全長mRNAシーケンシング - PacBio
特徴
● Poly-A mRNA からの cDNA 合成とそれに続くライブラリーの調製
● CCS モードでのシーケンス、HiFi 読み取りの生成
● 全長トランスクリプトの配列決定
● 分析には参照ゲノムは必要ありません。ただし、採用される場合もあります
● バイオインフォマティクス分析により、転写物のアイソフォーム lncRNA、遺伝子融合、ポリアデニル化、遺伝子構造の分析が可能
サービスのメリット
●高精度: HiFi 読み取り精度 >99.9% (Q30)、NGS と同等
● 選択的スプライシング解析: 転写物全体の配列決定により、アイソフォームの同定と特性評価が可能になります
●幅広い専門知識: 1,100 を超える PacBio 全長トランスクリプトーム プロジェクトを完了し、2,300 を超えるサンプルを処理した実績を持つ当社のチームは、あらゆるプロジェクトに豊富な経験をもたらします。
●販売後のサポート: 当社のコミットメントは、プロジェクトの完了を超えて 3 か月のアフターサービス期間まで延長されます。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、および結果に関する質問に対処する Q&A セッションを提供します。
サンプルの要件と納品
| 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ | 品質管理 |
| PolyA 濃縮 mRNA CCS ライブラリー | PacBio シークエル II パックバイオ レビオ | 20/40GB 5/10M CCS | Q30≧85% |
サンプル要件:
ヌクレオチド:
● 植物:
根、茎または花びら: 450 mg
葉または種子: 300 mg
果実：1.2g
●動物：
心臓または腸: 300 mg
内臓または脳: 240 mg
筋肉：450mg
骨、髪、皮膚：1g
● 節足動物:
昆虫：6g
甲殻類：300mg
●全血: 1チューブ
● セル: 106 細胞
| 濃度(ng/μl) | 量（μg） | 純度 | 誠実さ |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5～2.5 ゲル上にタンパク質や DNA の汚染はほとんど見られないか、まったく見られません。 | 植物の場合: RIN≥7.5; 動物の場合：RIN≧8.0。 5.0≧28S/18S≧1.0; 基準高度が限られているか、基準高度がない |
推奨されるサンプル配信
容器： 2 ml 遠沈管 (錫箔は推奨しません)
ラベル付けのサンプル: グループ + 複製 (A1、A2、A3 など)。 B1、B2、B3。
出荷:
1. ドライアイス: サンプルを袋に詰めてドライアイスに埋める必要があります。
2. RNAstable チューブ: RNA サンプルは RNA 安定化チューブ (例: RNAstable®) 内で乾燥され、室温で出荷されます。
サービスのワークフロー
実験計画
サンプル納品
RNA抽出
図書館の建設
シーケンス
データ分析
アフターサービス
次の分析が含まれます。
●生データの品質管理
● 代替ポリアデニル化分析 (APA)
● 融合転写産物解析
● 選択的スプライシング解析
● ユニバーサル シングルコピー オルソログ (BUSCO) 分析のベンチマーク
● 新規転写物解析: コード配列 (CDS) の予測と機能的アノテーション
● lncRNA 解析: lncRNA とターゲットの予測
● マイクロサテライト識別 (SSR)
バスコ分析
選択的スプライシング解析
代替ポリアデニル化分析 (APA)
新規転写産物の機能的アノテーション
この特集出版物で、BMKGene の Nanopore 全長 mRNA シーケンス サービスによって促進された進歩を探ってください。
Ma, Y. et al. (2023) 「ネモピレマ ノムライ毒同定のための PacBio および ONT RNA 配列決定法の比較分析」、Genomics、115(6)、p. 110709. 土井: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
チャオ、Q.ら。 (2019) 「Populus ステム トランスクリプトームの発生ダイナミクス」、Plant Biotechnology Journal、17(1)、206 ～ 219 ページ。土井：10.1111/PBI.12958。
デン、H.ら。 (2022) 「Actinidia latifolia (アスコルビン酸塩が豊富な果物作物) の果実の発育および熟成中のアスコルビン酸含有量の動的変化と関連する分子機構」、国際分子科学ジャーナル、23(10)、p. 5808. 土井: 10.3390/IJMS23105808/S1。
Hua, X. et al. (2022) 「パリポリフィラの生理活性ポリフィリンに関与する生合成経路遺伝子の効果的な予測」、Communications Biology 2022 5:1、5(1)、1-10 ページ。土井: 10.1038/s42003-022-03000-z。
リュー、M.ら。 (2023) 「Tuta absoluta (Meyrick) トランスクリプトームおよびチトクローム P450 遺伝子の PacBio Iso-Seq および Illumina RNA-Seq の組み合わせ分析」、Insects、14(4)、p. 363. 土井: 10.3390/INSECTS14040363/S1。
王、立軍ら。 (2019) 「Ricinus Communis におけるリシノール酸生合成をよりよく理解するために、PacBio 単一分子リアルタイム解析と Illumina RNA シーケンスを組み合わせたトランスクリプトーム複雑性の調査」、BMC Genomics、20(1)、1 ～ 17 ページ。土井: 10.1186/S12864-019-5832-9。
