BMKMANU S3000_SPATIALトランスクリプトーム
BMKMANU S3000空間トランスクリプトーム技術スキーム
特徴
- 解像度：3.5 µm
- スポット直径：2.5 µm
- スポットの数：約400万
-3可能なキャプチャエリア形式：6.8 mm * 6.8 mm、11 mm * 11 mmまたは15 mm * 20 mm
- 各バーコードされたビーズには、4つのセクションで構成されるプライマーが搭載されています。
•mRNAプライミングとcDNA合成のポリ（DT）テール、
•増幅バイアスを修正するための一意の分子識別子（UMI）
•空間バーコード
•部分読み取り1シーケンスプライマーの結合シーケンス
- セクションのH＆Eおよび蛍光染色
- 細胞セグメンテーション技術を使用する可能性：H＆E染色、蛍光染色、およびRNAシーケンスの統合により、各細胞の境界を決定し、各細胞に遺伝子発現を正しく割り当てます。セルビンに基づく下流の空間プロファイリング分析の処理。
- マルチレベル解像度分析を実現することができる：最適な解像度で多様な組織の特徴を解決するために、100UMから3.5 UMの範囲の柔軟なマルチレベル分析。
Bmkmanu S3000の利点
-キャプチャスポットを400万人に倍増します：3.5 UMの解像度が改善され、細胞ごとの遺伝子とUMI検出が高いことにつながります。これにより、転写プロファイルに基づいて細胞のクラスタリングが改善され、組織構造に一致する細かい詳細があります。
- 細胞内解像度：各キャプチャエリアには、直径2.5 µm、スポットセンター間の間隔5 µmの200万を超える空間バーコードスポットが含まれており、細胞内解像度（5 µm）を使用した空間トランスクリプトーム分析が可能になりました。
-マルチレベルの解決分析：100μmから5μmの範囲の柔軟なマルチレベル分析が、最適な解像度で多様な組織の特徴を解決します。
- 「3つのスライド」セルセグメンテーションテクノロジーを使用する可能性：蛍光染色、H＆E染色、および単一のスライドでのRNAシーケンスを組み合わせて、「3インチ」分析アルゴリズムは、その後の細胞ベースのトランスクリプトームの細胞境界の識別を強化します。
- 複数のシーケンスプラットフォームと互換性があります：NGSと長い読み取りシーケンスの両方が利用可能です。
- 1〜8のアクティブキャプチャエリアの柔軟な設計：キャプチャエリアのサイズは柔軟で、3つのフォーマット（6.8 mm * 6.8 mm。、11 mm * 11 mm、15 mm * 20 mm）を使用できます。
- ワンストップサービス：凍結セクション、染色、組織の最適化、空間バーコード、ライブラリの準備、シーケンス、バイオインフォマティクスなど、すべての経験とスキルベースのステップを統合します。
- 包括的なバイオインフォマティクスと結果のユーザーフレンドリーな視覚化：パッケージには、29の分析と100以上の高品質の数値が含まれており、Inhouse開発ソフトウェアを使用して、セルの分割とスポットクラスタリングを視覚化およびカスタマイズします。
- カスタマイズされたデータ分析と視覚化：さまざまな研究リクエストで利用できます
- 高度なスキルのある技術チーム：250を超える組織タイプと、ヒト、マウス、哺乳類、魚、植物を含む100種類以上の種の経験。
- プロジェクト全体のリアルタイムの更新：実験的進行を完全に制御します。
- シングルセルmRNAシーケンスによるオプションのジョイント分析
サービス仕様
| サンプル要件 | 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ | 品質管理 |
| Oct-埋め込まれたCryoサンプル （最適な直径：約 6×6×6mm³） サンプルごとに2ブロック 1実験用、バックアップ用1 | S3000 cDNAライブラリ | イルミナPE150 | 100υm（250 GB）あたり160kPE読み取り | rin> 7 |
サンプルの準備ガイダンスとサービスワークフローの詳細については、お気軽にお問い合わせくださいbmkgeneの専門家
サービスワークフロー
サンプル調製段階では、高品質のRNAを確実に得るために初期バルクRNA抽出試験が実行されます。組織の最適化段階では、切片が染色および視覚化され、組織からのmRNA放出の透過条件が最適化されています。その後、最適化されたプロトコルがライブラリの構築中に適用され、その後にシーケンスとデータ分析が行われます。
完全なサービスワークフローには、リアルタイムの更新とクライアント確認が含まれ、応答性の高いフィードバックループを維持し、スムーズなプロジェクトの実行を確保します。
BMKMANU S3000によって生成されたデータは、BMKGENEによって独立して設計されたソフトウェア「BSTMATRIX」を使用して分析され、細胞レベルとマルチレベル解像度の遺伝子発現マトリックスを生成します。そこから、データ品質制御、内側サンプル分析、グループ間分析を含む標準レポートが生成されます。
- データの品質管理：
- データ出力と品質スコア分布
- スポットごとの遺伝子検出
- 組織のカバレッジ
- サンプル分析：
- 遺伝子の豊富さ
- 寸法分析の削減を含むスポットクラスタリング
- クラスター間の微分表現分析：マーカー遺伝子の識別
- マーカー遺伝子の機能的注釈と濃縮
- グループ間分析
- 両方のサンプル（病気や制御など）と再クラスターからのスポットの再結合
- 各クラスターのマーカー遺伝子の識別
- マーカー遺伝子の機能的注釈と濃縮
- グループ間の同じクラスターの微分表現
さらに、BMKGene開発「BSTViewer」は、ユーザーが遺伝子発現を視覚化し、さまざまな解像度でクラスタリングをスポットクラスタリングできるようにするユーザーフレンドリーなツールです。
BMKGENEは、正確なシングルセル解像度で空間プロファイリングサービスを提供しています（セルビンまたは100umから3.5umのマルチレベルスクエアビンに基づいています）。
S3000スライドの組織セクションからの空間プロファイリングデータは、以下と同じように機能します。
ケーススタディ1：マウスの脳
S3000を使用したマウス脳断面の分析により、細胞あたり〜2000遺伝子のシーケンスの中央値がある〜94 000細胞が同定されました。 3.5 UMの分解能が改善されたため、転写パターンに基づいて細胞の非常に詳細なクラスタリングが得られ、細胞のクラスターが脳を分化した構造を模倣しました。これは、それぞれ灰色と白色のみに位置するオリゴデンドロサイトおよびミクログリア細胞としてクラスター化された細胞の分布を視覚化することで容易に観察されます。
ケーススタディ2：マウス胚
S3000を使用したマウス胚セクションの分析により、細胞あたり〜1600遺伝子のシーケンスの中央値がある〜2200 000細胞が同定されました。 3.5 UMの解像度が改善されたため、転写パターンに基づいて細胞が非常に詳細にクラスタリングされ、目の領域に12個のクラスターが、脳の領域に28個のクラスターがありました。
サンプル分析セルクラスタリング：
マーカー遺伝子の識別と空間分布：
- 細胞分解能が高く：S1000スライドと比較して、S3000の各キャプチャエリアには、直径2.5 µm、スポットセンター間の距離が3.5 µmの400万以上の空間バーコードスポットが含まれており、より高い細胞分解能で空間トランスクリプトーム解析を可能にします。 （正方形のビン：3.5 µm）。
- キャプチャ効率が高く：S1000スライドと比較して、Median_umiは30％から70％に増加し、Median_geneは30％から60％に増加します
S1000チップのスキーム：
S3000チップのスキーム：
