BMKMANU S1000 空間トランスクリプトーム
BMKMANU S1000 空間トランスクリプトーム技術スキーム
特徴
●分解能：5μM
●スポット径：2.5μM
●スポット数：約200万点
● 3 つのキャプチャ領域形式が可能: 6.8 mm * 6.8 mm、11 mm * 11 mm、または 15 mm * 20 mm
● 各バーコード付きビーズには、4 つのセクションで構成されるプライマーがロードされています。
mRNAプライミングおよびcDNA合成のためのpoly(dT)テール
増幅バイアスを補正するための Unique Molecular Identifier (UMI)
空間バーコード
部分リード 1 シーケンシングプライマーの結合配列
● 切片の H&E および蛍光染色
●使用可能性細胞分割技術: H&E 染色、蛍光染色、RNA シーケンスを統合して各細胞の境界を決定し、遺伝子発現を各細胞に正確に割り当てます。
BMKMANU S1000の利点
●セルラー以下の解像度: 各キャプチャ領域には、直径 2.5 µm、スポット中心間の間隔 5 µm の空間バーコード スポットが 200 万個以上含まれており、細胞以下の解像度 (5 µm) での空間トランスクリプトーム解析が可能です。
●マルチレベル解像度分析:100 μm ～ 5 μm の範囲の柔軟なマルチレベル分析により、多様な組織の特徴を最適な解像度で解析します。
●「Three in one slide」セルセグメンテーション技術の利用可能性：蛍光染色、H&E 染色、および RNA シーケンスを 1 枚のスライド上で組み合わせた当社の「スリーインワン」解析アルゴリズムは、その後の細胞ベースのトランスクリプトミクスのための細胞境界の同定を可能にします。
●複数のシーケンスプラットフォームとの互換性: NGS とロングリード シーケンスの両方が利用可能です。
●1 ～ 8 アクティブ キャプチャ エリアの柔軟な設計：キャプチャ領域のサイズは柔軟で、3つのフォーマット（6.8 mm * 6.8 mm、11 mm * 11 mm、15 mm * 20 mm）を使用できます。
●ワンストップサービス: 凍結切片、染色、組織最適化、空間バーコーディング、ライブラリー調製、シーケンシング、バイオインフォマティクスなど、経験とスキルに基づいたすべてのステップを統合します。
●包括的なバイオインフォマティクスとユーザーフレンドリーな結果の視覚化:パッケージには、29 の分析と 100 以上の高品質の図が含まれており、細胞分割とスポット クラスタリングを視覚化およびカスタマイズするための社内開発ソフトウェアの使用と組み合わせられています。
●カスタマイズされたデータ分析と視覚化: さまざまな調査リクエストに利用可能
●高度なスキルを持つ技術チーム: 250 以上の組織タイプと、ヒト、マウス、哺乳類、魚類、植物を含む 100 以上の種についての経験があります。
●プロジェクト全体のリアルタイム更新: 実験の進行を完全に制御できます。
●単一細胞 mRNA シーケンスによるオプションの共同解析
サービス仕様
|
サンプル 要件
| 図書館 |
シーケンス戦略
| 推奨されるデータ | 品質管理 |
| OCT 埋め込みクライオサンプル、サンプルあたり 3 ブロック | S1000 cDNAライブラリー | Illumina PE150 (他のプラットフォームも利用可能) | 100μMあたり10万PE読み取り (60-150GB) | リン>7 |
サンプルの準備ガイダンスやサービスのワークフローの詳細については、担当者にお気軽にご相談ください。BMKGENE エキスパート
サービスのワークフロー
サンプル準備段階では、高品質の RNA が確実に取得できるようにするために、最初のバルク RNA 抽出トライアルが実行されます。組織最適化段階では、切片が染色および視覚化され、組織からの mRNA 放出の透過条件が最適化されます。最適化されたプロトコルはライブラリ構築中に適用され、その後シーケンスとデータ分析が行われます。
完全なサービス ワークフローには、リアルタイムの更新とクライアントの確認が含まれており、応答性の高いフィードバック ループを維持し、プロジェクトのスムーズな実行を保証します。
BMKMANU S1000で生成されたデータは、BMKGENEが独自に設計したソフトウェア「BSTMatrix」を使用して解析され、遺伝子発現マトリックスが生成されます。そこから、データ品質管理、サンプル内分析、グループ間分析を含む標準レポートが生成されます。
● データ品質管理:
データ出力と品質スコアの分布
スポットごとの遺伝子検出
組織範囲
● 内部サンプル分析:
遺伝子の豊富さ
次元削減分析を含むスポット クラスタリング
クラスター間の発現差解析：マーカー遺伝子の同定
機能的アノテーションとマーカー遺伝子の強化
● グループ間分析:
両方のサンプル（例：罹患サンプルとコントロール）からのスポットの再結合と再クラスター化
各クラスターのマーカー遺伝子の同定
機能的アノテーションとマーカー遺伝子の強化
同一クラスターのグループ間の発現差
さらに、BMKGENE が開発した「BSTViewer」は、ユーザーがさまざまな解像度で遺伝子発現とスポット クラスタリングを視覚化できる使いやすいツールです。
BMKGene はユーザーフレンドリーな視覚化のためのソフトウェアを開発しました
マルチレベル解像度での BSTViewer スポット クラスタリング
BSTCellViewer: 自動および手動のセル分割
内部サンプル分析
スポットクラスタリング:
マーカー遺伝子の同定と空間分布:
グループ間分析
両方のグループからのデータを組み合わせて再クラスター化します。
新しいクラスターのマーカー遺伝子:
この注目の出版物では、BMKManu S1000 テクノロジーを使用した BMKGene の空間トランスクリプトミクス サービスによって促進される進歩について詳しく説明します。
ソング、Ｘら。 (2023) 「空間トランスクリプトミクスにより、トマトのカルスの苗条再生の促進に関与する光誘導性クロレン組織細胞が明らかに」、アメリカ合衆国国立科学アカデミーの議事録、１２０（３８）、ｐ． e2310163120。土井: 10.1073/pnas.2310163120
あなた、Y.ら。 (2023) 「シークエンシングに基づく空間トランスクリプトーム手法の系統的比較」、バイオRxiv、p. 2023.12.03.569744。土井: 10.1101/2023.12.03.569744。
