アンプリコンシーケンシング(16S/18S/ITS)

イルミナによるアンプリコン (16S/18S/ITS) シークエンシングは、配列に従って微生物プロファイルを特定し、各サンプル内およびサンプル間のコミュニティの豊かさと多様性を解読することによって微生物の多様性を分析する方法です。 BMKCloud Amplicon (NGS) パイプラインにより、16S、18S、ITS、および複数の機能遺伝子の分析が可能になります。これは、リードトリミング、ペアエンドリードアセンブリ、および品質評価から始まり、続いて同様のリードのクラスタリングを行って、6 つの異なる分析セクションで使用される操作分類単位 (OTU) を生成します。分類学的アノテーションは各サンプルの相対的な存在量と組成に関する情報を提供し、アルファおよびベータ多様性分析はそれぞれサンプル内およびサンプル間の微生物の多様性に焦点を当てます。グループ間の差分分析では、パラメトリック テストとノンパラメトリック テストの両方を使用して異なる OTU が見つかります。一方、相関分析では、これらの違いを環境要因に関連付けます。最後に、マーカー遺伝子の存在量に基づいて機能遺伝子の存在量が予測され、各サンプルの機能と生態についての洞察が得られます。