全長 mRNA シーケンス - ナノポア
特徴
● Poly-A mRNA の捕捉、その後の cDNA 合成とライブラリーの調製
● 全長トランスクリプトの配列決定
● 参照ゲノムとのアライメントに基づくバイオインフォマティクス分析
● バイオインフォマティクス解析には、遺伝子およびアイソフォームレベルでの発現だけでなく、lncRNA、遺伝子融合、ポリアデニル化、遺伝子構造の解析も含まれます。
サービスのメリット
●アイソフォームレベルでの発現の定量化: 詳細かつ正確な発現解析を可能にし、遺伝子発現全体を解析する際に隠蔽される可能性のある変化を明らかにします。
●データ需要の削減:次世代シーケンシング (NGS) と比較して、ナノポア シーケンシングはデータ要件が低いため、より少ないデータで同等レベルの遺伝子発現定量飽和が可能です。
●発現定量の精度が向上: 遺伝子レベルとアイソフォームレベルの両方
●追加のトランスクリプトーム情報の特定: 代替ポリアデニル化、融合遺伝子、lcnRNA とその標的遺伝子
●幅広い専門知識: 私たちのチームはあらゆるプロジェクトに豊富な経験をもたらし、850 以上の Nanopore 完全長トランスクリプトーム プロジェクトを完了し、8,000 以上のサンプルを処理しました。
●販売後のサポート: 当社のコミットメントは、プロジェクトの完了を超えて 3 か月のアフターサービス期間まで延長されます。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、および結果に関する質問に対処する Q&A セッションを提供します。
サンプルの要件と納品
| 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ | 品質管理 |
| ポリAが豊富 | イルミナPE150 | 6/12GB | 平均品質スコア: Q10 |
サンプル要件:
ヌクレオチド:
| 濃度(ng/μl) | 量（μg） | 純度 | 誠実さ |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5～2.5 ゲル上にタンパク質や DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。 | 植物の場合: RIN≥7.0; 動物の場合：RIN≧7.5。 5.0≧28S/18S≧1.0; 基準高度が限られているか、基準高度がない |
● 植物:
根、茎または花びら: 450 mg
葉または種子: 300 mg
果実：1.2g
●動物：
心臓または腸: 300 mg
内臓または脳: 240 mg
筋肉：450mg
骨、髪、皮膚：1g
● 節足動物:
昆虫：6g
甲殻類：300mg
●全血: 1チューブ
● セル：106 細胞
推奨されるサンプル配信
容器: 2 ml 遠沈管 (錫箔は推奨しません)
ラベル付けのサンプル: グループ + 複製 (A1、A2、A3 など)。 B1、B2、B3。
出荷:
1. ドライアイス: サンプルを袋に詰めてドライアイスに埋める必要があります。
2. RNAstable チューブ: RNA サンプルは RNA 安定化チューブ (例: RNAstable®) 内で乾燥され、室温で出荷されます。
サービスのワークフロー
ヌクレオチド:
サンプル納品
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
サービスのワークフロー
組織：
実験計画
サンプル納品
RNA抽出
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
●生データ処理
● 転写物の識別
●交互接続
● 遺伝子レベルおよびアイソフォームレベルでの発現定量化
● 発現差解析
● 関数のアノテーションとエンリッチメント (DEG と DET)
選択的スプライシング解析
代替ポリアデニル化分析 (APA)
lncRNAの予測
新規遺伝子のアノテーション
DET のクラスタリング
DEG におけるタンパク質間ネットワーク
厳選された出版物コレクションを通じて、BMKGene の Nanopore 全長 mRNA シーケンス サービスによって促進された進歩を探ってください。
ゴング、B.ら。 (2023) 「神経膠腫における癌遺伝子としての分泌キナーゼ FAM20C のエピジェネティックおよび転写活性化」、Journal of Genetics and Genomics、50(6)、422–433 ページ。土井: 10.1016/J.JGG.2023.01.008。
彼、Z.ら。 (2023) 「IFN-γ に応答するリンパ球の全長トランスクリプトーム配列決定により、ヒラメ (Paralichthys olivaceus) の Th1 に歪んだ免疫応答が明らかになりました」、Fish & Shellfish Immunology、134、p. 108636. 土井: 10.1016/J.FSI.2023.108636。
Ma, Y. et al. (2023) 「ネモピレマ ノムライ毒同定のための PacBio および ONT RNA 配列決定法の比較分析」、Genomics、115(6)、p. 110709. 土井: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 「ナノ配列解析により、エクソソームと hUMSC 由来の微小胞の間で異なる機能傾向が明らかになった」、Stem Cell Research and Therapy、14(1)、1 ～ 13 ページ。土井: 10.1186/S13287-023-03491-5/表/6。
