最適な制限酵素設計：最大93％の有効な相互作用ペアを持つ異なる種で高いHI-C効率を確保する。
●広範な専門知識と出版記録：Bmkgeneは、800種類の種やさまざまな特許から2000を超えるHI-Cシーケンスプロジェクトで豊富な経験を持っています。 900を超える累積衝撃係数を持つ100を超える公開されたケース。
●高度なスキルバイオインフォマティクスチーム：HI-C実験とデータ分析のための社内特許とソフトウェアの著作権、および自己開発の視覚化データソフトウェア。
●販売後のサポート：私たちのコミットメントは、3か月の販売後のサービス期間でプロジェクトの完了を超えています。この間、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、およびQ＆Aセッションを提供して、結果に関連するクエリに対処します。
●包括的な注釈：複数のデータベースを使用して、特定されたバリエーションで遺伝子に機能的に注釈を付け、対応する濃縮分析を実行し、複数の研究プロジェクトに関する洞察を提供します。
サービス仕様
| 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ出力 | HI-C信号解像度 |
| Hi-Cライブラリ | イルミナPE150 | クロマチンループ：150x TAD：50X | クロマチンループ：10kb TAD：40kb |
サービス要件
| サンプルタイプ | 必要な金額 |
| 動物組織 | ≥2g |
| 全血 | 2ml以上 |
| 菌類 | ≥1g |
| 植物 - 若い組織 | 1g/aliquot、2-4アリコートが推奨されます |
| 培養細胞 | ≥1x107 |
次の分析を含めます。
●生データQC。
●マッピングおよびHI-CライブラリQC：有効な相互作用ペアと相互作用減衰指数（IDES）。
●ゲノム全体の相互作用プロファイリング：CIS/トランス分析とHI-C相互作用マップ。
●A/Bコンパートメント分布の分析。
●TADとクロマチンループの識別。
●サンプル間の3Dクロマチン構造要素と、関連する遺伝子の対応する機能注釈の微分分析。
CISおよびトランスプロポーション分布
サンプル間の染色体相互作用のヒートマップ
A/Bコンパートメントのゲノム全体の分布
クロマチンループのゲノム全体の分布
TADの視覚化
キュレーションされた出版物のコレクションを通じて、BMKGeneのHI-Cシーケンスサービスによって促進された研究の進歩を探ります。
Meng、T。etal。 （2021） '比較統合マルチオミクス分析は、CA2が軟骨腫の新規ターゲットとして識別します」、神経腫瘍学、23（10）、pp。1709–1722。 doi：10.1093/neuonc/noab156。
Xu、L。etal。 （2021） 'ゲノムの3Dの混乱と再配置は、統合されたHi-C、Nanopore、およびRNAシーケンスによるNAFLDの病因に関する洞察を提供します」、Acta Charmaceutica Sinica b、11（10）、pp。3150–3164。 doi：10.1016/j.apsb.2021.03.022。
