真核生物mRNA分析（参照ベースおよびde novoオプションが利用可能）
このパイプラインは、NGS RNA-seqデータを入力として使用し、以下を含むがこれらに限定されない複数のダウンストリーム分析の結果を生成します。de novo転写部位注釈、可変スプライシング分析、微分発現分析、関数注釈、濃縮分析。
長い非コーディングRNA分析
長い非コーディングRNA（LNCRNA）は、200 ntを超える長さの非コード転写産物であり、クロマチンの組織と規制で役割を果たすことが知られています。ハイスループットシーケンス技術とバイオインフォマティックは、重要な調節機能を備えたLNCRNAを特定するためのLNCRNAシーケンスと位置情報情報を強化しました。このパイプラインは、真核生物mRNA分析パイプラインに記載されている分析に加えて、LNCRNA分析を提供します。
16S/18S/そのアンプリコンシーケンス
アンプリコンシーケンス微生物多様性分析パイプラインは、微生物多様性プロジェクト分析の長年の経験に基づいて開発されました。パイプラインには、現在の微生物研究とパーソナライズされた分析の主流分析コンテンツをカバーする標準化された基本分析が含まれています。分析レポートは豊かで包括的であり、多様な個人分析を実行するオプションがあります。さらに、サンプルとグループは、追加のカスタマイズとコントロールのために、その場で変更できます。
ショットガンメタゲノミクス分析
ショットガンメタゲノム分析パイプラインは、環境サンプルから抽出された混合ゲノム材料のNGSデータを使用しています。含まれる分析は、種の多様性と存在量、人口構造、系統関係、機能遺伝子、および環境要因と相関ネットワークに関する詳細な情報を提供します。
NGS-WGSバリアント分析
NGS-WGSバリアント分析は、データの品質制御、シーケンスアラインメント、注釈、および遺伝子変異解析を実行する統合されたバリアント検出パイプラインです。パイプラインは、SNPおよびインデル検出のGATKベストプラクティスに従い、構造変異体呼び出しにMantaを使用します。
ゲノムワイドアソシエーション研究（GWAS）
GWASパイプラインは、以前に生成されたVCFファイルと、個人のコホートの対応する表現型データを入力として取得する下流の分析です。特定の統計的方法論を使用して、GWASは、表現型の違いと相関するゲノム全体のヌクレオチド変動を明らかにすることを目指しています。それは、植物や動物の複雑なヒト疾患と複雑な特性に関連する機能的遺伝子を探索する上で重要な役割を果たします。
バルク分離分析（BSA）
BSA分析には、隔離された母集団からの極端な表現型の特性を持つ個人をプールすることが含まれます。プールされたサンプル間の微分遺伝子座を比較することにより、このアプローチは、標的遺伝子に関連する密接にリンクされた分子マーカーを迅速に識別します。植物や動物の遺伝的マッピングで広く使用されており、マーカー支援の繁殖にとって貴重なツールです。
進化遺伝学分析
進化遺伝学分析ワークフローは、遺伝子進化プロジェクトにおけるBMKGeneの広範な経験を活用し、系統樹の構造、連鎖不均衡分析、遺伝的多様性評価、選択的掃引識別、親族分析、主成分分析、および人口構造の特性評価を含みます。
