●目的のゲノムの完全性に応じて選択できる2つの可能なオプションがあります。
●ドラフトゲノムオプション:Illumina novaseq PE150を使用したショートリードシーケンス。
●0ギャップゲノムを完了します。
●Nanopore Promethion 48またはゲノムアセンブリのPacbio Revioでの長いリードシーケンス。
●ゲノムの検証とエラー補正(ナノポア)またはドラフトゲノムを生成するためのIllumina novaseqでの短い読み取りシーケンス。
●ゼロギャップゲノムが保証されています:これは、長い読み取りシーケンス(NanoporeまたはPacbio)とのイルミナシーケンスの統合によるものです。
●完全なバイオインフォマティクスワークフロー:これには、ゲノムアセンブリと複数のゲノム要素の予測、機能的遺伝子注釈、およびCircosプロットなどのゲノムの視覚化が含まれます。
●広範な専門知識:20,000を超える微生物ゲノムが組み立てられると、BMKGeneは10年以上の経験、高度な熟練分析チーム、包括的なコンテンツ、優れたポストセールスサポートをもたらします。
●販売後のサポート:私たちのコミットメントは、3か月の販売後のサービス期間でプロジェクトの完了を超えています。この間、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、およびQ&Aセッションを提供して、結果に関連するクエリに対処します。
●利用可能な複数のシーケンス戦略:ゲノムの完全性のさまざまな研究目標と要件について。
サービス | シーケンス戦略 |
ドラフトゲノム | Illumina PE150 100X |
0ギャップゲノム | Nanopore 100x + Illumina PE150 100X Or Pacbio hifi 30x + illumina pe150 100x(オプション) |
濃度(ng/µL) | 総量(µg) | ボリューム(µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
Pacbio | 20以上 | ≥1.2 | 20以上 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
ナノポア | 40以上 | ≥2 | 20以上 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
イルミナ | ≥1 | ≥0.06 | 20以上 | - | - |
・細菌:≥3.5x1010 セル
次の分析を含めます。
●データ品質制御のシーケンス
●ゲノムアセンブリ
●ゲノム成分分析:CDと複数のゲノム要素の予測
●複数の一般的なデータベース(GO、KEGGなど)および高度なデータベース(カード、VFDBなど)を使用した機能的注釈
●ゲノムの視覚化
すぐにアクセス可能なFASTA形式とゲノムアノテーションファイル(GFF)でゲノムを提供します。
遺伝子注釈 - GO
ゲノムの視覚化 - CIRCOSプロット
キュレーションされた出版物のコレクションを通じて、Bmkgeneの細菌ゲノムアセンブリサービスによって促進された進歩を探ります。
Dai、W。et al。 (2023)「健康なヒト結腸からの潰瘍性大腸炎の治療のための安全で新しいプロバイオティクス菌としてのバクテロイド均一性の発見F18-22」、International Journal of Molecular Sciences、24(19)、p。 14669。doi:10.3390/ijms241914669/s1。
Kang、Q。et al。 (2021)「中国の野生生物からBlaoxa-1およびBlandm-1を運ぶ多剤耐性プロテウスミラビリス分離株:公衆衛生リスクの増加」、統合動物学、16(6)、pp。798–809。 doi:10.1111/1749-4877.12510。
王、TT et al。 (2017)「エンドフィテ菌Bacillus flexus Klbmp 4941の完全なゲノム配列は、その植物成長促進メカニズムと塩耐性の遺伝的基礎を明らかにしています」とJournal of Biotechnology、260、pp。38–41。 doi:10.1016/j.jbiotec.2017.09.001。
Wang、X。et al。 (2021)「クレブシエラの複数の再リプリコン耐性プラスミドは、抗菌遺伝子の広範な普及を媒介する」、微生物学のフロンティア、12、p。 754931。doi:10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex。