進化遺伝学
サービスの利点
Takagi et al。、植物ジャーナル、2013年
●包括的なバイオインフォマティック分析：種の進化の可能性を反映した遺伝的多様性の推定を可能にし、収束進化と並列進化の影響を最小限に抑えた種間の信頼できる系統発生関係を明らかにする
●オプションのカスタマイズされた分析：ヌクレオチドおよびアミノ酸レベルの変動に基づく発散時間と速度の推定など。
●広範な専門知識と出版記録：Bmkgeneは、15年以上にわたって人口と進化遺伝学プロジェクトの大規模な経験を蓄積し、数千種などをカバーし、自然通信、分子植物、植物バイオテクノロジージャーナルなどで発表された1000以上の高レベルプロジェクトに貢献しています。
●高度な熟練したバイオインフォマティクスチームと短い分析サイクル：Advanced Genomics分析の素晴らしい経験により、BMKGENEのチームは、迅速なターンアラウンドタイムで包括的な分析を提供します。
●販売後のサポート：私たちのコミットメントは、3か月の販売後のサービス期間でプロジェクトの完了を超えています。この間、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、およびQ＆Aセッションを提供して、結果に関連するクエリに対処します。
サービスの仕様と要件
| シーケンスのタイプ | 推奨される人口スケール | シーケンス戦略 | ヌクレオチド要件 |
| 全ゲノムシーケンス | 30人以上の個人、各サブグループから10人以上の個人
| 10x | 濃度：≥1ng/ µL 総額30ng以上 限られたまたは劣化または汚染なし |
| 特定のロカス増幅フラグメント（SLAF） | タグの深さ： 10x タグの数： <400 MB：WGSをお勧めします <1GB：100Kタグ 1GB > 2GB：300Kタグ 最大500Kタグ | 濃度≥5ng/µL 総額8 ng以上 Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5 アガロースゲル：劣化または汚染はありません
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サービスワークフロー
実験設計
サンプル配信
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターセールサービス
サービスには、人口構造の分析（系統樹、PCA、人口層別化チャート）、人口の多様性、および人口選択（リンケージの不均衡、有利なサイトの選択的掃引選択）の分析が含まれます。このサービスには、カスタマイズされた分析（発散時間、遺伝子フローなど）も含めることができます。
*ここに示されているデモの結果はすべて、bmkgeneで公開されたゲノムからのものです
1.進化分析には、遺伝的変動に基づいて系統樹、集団構造、PCAの構築が含まれています。
系統樹は、共通の祖先との種間の分類学的および進化的関係を表しています。
PCAは、亜集団間の親密さを視覚化することを目指しています。
人口構造は、対立遺伝子頻度の観点から遺伝的に異なる亜集団の存在を示しています。
チェン他al。、pnas、2020
2.選択的なスイープ
選択的スイープとは、有利なサイトが選択され、リンクされたニュートラルサイトの周波数が増加し、リンクされていないサイトの周波数が減少し、地域の減少をもたらすプロセスを指します。
選択的掃引領域でのゲノムワイド検出は、特定のステップ（10 kb）でスライディングウィンドウ（100 kb）内のすべてのSNPの集団遺伝的指数（π、fst、ajimaのd）を計算することにより処理されます。
ヌクレオチドの多様性（π」
田島のd
固定指数（FST）
ウー、他al。、分子植物、2018年
3.遺伝子の流れ
ウー、他al。、分子植物、2018年
4.人口統計史
チャン、他al。、自然のエコロジーと進化、2021
5.Divergence時間
チャン、他al。、自然のエコロジーと進化、2021
キュレーションされた出版物のコレクションを通じて、Bmkgeneの進化遺伝学サービスによって促進された進歩を探ります。
ハッサニャール、AK等。 （2023）「全ゲノムの再標準化によるAPIS Cerana Cerana幼虫のSACBROODウイルス耐性に関連するSNP分子マーカーと候補遺伝子の発見」、International Journal of Molecular Sciences、24（7）。 doi：10.3390/ijms24076238。
Chai、J。etal。 （2022）「野生の遺伝的に純粋な中国の巨大なサンショウウオの発見は、新しい保全の機会を生み出します」、動物学研究、2022、vol。 43、第3号、ページ：469-480、43（3）、pp。469–480。 doi：10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101。
ハン、M。etal。 （2022）「門先住民sibiricus L. on in the fologeographical pattern and population evolution history of qinghai-tibetan plateau」、植物科学のフロンティア、13、p。 882601。doi：10.3389/fpls.2022.882601/bibtex。
Wang、J。etal。 （2022）「染色体レベルのゲノムアセンブリからのロンガンの進化とロンガンのアクセスの集団ゲノミクスへのゲノムの洞察」、園芸研究、9。doi：10.1093/hr/uhac021。
