רצף בי-סולפיט של הגנום השלם (WGBS)
ריצוף ביסולפיט של הגנום השלם (WGBS) עומדת בתור המתודולוגיה של תקן הזהב לחקירה מעמיקה של מתילציה של DNA, במיוחד המיקום החמישי בציטוזין (5-mC), מווסת מרכזי של ביטוי גנים ופעילות תאית. העיקרון העומד בבסיס ה-WGBS כרוך בטיפול ביסולפיט, מה שגורם להמרה של ציטוזינים לא-מתילתיים לאורציל (C ל-U), תוך השארת ציטוזינים מתילתיים ללא שינוי. טכניקה זו מציעה רזולוציה של בסיס יחיד, המאפשרת לחוקרים לחקור באופן מקיף את המתילום ולגלות דפוסי מתילציה חריגים הקשורים למצבים שונים, בעיקר סרטן. על ידי שימוש ב-WGBS, מדענים יכולים לקבל תובנות שאין שני להן על נופי מתילציה רחבי גנום, ולספק הבנה מגוונת של המנגנונים האפיגנטיים העומדים בבסיס תהליכים ביולוגיים ומחלות מגוונות.
תכונות שירות
● דורש גנום ייחוס.
● DNA למבדה מתווסף לניטור יעילות ההמרה של ביסולפיט.
● רצף על Illumina NovaSeq.
יתרונות השירות
●תקן זהב לחקר מתילציה של DNA: טכנולוגיית עיבוד המרת מתילציה בוגרת זו בעלת דיוק גבוה וניתנות לשחזור טובה.
●כיסוי רחב ורזולוציה של בסיס יחיד:זיהוי אתרי מתילציה ברמת הגנום.
●פלטפורמה מלאה:לספק שירות מעולה חד פעמי מעיבוד דוגמאות, בניית ספרייה, רצף ועד ניתוח ביואינפורמטיקה.
●מומחיות רבה: עם פרויקטי רצף WGBS שהושלמו בהצלחה על פני מגוון מגוון של מינים, BMKGENE מביאה למעלה מעשור של ניסיון, צוות ניתוח מיומן ביותר, תוכן מקיף ותמיכה מצוינת לאחר המכירה.
●אפשרות להצטרף עם ניתוח Transcriptomics: המאפשר ניתוח משולב של WGBS עם נתוני אומיקס אחרים כגון RNA-seq.
מפרט לדוגמא
| סִפְרִיָה | אסטרטגיית רצף | פלט נתונים מומלץ | בקרת איכות |
| מטופל ביסולפיט | Illumina PE150 | פי 30 עומק | Q30 ≥ 85% המרת ביסולפיט > 99% |
דרישות לדוגמא
| ריכוז (ng/µL) | כמות כוללת (מיקרוגרם) | דרישות נוספות | |
| DNA גנומי | ≥ 5 | ≥ 400 ננוגרם | השפלה או זיהום מוגבלים |
זרימת עבודה בשירות
משלוח לדוגמא
מיצוי DNA
בניית ספרייה
רצף
ניתוח נתונים
מסירת נתונים
כולל את הניתוח הבא:
● בקרת איכות רצף גולמי;
● מיפוי לגנום הפניה;
● זיהוי של בסיסים מתילטים 5mC;
● ניתוח התפלגות מתילציה והערה;
● ניתוח של אזורי מתיל דיפרנציאליים (DMRs);
● ביאור פונקציונלי של גנים הקשורים ל-DMRs.
זיהוי מתילציה של 5mC: סוגי אתרים מתילטים
מפת מתילציה. 5mC מתילציה הפצה רחבה של הגנום
ביאור של אזורים בעלי מתיל גבוה
אזורים בעלי מתיל דיפרנציאלי: גנים קשורים
אזורים בעלי מתיל דיפרנציאלי: ביאור של גנים קשורים (ג'ין אונטולוגיה)
חקור את ההתקדמות המחקרית שבוצעה על ידי שירותי ריצוף הביסולפיט של הגנום כולו של BMKGene באמצעות אוסף פרסומים אוצרת.
פאן, י' ועוד. (2020) 'ניתוח פרופילי מתילציה של DNA במהלך התפתחות שרירי השלד של כבשים באמצעות רצף ביסולפיט שלם של הגנום',BMC Genomics, 21(1), עמ' 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'הפרעות מתילציה חדישות של חומצה דאוקסיריבונוקלאית אצל עובדים שנחשפו לויניל כלוריד',טוקסיקולוגיה ובריאות תעשייתית, 38(7), עמ' 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'קשרים בין מתילציה של גנום, רמות של RNA לא מקודדים, mRNA ומטבוליטים בפרי עגבניות מבשילים',The Plant Journal, 103(3), עמ' 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
