10x Genomics Visium 空間トランスクリプトーム
技術スキーム
特徴
●分解能：100μM
●スポット径：55μM
●スポット数：4992
●キャプチャーエリア：6.5×6.5mm
● 各バーコード付きスポットには、4 つのセクションで構成されるプライマーがロードされています。
- mRNAプライミングおよびcDNA合成のためのポリ(dT)テール
- 増幅バイアスを修正する固有分子識別子 (UMI)
- 空間バーコード
- 部分リード 1 シーケンシングプライマーの結合配列
● 切片の H&E 染色
利点
●ワンストップサービス: 凍結切片、染色、組織の最適化、空間バーコーディング、ライブラリーの調製、配列決定、バイオインフォマティクスなど、経験とスキルに基づいたすべてのステップを統合します。
● 高度な技術を備えた技術チーム: 250 以上の組織タイプと、ヒト、マウス、哺乳類、魚類、植物を含む 100 以上の種についての経験があります。
●プロジェクト全体のリアルタイム更新: 実験の進行を完全に制御できます。
●包括的な標準バイオインフォマティクス:パッケージには 29 の分析と 100 以上の高品質の図が含まれています。
●カスタマイズされたデータ分析と視覚化: さまざまな調査リクエストに利用できます。
●単一細胞 mRNA シーケンスによるオプションの共同解析
仕様
| サンプル要件 | 図書館 | シーケンス戦略 | 推奨されるデータ | 品質管理 |
| OCT に埋め込まれたクライオサンプル （最適径：約6×6×6mm3） サンプルあたり 2 ブロック | 10X Visium cDNA ライブラリ | イルミナPE150 | スポットあたり 50K PE 読み取り (60Gb) | リン > 7 |
サンプルの準備ガイダンスやサービスのワークフローの詳細については、担当者にお気軽にご相談ください。BMKGENE エキスパート
サービスのワークフロー
サンプル準備段階では、高品質の RNA が確実に取得できるようにするために、最初のバルク RNA 抽出トライアルが実行されます。組織最適化段階では、切片が染色および視覚化され、組織からの mRNA 放出の透過条件が最適化されます。最適化されたプロトコルはライブラリ構築中に適用され、その後シーケンスとデータ分析が行われます。
完全なサービス ワークフローには、リアルタイムの更新とクライアントの確認が含まれており、応答性の高いフィードバック ループを維持し、プロジェクトのスムーズな実行を保証します。
次の分析が含まれます。
データ品質管理:
o データ出力と品質スコアの分布
o スポットごとの遺伝子検出
o 組織範囲
内部サンプル分析:
o 遺伝子の豊富さ
o スポット クラスタリング (次元削減分析を含む)
o クラスター間の発現差解析: マーカー遺伝子の同定
o 機能的アノテーションとマーカー遺伝子の強化
グループ間分析
o 両方のサンプル（例：罹患サンプルと対照サンプル）からのスポットの再結合と再クラスター化
o 各クラスターのマーカー遺伝子の同定
o 機能的アノテーションとマーカー遺伝子の強化
o グループ間での同じクラスターの発現の差
内部サンプル分析
スポットクラスタリング
マーカー遺伝子の同定と空間分布
グループ間分析
両方のグループのデータを組み合わせて再クラスター化する
新しいクラスターのマーカー遺伝子
10X Visium による BMKGene の空間トランスクリプトミクス サービスによって促進された進歩を探索してください。以下の注目の出版物でご覧ください。
チェン、D.ら。 (2023) 「哺乳動物接着 GPCR の潜在的なショウジョウバエ相同体である mthl1 は、ハエに注入された発癌細胞に対する抗腫瘍反応に関与している」、アメリカ合衆国国立科学アカデミーの議事録、１２０（３０）、ｐ． e2303462120。土井：/10.1073/pnas.2303462120
チェン、Y.ら。 (2023) 「STEEL により、時空間トランスクリプトーム データの高解像度描写が可能になる」、バイオインフォマティクスに関する説明会、24(2)、1–10ページ。土井: 10.1093/BIB/BBAD068。
リュー、C.ら。 (2022) 「蘭の花の発達における器官形成の時空間アトラス」、核酸研究、50(17)、9724–9737ページ。土井: 10.1093/NAR/GKAC773。
Wang、J.ら。 (2023) 「空間トランスクリプトミクスと単核 RNA シークエンシングの統合により、子宮平滑筋腫の潜在的な治療戦略が明らかになる」、国際生物科学ジャーナル、１９（８）、２５１５〜２５３０頁。土井: 10.7150/IJBS.83510。
