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製品

de novo細菌ゲノムアセンブリ

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私たちは、0のギャップを保証する完全な細菌ゲノムアセンブリサービスを提供します。これは、AssemblyのためにNanoporeやPacbioなどの長い読み取りシーケンステクノロジーを統合し、ONT読み取りのアセンブリ検証とエラー補正のためにIlluminaを使用した短い読み取りシーケンスを統合することで可能です。当社のサービスは、アセンブリ、機能的注釈、高度なバイオインフォマティック分析からの完全なバイオインフォマティックワークフローを提供し、特定の研究目標を達成します。このサービスにより、さまざまな遺伝的およびゲノム研究のための正確な参照ゲノムの開発が可能になります。さらに、株の最適化、遺伝子工学、微生物技術開発などのアプリケーションの基礎を形成し、科学的洞察とバイオテクノロジーの革新を進めるために重要でギャップフリーのゲノムデータを確保します。


サービスの詳細

バイオインフォマティクス

デモの結果

注目の出版物

サービス機能

●目的のゲノムの完全性に応じて選択できる2つの可能なオプションがあります。

●ドラフトゲノムオプション:Illumina novaseq PE150を使用したショートリードシーケンス。

●0ギャップゲノムを完了します。

●Nanopore Promethion 48またはゲノムアセンブリのPacbio Revioでの長いリードシーケンス。

●ゲノムの検証とエラー補正(ナノポア)またはドラフトゲノムを生成するためのIllumina novaseqでの短い読み取りシーケンス。

サービスの利点

ゼロギャップゲノムが保証されています:これは、長い読み取りシーケンス(NanoporeまたはPacbio)とのイルミナシーケンスの統合によるものです。

完全なバイオインフォマティクスワークフロー:これには、ゲノムアセンブリと複数のゲノム要素の予測、機能的遺伝子注釈、およびCircosプロットなどのゲノムの視覚化が含まれます。

広範な専門知識:20,000を超える微生物ゲノムが組み立てられると、BMKGeneは10年以上の経験、高度な熟練分析チーム、包括的なコンテンツ、優れたポストセールスサポートをもたらします。

販売後のサポート:私たちのコミットメントは、3か月の販売後のサービス期間でプロジェクトの完了を超えています。この間、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティング支援、およびQ&Aセッションを提供して、結果に関連するクエリに対処します。

利用可能な複数のシーケンス戦略:ゲノムの完全性のさまざまな研究目標と要件について。

 

サービス仕様

サービス

シーケンス戦略

ドラフトゲノム

Illumina PE150 100X

0ギャップゲノム

Nanopore 100x + Illumina PE150 100X

Or

Pacbio hifi 30x + illumina pe150 100x(オプション)

サンプル要件:

 

濃度(ng/µL)

総量(µg)

ボリューム(µL)

OD260/280

OD260/230

Pacbio

20以上

≥1.2

20以上

1.7-2.2

≥1.0

ナノポア

40以上

≥2

20以上

1.7-2.2

1.0-3.0

イルミナ

≥1

≥0.06

20以上

-

-

・細菌:≥3.5x1010 セル

サービスワークフロー

サンプル配信

サンプル配信

図書館の準備

図書館の建設

シーケンス

シーケンス

データ分析

データ分析

販売サービス後

アフターセールサービス


  • 前の:
  • 次:

  • 23.11.7-01

    次の分析を含めます。

    ●データ品質制御のシーケンス

    ●ゲノムアセンブリ

    ●ゲノム成分分析:CDと複数のゲノム要素の予測

    ●複数の一般的なデータベース(GO、KEGGなど)および高度なデータベース(カード、VFDBなど)を使用した機能的注釈

    ●ゲノムの視覚化

    すぐにアクセス可能なFASTA形式とゲノムアノテーションファイル(GFF)でゲノムを提供します。

    遺伝子注釈 - GO

    图片50遺伝子注釈 - Cazy炭水化物

    图片51

     

    ゲノムの視覚化 - CIRCOSプロット

     

    图片52 

     

    キュレーションされた出版物のコレクションを通じて、Bmkgeneの細菌ゲノムアセンブリサービスによって促進された進歩を探ります。

     

    Dai、W。et al。 (2023)「健康なヒト結腸からの潰瘍性大腸炎の治療のための安全で新しいプロバイオティクス菌としてのバクテロイド均一性の発見F18-22」、International Journal of Molecular Sciences、24(19)、p。 14669。doi:10.3390/ijms241914669/s1。

    Kang、Q。et al。 (2021)「中国の野生生物からBlaoxa-1およびBlandm-1を運ぶ多剤耐性プロテウスミラビリス分離株:公衆衛生リスクの増加」、統合動物学、16(6)、pp。798–809。 doi:10.1111/1749-4877.12510。

    王、TT et al。 (2017)「エンドフィテ菌Bacillus flexus Klbmp 4941の完全なゲノム配列は、その植物成長促進メカニズムと塩耐性の遺伝的基礎を明らかにしています」とJournal of Biotechnology、260、pp。38–41。 doi:10.1016/j.jbiotec.2017.09.001。

    Wang、X。et al。 (2021)「クレブシエラの複数の再リプリコン耐性プラスミドは、抗菌遺伝子の広範な普及を媒介する」、微生物学のフロンティア、12、p。 754931。doi:10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex。

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